Новый начальник конструкторского бюро очень скоро увидел резкое противоречие между возможностями завода и качеством выпускаемого танка, но поначалу его отвлекали другие не менее сложные проблемы, требующие быстрого разрешения. Полный энергии, сил и желания с пользой применить свои способности Ж. Я. Котин начал работу с решения ряда организационных задач. Первым делом он поставил перед дирекцией вопрос о выделении специальному конструкторскому бюро приемлемого помещения. Руководители завода пошли навстречу молодому начальнику, и вскоре СКБ-2 из неудобного деревянного дома переехало на третий этаж нового здания, построенного для завкома.
Далее Ж. Я. Котин поставил вопрос о значительном повышении надежности выпускаемого танка и укреплении исполнительской дисциплины. «Ряд „авторитетов“ из прежнего руководящего состава оказывал сопротивление проводимой работе, — писал в своих воспоминаниях инженер Г. Ф. Бурханов, — эти люди считали, что совершенствование машины невозможно, что переработка конструкции только понизит качество танка. Для завершения задуманной перестройки требовался слаженный, работоспособный коллектив…»
Котин занялся укреплением СКБ-2 квалифицированными кадрами, решительно привлекая к делу молодых способных конструкторов, инженеров, техников. Военного инженера А. С. Ермолаева, которого Ж. Я. Котин знал еще по Военной академии механизации и моторизации РККА, он выдвинул на должность старшего инженера машины Т-28, а когда Ермолаев наладил дело, перевел его ведущим инженером в группу перспективных разработок. Руководство конструкторской группой, работающей над модернизацией танка Т-28, главный конструктор возложил на опытного инженера Н. В. Халкиопова. Наиболее сложные узлы по этой машине разрабатывали конструкторы: И. А. Алексеев, Г. Я. Андандонский, С. П. Богомолов, А. Н. Елизаров, М. Н. Ижевский, К. И. Кузьмин, П. П. Михайлов, Л. Е. Сычев, Н. Т. Федорчук, М. Т. Шелемин. Их работа по доводке конструкции и обеспечению серийного производства танка Т-28 требовала большой изобретательности и упорства. «Сам Ж. Я. Котин, — пишет далее Г. Ф. Бурханов, — не выпускал из своего поля зрения ни одного даже самого малого технического решения по этой работе».
Особенно много переделок и улучшений было внесено в ходовую часть танка Т-28. Кировские конструкторы усилили пружинные амортизаторы ходовых тележек, применили опорные катки с внутренней амортизацией, которая в дальнейшем неустанно совершенствовалась на всех последующих моделях «котинских» танков. В декабре 1937 г. Ж. Я. Котин подписал чертежи полностью измененной ходовой части танка Т-28, где существующие блоки-тележки с 12 катками заменялись четырьмя парами катков, сблокированными в компактные тележки на спиральных пружинах.
С первых дней работы в СКБ-2 Котин обратил внимание на то, что завод, выпускающий танк Т-28, необходимых расчетов по нему не имеет, что безусловно является одной из причин, снижающих надежность машины. Он подобрал группу инициативных, толковых инженеров, в которую вошли В. А. Поляченко, Ц. Н. Гольдбурт, В. Л. Яковлев, и дал им задание на проведение расчетных работ по узлам танка. Молодым специалистам, мало знакомым с этим делом, поначалу показалось, что поставленная задача совершенно невыполнима, но Котин помог им разобраться в ней, и задание было выполнено в срок.
Решение кардинальных организационных задач начальник конструкторского бюро не передоверял никому. Конструкторам нужна была своя база. Ж. Я. Котин настойчиво доказывал хозяйственным руководителям, что конструкторское бюро не может и не должно зависеть от цехов, занимающихся серийным производством. Конструкторы вправе иметь свой производственный участок и широко экспериментировать на нем.
— У нас на заводе, — объяснял Ж. Я. Котин, — проектировщик должен давать полный рабочий чертеж на каждую гайку. А будь в его распоряжении опытный цех, он мог бы там изготовить эту гайку, не теряя времени на предварительные чертежи, шире и смелее экспериментировать, что несомненно ускорило бы дело.