Конон Молодый со своими однополчанами принимал непосредственное участие в этом сражении, которое завершилось освобождением от немецко-фашистских захватчиков Смоленска и многих других близлежащих городов и сел. Приказом № 25 от 25 сентября 1943 года 644-й пушечный артиллерийский полк полковника Кривошапова получил почетное наименование «Смоленского». Позже он вошел в состав 31-й армии, с которой воевал до конца войны. В феврале — марте 1944 года он участвовал в Витебской операции. В составе 3-го Белорусского фронта сражался в Белорусской и Гумбинненской наступательных операциях.
Конон Молодый к тому времени уже надел офицерские погоны — стал младшим лейтенантом.
В мае 1944 года 644-й ПАП был преобразован в 140-ю армейскую пушечную артиллерийскую бригаду (ПАБ), которая практически сразу же отличилась в боях. Она, в частности, принимала участие в освобождении Витебска. 26 июня 1944 года войска 1-го Прибалтийского и 3-го Белорусского фронтов в ходе проведенной на первом этапе операции «Багратион» Витебско-Оршанской (23–28 июня 1944 года) наступательной операции выбили фашистов из города. Всем частям, участвовавшим в освобождении Витебска, Верховным главнокомандующим была объявлена благодарность. В их честь 26 июня 1944 года в Москве был дан артиллерийский салют двадцатью залпами из 224 орудий. Помимо непосредственно военнослужащих орденами были награждены и наиболее отличившиеся воинские части. Среди удостоенных ордена Красного Знамени была и 140-я Смоленская армейская пушечная артиллерийская бригада, в которой служил Конон Молодый. Впоследствии она сыграла важную роль в ликвидации минского «котла», осуществленной в период с 5 по 13 июля 1944 года.
В последние дни лета 1944 года войска 3-го Белорусского фронта и в их составе 31-я армия, а с ней и 140-я армейская ПАБ вышли к границам Восточной Пруссии. Начались упорные, кровопролитные бои, которые шли уже на вражеской территории. Фашисты сопротивлялись отчаянно.
Бригада участвовала в Восточно-Прусской наступательной операции. Вспоминая рассказы отца о том периоде, Трофим Кононович писал:
«Никак наши не могли взять Кёнигсберг. Нужен был хороший «язык», а у разведчиков — ноль. И наткнулись они на какое-то странное место: ворота, въезжают автомобили и словно под землю проваливаются. Причем днем машины все больше обшарпанные, вечерами — «мерседесы», «опели». Подобрались разведчики поближе, разузнали. Оказалось, что в подземном бункере разместили немцы публичный дом. Утром туда отправлялись солдаты, вечером — уже офицеры. Наши их накрыли, захватили кучу офицеров…»
Идея «свинтить» разомлевших вояк принадлежала Ко-нону Молодому. Он со своими подчиненными воплотил ее в жизнь без потерь со своей стороны. За что и получил один из своих орденов — Отечественной войны I степени.
В разведку шли добровольно, причем принимали любого, был бы сильным, ловким, смелым и решительным. Если в первые годы войны отбирали лучших из лучших, то ближе к ее концу, когда многие из прежних выбыли из строя, никто уже особенно не рвался воевать в разведке. И оттого ей катастрофически не хватало кадров. Вот и принимали туда даже добровольцев из числа бойцов штрафных рот и батальонов. Судимость с них при этом снималась. Но и из них шли в разведку только самые отчаянные…
В начале апреля 1945 года, понеся тяжелые потери, бригада была отведена на переформирование, пополнение личным составом и техникой, после чего приняла участие в наступательных боях на территории Германии и непосредственно в штурме Берлина. Конон Молодый имел удовольствие лично видеть горящий рейхстаг и даже оставить на нем автограф.
В конце войны приданная вместе с 31-й армией 1-му Украинскому фронту 140-я бригада участвовала в Пражской наступательной операции.
В 1966 году, незадолго до очередной годовщины Победы советского народа в Великой Отечественной войне, Конон Трофимович рассказывал:
«В годы войны фронтовикам казалось, что многие боевые эпизоды никогда не исчезнут из их памяти. Но это оказалось не так. И после войны наша жизнь была наполнена яркими событиями, и постепенно мы стали все реже воскрешать в своей памяти годы, проведенные на фронте.
Приближающаяся годовщина нашей исторической победы невольно заставляет всех нас, и особенно бывших фронтовиков, вспомнить о войне.