Молере «голод монументальности». Впрочем, на левом политическом фланге он пробыл достаточно недолго. Вскоре у Молера появились новое увлечение, чуть было не стоившее ему жизни.
В 1942 году Армина Молера должны были призывать в ряды швейцарской армии. Однако он предпочитает дезертировать, после чего тайно переходит границу с Третьим рейхом. На тот момент он был «очарован» «европейской идеей», которая в качества инструмента манипуляций использовалась в пропагандистских материалах Ваффен-СС. Кроме этого нельзя забывать, что Молер чувствовал себя с Германией не только через немецкий язык, но и через почитание, казавшейся ему культовой книги Эрнста Юнгера «Труженик». В своей поздней работе «Кольцо в нос», в которой есть весьма спорные моменты, Молер писал: «В своем положении я должен был решиться на свершение чего-то конкретного. Я решился на то, что меня связывало общим языком — это была не «добрая старая Германия», а вся немецкая нация, сплотившаяся в борьбе за существование вокруг немецкой Империи, а это была не Священная Римская Империя Германских народов, а Третий рейх». На некоторое время он был размещен в казармах «Панорама» (Штутгарт), где пребывала большая часть швейцарских национал-социалистов, оказавшихся в Германии. Затем по инициативе СС он переводится в замок Калькхорст, где функционировала специальная «Имперская школа». Однако очень вскоре выяснилось, что Молер был не только «негодным к несению строевой службы», но и не совсем «благонадежным». По этой причине его отстраняют от какой-либо политической деятельности, после чего он несколько месяцев обучается искусству в Берлине. Реалии нацистской Германии очень быстро разочаровали молодого швейцарца — после некоторых раздумий, он предпочитает вернуться домой. Уже в Швейцарии после недолго пребывания в тюрьме, он продолжает свое академическое образование. Он обучается философии и истории искусств в родом ему Базеле. Здесь он заводит дружбу с еврейским философом Якобом Туабесом, который так описывал своего приятеля: «Он бы правым радикалом, я левым радикалом».
В 1945 году Молер, который являлся по собственному признанию «Книжным червем», делает решительные поворот в своей судьбе, он переключается от изучения музыки, на вполне политическую тематику. Четыре года спустя он защищает у Германа Шмален-баха и Карла Ясперса диссертацию о «Консервативной революции в Германии». Эта работа станет не просто его первым научным трудом, а творением, предопределившим всю жизнь Молера — отныне его имя станутся связывать в первую очередь с этой научной работой.
По сути, диссертация Молера, изданная в 1951 году в Германии отдельной книгой, стала первой типологией движения Веймарской республики, известного как «Консервативная революция». Молер был первым, кто заговорил о том, что «консервативные революционеры» не были вовсе попутчиками национал-социалистов, а скорее их неявными противниками и конкурентами. Кроме этого Молер исходил из «несовместимости христианства и Консервативной революции», однако при этом почему-то под христианством подразумевал дуальную модель «католицизм vs. протестантизм». В первом он по традиции многих немецких националистов видел зловещую наднациональную силу, которая ставила своей задачей сломить волю народов. И отнюдь не случайно в вульгарных конспирологических моделях «паписты» находятся рядом с «масонами». Неприятие протестантизма тоже было вполне объяснимо, так как большая часть консервативных революционеров не видела в нём сугубо религиозного начала, и в след за М. Вебером полагала «этикой капиталистического процветания», то есть вполне оправдано считала моралью неприемлемой для любого из течений «Консервативной революции» капиталистической системы. При этом Молер почему то не учитывал, что чтимый им (равно как и большинством «консервативных революционеров») Ф. М. Достоевский не мыслим вне православной, то есть истинно христианской традиции. Опять же автор исследования старательно обходил стороной христианскую составляющую мировоззренческих конструкций созданных представителями германского младоконсерватизма, который по большому счету и может считаться сугубо лагерем «Консервативной революции». Молер предпочитал исходить из ницшеанской позиции «любви к судьбе», которую увязывал воедино с «героическим реализмом». Нельзя сказать, что подобная позиция, как работа в целом вызвала восторг у научных руководителей. Например, есть сведения, что Карл Ясперс заявил по поводу научной работы Молера: «Собственно, я мог бы и не принимать Вашу диссертацию. Но не по причине Германии, а по причине США и России. Следовательно, Ваша книга причинит самое незначительное бесчинство. Следовательно, я могу себе позволить принять её». Одновременно с учебой и научными исследованиями Армии Молер начинает писать для швейцарских газет, в одной из них он дает весьма лестный отзыв о творчестве Эрнста Юнгера, после чего налаживает контакты с прославленным германским писателем.