До какой степени свирепствовал здесь убийственный огонь, можно заключить из того факта, что понадобилось четыре раза менять все четыре орудия, защищавшие Малаховские ворота, едва успевали подвозить пушки – лошади и прислуга погибали в неравном бою, орудия разбивались. Пулей Коновницына ранило в руку, но он не оставлял сражения. Когда решено было оставить Смоленска, ночью на 6 августа Коновницын командовал арьергардом и вышел из города последним, всячески стараясь помогать людям, покидавшим родное пепелище. Он раздавал им деньги; стариков и детей сажал на пушки, ко всем находил слова утешения. Утром 6 августа, видя наше отступление, французы переправились через Днепр вброд у моста, оттеснили наших стрелков, заняли предместье и начали выступать из него на равнину по Пореченской дороге. Коновницыну поручено было выбить противника из предместья, и он, взяв егерскую бригаду князя Шаховского и отряд барона Корфа, как лев устремился вперед, атаковал французов и втоптал их в Днепр. На другой день произошло сражение при Лубине, где решительность Павла Алексеевича Тучкова спасла Русскую армию от разгромного положения. Когда Тучков геройски выдерживал нападения превосходящего в числе неприятеля уже около четырех часов, ему пришел на помощь Коновницын со своей дивизией. Французы яростно атаковали, но не могли сломить их. Самое упорное сражение продолжалось здесь весь день до позднего вечера, и неприятель не подвинулся ни на шаг вперед.
В августе Коновницын был назначен начальником главного арьергарда отступавших русских армий, и с 17 до 23 августа, день вступления Кутузова в Бородинскую позицию, был в беспрерывном огне, ежедневно выдерживая упорные нападения Мюрата. Тогдашние арьергардные дела его можно смело сравнить по количеству сражавшихся войск с генеральными битвами войн XVIII столетия. В день Бородинской битвы 3-я дивизия Коновницына в составе с корпуса Тучкова, стояла на Старой Смоленской дороге во второй линии крайнего левого крыла. В 7 часов утра князь Багратион, видя большие силы неприятеля, устремленные против него, послал за дивизией Коновницына и просил Кутузова о подкреплении. Дивизия Коновницына подошла в тот самый момент, когда неприятель овладел нашими укреплениями, и не дала ему там утвердиться. Презирая всю жестокость неприятельского огня, – докладывал потом Коновницын, –
«полки пошли на штыки, опрокинули французов, привели в крайнее замешательство их колонны, заняв высоту, с самого начала сражения упорно защищаемую». Однако Наполеон приготовил новую, сильнейшую атаку. Под защитою 100 орудий густые колонны пехоты и конницы ринулись на Багратиона. Видя невозможность остановить их пушечным и ружейным огнем, все наши колонны левого крыла двинулись в штыки. Произошло небывалое в летописях военной истории побоище. В эту торжественно-грозную минуту был ранен Багратион. Он был увезен с поля сражения, сдав Коновницыну командование над 2-й армией. Коновницын послал просить Раевского, как старшего, принять начальство. Раевский отвечал, что ему не может отлучиться со своего места, пока не отобьет итальянского вице-короля, и просил Коновницына действовать по обстановке. Видя невозможность устоять против превосходящих неприятельских сил, Коновницын отвел войска за Семеновский овраг, занял ближайшие высоты, взвез на них батареи и удерживал французов. Тогда на левое крыло наших позиций приехал Дохтуров, назначенный Кутузовым занять место Багратиона. Он одобрил сделанные Коновницыным распоряжения. Заметив отступление нашего левого крыла, Наполеон приказал Мюрату атаковать его конными дивизиями Нансути и Латур-Мобура и отрезать Дохтурова от русских войск, стоявших на Старой Смоленской дороге. Под огнем наших батарей, французская конница стойко продиралась вперед и потом понеслась во весь опор на лейб-гвардии полки Измайловский и Литовский. Подпустив на ближайший выстрел, гвардейцы встретили ее жестоким батальным огнем и обратили назад. Явились конные французские гренадеры, ударили на Измайловский полк – и вновь были отбиты. Во время этих атак Коновницын находился в каре Измайловского полка. Он был контужен ядром в левую руку и потом в поясницу. Ядро так близко пролетело мимо, что разорвало его мундир пополам. На другой день после Бородинского сражения Кутузов поручил Коновницыну командование 3-м пехотным корпусом вместо смертельно раненного Николая Алексеевича Тучкова. После оставления Москвы, скрывая от Наполеона свое передвижения к Тарутину в течение двенадцати дней, Кутузов, прежде всего, старался привести в порядок армию, сохраненную в тысячеверстном отступлением от Немана до Москвы и многочисленными выдержанными на пути сражениями. Кутузов из-за нехватки времени просто физически не мог заниматься всеми подробностями устройства войск. Для этого важнейшего дела был ему необходим опытный помощник, и выбор Кутузова пал на Коновницына. Приказом от 6 сентября тот был назначен дежурным генералом. С сей минуты до окончания Отечественной войны неразлучный с Кутузовым Коновницын был его правой рукой. Все повеления Кутузова были объявляемы Коновницыным, и через него представлялись фельдмаршалу донесения военных и гражданских властей. При исполнении своей многосложной обязанности Коновницын не знал покоя и усталости, спал не более трех часов в сутки, и то в неопределенное время. До какой степени оправдан был им выбор Кутузова, доказал он в первые три недели после своего назначения в дежурные генералы – тем блистательным состоянием, в коем находилась Русская армия при выступлении ее из Тарутинского лагеря. Это, однако, не означало, что генерал совсем оставил свое боевое поприще. Через четыре дня после Тарутинского сражения, узнав о появлении больших неприятельских сил на Новой Калужской дороге, Кутузов хотел удостовериться о причине прибытия их туда и, если можно, разбить их. Коновницын убедительно упрашивал Кутузова возложить на него поручение. Сначала Кутузов согласился, но затем передумал и уговорил Коновницына оставаться в главном лагере, утверждая, что присутствие его здесь необходимо. Вместо него послан был на Новую Калужскую дорогу Дохтуров. Спустя два дня Кутузов удовлетворил пламенное желание Коновницына сразиться с ненавистными ему французами.