Патриарх и духовенство обладали личной неприкосновенностью, церковные имущества и доходы налогами не облагались. Но очень часто все эти положения оставались только на бумаге. Насилие над православными, разрушение храмов, постоянное вмешательство в дела Церкви и в избрание Патриарха — достаточно характерные моменты в эпоху турецкого владычества.
В 1601 г. при патриархе Матфее I резиденция главы Церкви переносится в один из кварталов Константинополя — Фанар.
Из наиболее известных деятелей этого периода следует отметить Патриархов Иеремию II (+1595) и Кирилла Лукариса (+1638). Оба Патриарха жили в период зарождения и бурного развития Реформации в Европе и были вынуждены отвечать на вызовы этого движения. В самом начале Реформации некоторые ее деятели пытались установить контакты с иерархами Православной Церкви, ища в ней опору своим исканиям неискаженного христианства. Патриарх Иеремия, с которым вступили в общение эти деятели, благосклонно отнесся к их попыткам вернуться к изначальной христианской традиции и высказал готовность к диалогу с ними. Тем не менее, стоя на страже церковной традиции, он отверг те новшества, которые получили развитие в протестантизме. Кирилл Лукарис не был столь принципиален перед лицом Реформации и принял некоторые ее идеи в их кальвинистской интерпретации. Эти идеи были изложены в приписываемом Лукарису «Исповедании веры», изданном в 1629 г. в Женеве. Это «Исповедание» было осуждено несколькими православными соборами.
Очень часто только позиция России, защищавшей турецких христиан, спасала Константинопольскую Церковь от уничтожения и погромов. В 1774 г. она официально получила право покровительства православным народам в Турции.
С 1833 г. начался пятый, современный период истории Константинопольской Церкви, продолжающийся до сего дня. После Крымской войны в 1856 г. султан Абдул-Меджид издал особую грамоту «Хатти-Хамаюн», предоставляющую христианам равные права с мусульманами в империи. Одновременно было принято новое положение о церковном управлении, где права Патриарха впервые ограничиваются полномочиями Синода и так называемого Смешанного Совета, состоящего из четырех епископов и восьми мирян. В 1844 г. открылась богословская школа на острове Халка. Тогда же в XIX в. каноническая территория Патриархата значительно сократилась:
в 1833 г. отделилась Элладская Церковь, в 1865 г. — Румынская, в 1872 г. — Болгарская, в 1879 г. получила независимость Сербская Церковь, после Балканской войны 1912 г. часть епархий в европейской Турции отошли к Греческой Церкви.
Надежды на изменения положения в Патриархате были связаны с поражением Турции в Первой мировой войне. Надежды не оправдались, но несколько изменилось отношение Вселенского Патриархата к другим Православным Церквам.
В результате Балканских войн начала XX в., а также неудачной попытки отвоевать у Турции Малую Азию большая часть греческого населения Турции была вынуждена бежать, осев в Греции и рассеявшись по всему миру. Константинопольская Церковь, таким образом, растеряла почти всю свою паству. Тем не менее, она сохранила свою юрисдикционную власть над значительной частью покинувшего Турцию населения. Так постепенно были основаны епархии Константинопольской Церкви за пределами ее традиционно канонической территории — как в Старом, так и в Новом Свете. Подавляющая часть Константинопольского Патриархата к настоящему времени находится вне его канонической территории. Это отличает Константинопольскую Церковь от остальных Поместных Церквей, многие из которых хотя и располагают епархиями в рассеянии, основную часть своей паствы, тем не менее, имеют на своей канонической территории.
1.1.4. Попытки проведения всеправославных реформ
В 1919–1921 г.г. местоблюстителем Патриаршего престола был митрополит Брукский Дорофей, выступивший с широкой программой всеправославных реформ. В 1920 г. он выпустил энциклику, в которой пытался выступить от имени всех Православных Церквей безо всякой предварительной консультации с их Предстоятелями. Согласно этой концепции Константинопольский Патриархат мыслился не только как первый среди равных ему по чести и достоинству епископов, но как глава всей Православной Церкви. Такое обращение стало возможным в связи с оккупацией Константинополя союзными войсками в 1920–1923 г.г.
В 1921 г. без ведома турецкого правительства на патриарший престол был избран Архиепископ Афинский Мелетий (Метаксакис). С его именем связан целый ряд реформ, достаточно спорных с точки зрения всей полноты Православия. В 1922 г. он признал законность иерархии англиканской церкви, а в апреле 1923 г. издал Томос об обязательном и исключительном подчинении Константинопольскому Патриарху всей православной диаспоры, то есть тех приходов и епархий, которые в силу внешних причин утратили связь с Матерью-Церковью. В наибольшей степени это решение коснулось Русской Церкви, поскольку за государственными границами Советской России остались епархии и приходы в Америке, Эстонии, Польше, Финляндии, Латвии, Японии, Западной Европе, а также многочисленные православные русские эмигранты, бежавшие за границу от коммунистических преследований. Большинство этих Церквей оказались включенными в Константинопольский Патриархат на правах автономии.
В июне 1923 г. в Фанаре было созвано Всеправославное совещание глав и представителей большинства Православных Церквей, где принято решение о переходе на исправленный григорианский календарь, где неподвижные церковные праздники празднуются по новому стилю, а пасхалия совершается по юлианскому календарю. В результате в настоящее время по новому стилю совершают богослужения Константинопольская, Александрийская, Антиохийская, Румынская, Болгарская (с 1967 г.), Кипрская, Элладская, Албанская, Американская Церкви и Церковь Чешских земель и Словакии. В Польской Церкви западные приходы служат по новому стилю, а приходы на востоке страны — по старому. По юлианскому календарю служат Иерусалимская, Русская, Грузинская и Сербская Церкви.
1.1.5. Притеснения православных со стороны турецких властей
После 1923 г., когда войска союзников оставили Стамбул, Патриарху Мелетию пришлось бежать за границу, и с 1926 по 1935 г.г. он был Патриархом Александрийским. Турецкие власти настаивали на выселении патриаршей резиденции со своей территории, только Лозаннский договор 1923 г. и последующее соглашение между Турцией и Грецией 1930 г. создали нормальную почву для дальнейшей жизни Патриархата в Турции. Бедственное положение Патриархата усугубилось так называемой «Малазийской катастрофой», когда в результате поражения Греции в войне с Турцией в 1922–1923 г.г. все греческое население Малой Азии было либо уничтожено, либо эмигрировало. За время геноцида греческое православное население Турции сократилось с 2 миллионов до 120 тысяч человек. Константинополь лишился практически всех своих приходов на территории Турции. С этого времени турецкие власти взяли курс на вытеснение Православной Церкви со своей территории. В этой борьбе используются все методы, вплоть до физической расправы. В 1954 г. в Патриархии был устроен погром, а 3 декабря 1996 г. в храме святого Георгия была взорвана бомба. До этого взрывное устройство подкладывалось в 1994 г., а следующий взрыв прогремел в сентябре 1996 г. В августе 1971 г. турецкие власти закрыли богословскую школу на острове Халка, а в ноябре 1998 г. был распущен ее Попечительский совет. Нынешний глава Церкви Патриарх Варфоломей (Архондис) неоднократно заявлял общественности, что, начиная с 1992 г., Турция ведет психологическую войну против Вселенского Патриархата.