Кони назначают помощником секретаря судебной палаты по уголовному департаменту с зарплатой почти вдвое меньшей, чем в Главном штабе.
Петербургские новые судебные учреждения после долгих поисков решено было поместить в здании старого арсенала на Литейной, мрачном доме с толстыми стенами, глубокими амбразурами окон, неуютными комнатами и залами со сводчатыми потолками. Под руководством архитектора Шмидта внутренние помещения перестроили, взяв за основу устройство судебных мест в Европе. Министерство почт учредило в здании станцию городского телеграфа, только-только вводимого в России, а в одном из окон «устроило» изохронические часы с пулковским регулятором.
14 апреля 1866 года Александр II вместе с министром юстиции Дмитрием Николаевичем Замятниным осмотрел здание судебных учреждений. Были приняты особые меры предосторожности — усиленная охрана императора, масса переодетых агентов. Царь приехал в закрытой блиндированной карете, окруженный эскортом казаков. Он выглядел расстроенным, хоть и пытался не показать вида… Десять дней назад, 4 апреля, Дмитрий Каракозов стрелял в Александра, когда тот выходил вместе с герцогом Лсйхтенбергским и его сестрой Марией Максимилиановной Баденской из ворот Летнего сада.
Через день помещения Петербургского окружного суда и Судебной палаты были освящены. Воспитанники Училища правоведения пожертвовали образ с лампадою.
В день рождения императора, 17 апреля, около часа дня с горельефа над воротами старого арсенала сняли покрывало. Золотыми буквами горели слова: «Правда и милость да царствует в судах».
Принц Ольденбургский, митрополит, английский и французский послы, русские вельможи, министры въехали в ворота. Замятнин произнес взволнованную торжественную речь.
«Завязывая свои глаза, — сказал он судьям, — пред всякими посторонними и внешними влияниями, вы тем полнее раскрываете внутренний очи совести и тем беспристрастнее будете взвешивать правоту или неправоту подлежащих вашему обсуждению требований и деяний…»
Будущее покажет, кто из вершителей суда последует этому красивому и благородному призыву. А пока столица праздновала. Вечером в городе зажгли иллюминацию — по краям тротуаров, распространяя чад, пылали плошки. Каждый домовладелец был обязан снять обычные фонари и вставить вместо них фигурные, в виде звезд. На зданиях, принадлежащих городу или казне, светились императорские вензеля под короной: Георгий Победоносец на коне, поражающий своим метким копьем змея.
«…в различных собраниях были устроены многолюдные банкеты, на которых тосты в честь и за процветание нового суда и его державного насадителя вызывали бурные восторги…»
Служба в Петербургской Судебной палате тоже продолжалась недолго — в декабре Кони переводят в Москву, секретарем при прокуроре Московской судебной палаты Д. А. Ровинском. Это было, хоть и небольшое, повышение. Однако назначение на должность произошло уже после того, как Кони приехал в Москву. Он писал, что был назначен «по выбору товарищей, согласно с заведенным Ровинским обычаем». Что побудило Кони уехать из Петербурга, сказать трудно. Хотя вполне возможно, что Министерство юстиции сочло необходимым пополнить Московские судебные установления за счет способных молодых сотрудников столичного суда. А можно предположить, что виною переезда оказалась так понравившаяся ректору и напечатанная в «Приложениях к Московским университетским известиям» диссертация «О праве необходимой обороны»…
20 сентября Анатолий Кони получил официальное приглашение от товарища министра народного просвещения И. Д. Делянова, временно замещавшего министра Д. А. Толстого.
В приемной департамента у Чернышева моста на Фонтанке толпились посетители. Кони уже приготовился к долгому ожиданию, но тут из кабинета вышел Делянов. Он был знаком с отцом Анатолия Федоровича, а его самого знал еще с гимназии.
— Посмотрите-ка, что вы наделали! — сказал Иван Давидович, уведя Кони в пустую комнату и положив перед ним тоненькую папку «дела». — Пока вы читаете, я займусь посетителями.
Чиновник Главного управления по делам печати, по фамилии Смирный, изучив диссертацию «О праве необходимой обороны», обращал внимание начальства на предосудительность и несвоевременность «проводить» взгляды на неприкосновенность домашнего очага и на возможность защиты его при беззаконных действиях власти. Особенно встревожил Смирного и других чиновников тезис автора кандидатского рассуждения о том, что «Власть не может требовать уважения к закону, когда сама его не уважает, граждане вправе отвечать на ее требования: «врачу, исцелися сам», и революция является последним средством защиты от своеволия власти.