Переговоры с варшавским, парижским центрами контрреволюционной организации и польской разведкой привели Савинкова к убеждению возглавить «ЛД». На встрече Фомичева с деятелями фиктивной советской группы в Москве (апрель 1923 г.) было принято решение создать «Московский комитет «НСЗРиС» и направить в Париж к Савинкову представителей «Либерально-демократической организации». Также Фомичев был снабжен военной дезинформацией для польской разведки. «Михайловский» (Зекунов) вместе с Федоровым («Мухин-Петров») по приезде в Польшу встретились с капитаном Секундой из экспозитуры (пограничного пункта) № 1, который согласился оплачивать информацию о Красной Армии и передал Шешене деньги для выполнения особого задания. Получив «разведывательные материалы», польские спецслужбы предложили Федорову сотрудничество.
Для закрепления связи чекистов и Шешени Зекунов привез из Польши в Москву жену последнего, Александру Зайченок. В июле 1923 г. состоялся ряд встреч Федорова (в ходе операции совершившего 10 поездок за границу) с Савинковым в Париже. Английская и польская разведки к тому времени резко сократили финансирование «НСЗРиС». Необходимость в «кадрах» вынуждала Савинкова уделить пристальное внимание «Либерально-демократической организации». Он представил «членов» этой группы бывшему агенту английской спецслужбы СИС Рейли и своему помощнику полковнику Сергею Павловскому. Лидеру «НСЗРиС» доложили о «назревании идеологического кризиса» в «ЛД» и высказали предложения по решению этого вопроса. Для проверки деятельности московской организации Савинков отправил в СССР Павловского, указав адрес «Искры» (Шешени). ГПУ было осведомлено о приезде члена «НСЗРиС». В сентябре 1923 г. Павловский был арестован в Москве на явочной квартире Шешени. По прошествии некоторого времени Павловский дал согласие на сотрудничество с ГПУ. Следующий этап операции «Синдикат-2» был отмечен активным привлечением к деятельности «ЛД» и заманиванием в СССР самого Савинкова. В Варшаву выезжал «курьер ЦК ЛД Серебряков» (сотрудник КРО Г.С. Сыроежкин), передавший капитану Секунде «разведданные», а Савинкову — докладную записку Шешени. Затем в Париже побывал сам Шешеня, также убеждавший Савинкова в необходимости приезда в Россию. В Ростове-на-Дону были организованы встречи Фомичева с «лидером антисоветской группы» Султан-Гиреем (сотрудником КРО Ибрагимом Абиссаловым), в Минеральных Водах — с руководителем местной организации «ЛД» «Борисюком» (начальник 6-го отделения КРО Игнатий Сосновский). Встреча с Павловским, который «ввиду ранения при попытке вооруженного ограбления банка в Ростове не смог приехать в Париж», не состоялась, так как он «был вывезен в Москву» (откуда на самом деле не выезжал). По возвращении в Москву Фомичев встретился с Павловским (под негласным контролем чекистов). Павловский «настаивал» на приезде Савинкова в Советский Союз.
В июне 1924 г. в Париже состоялись решающие переговоры Федорова и Фомичева с Савинковым, результатом которых стало намерение последнего приехать в СССР с целью проведения террористических актов в отношении советских руководителей. Также Савинков планировал убийства находившегося в Италии в апреле 1924 г. председателя СНК СССР А.И. Рыкова (и был огорчен сообщением Федорова-«Мухина» о возвращении Рыкова в Москву) и полпреда СССР в Лондоне Х.Г. Раковского, надеясь, что этот теракт приведет к разрыву англо-советских отношений.
Операция «Синдикат-2» вступила в заключительную стадию. 15 августа 1924 г. лидер «НСЗРиС» со своими помощниками супругами Александром и Любовью Дикгоф-Деренталями (последняя фактически уже давно была гражданской женой Савинкова), Фомичевым и «Мухиным» перешел польскую границу. С советской стороны переход обеспечивал сотрудник полпредства ОГПУ по Западному краю И.П. Крикман (по легенде — член «ЛД» пограничник Батов). «Гостей» на границе встречали чекисты Пузицкий и Демиденко. Фомичев был арестован в тот же день в гостинице (впоследствии освобожден, жил в деревне, уже будучи крестьянином-середняком, был арестован и расстрелян в 1929 г.). На следующий день сотрудники ОГПУ арестовали Савинкова и супругов Деренталь на заранее подготовленной конспиративной квартире в Минске (при участии Р.А. Пилляра и полпреда ОГПУ по Западному краю Ф.Д. Медведя). 27 августа 1924 г. Савинков предстал перед Военной коллегией Верховного суда СССР, которой и был приговорен к расстрелу, замененному 10 годами заключения. Последующая история годичного пребывания Савинкова во Внутренней тюрьме ОГПУ на Лубянке и его самоубийства в мае 1925 г. хорошо известна, особенно благодаря опубликованным в последнее время документам.
Удар по савинковскому центру привел к разложению ряда антисоветских организаций за рубежом и в Советском Союзе. «Народный союз защиты родины и свободы» прекратил существование.
Постановлением Президиума ЦИК СССР 5 сентября 1924 г. В.Р. Менжинский, Р.А. Пилляр, С.В. Пузицкий, Н.И. Демиденко, А.П. Федоров, Г.С. Сыроежкин были награждены орденами Красного Знамени. А.Х. Артузов, И.И. Сосновский, С.Г. Гендин и И.П. Крикман были удостоены благодарности правительства СССР.
Вместе с Иностранным отделом КРО провел в 1924–1928 гг. операцию «Д-7» — оперативную игру с «Русским общевоинским союзом». Задачей операции являлось установление морским путем контакта с английской разведкой с последующим выявлением эмиссаров председателя РОВС генерала А. П. Кутепова.
Объектом «Д-7» стала группа бывших офицеров Преображенского полка, служивших в штабе Петроградского военного округа. Завербованные ОГПУ бывший офицер, сын царского генерала Д.Д. Зуев (псевдоним «Аккуратный») и Н.А. Муравьев («Беб») связались с эмиссаром Кутепова уже упоминавшимся полковником Жуковским, приезжавшим весной 1924 г. из Парижа в Ленинград.
Летом 1926 г. через Латвию в СССР прибыли курьеры РОВС Майданович и Буров. Последнего сотрудники ОГПУ устроили матросом на пароход, совершавший заграничные рейды. Майдановича с письмом от «военной организации» отправили обратно в Париж. В ноябре кутеповского эмиссара арестовали советские пограничники при очередном прибытии в СССР. На допросе Майданович рассказал о своей деятельности по поручению латвийской разведки и генерала Монкевица, помощника председателя РОВС. Сотрудники ОГПУ отправили Майдановича в Латвию, где тот установил связь с бывшим офицером Полянским. Полянский также являлся сообщником Кутепова и работал на латвийскую разведку. Его задержали в январе 1927 г. Полянский был завербован ОГПУ под псевдонимом «Андронов». Вскоре сотрудники советской разведки от имени «военной организации» скомпрометировали его перед председателем РОВС. В марте 1927 г. был задержан очередной эмиссар — Самойлов, направленный Кутеповым для продолжительной работы в СССР.
Лидеры белоэмигрантов подозревали своих курьеров в сотрудничестве с ОГПУ Материалы суда над арестованными Самойловым и Буровым в Ленинграде были представлены Кутепову. Вина за провалы в подрывной работе против СССР возлагалась на его эмиссаров. Деятельность «военной организации», от которой были переданы материалы судебного процесса, продолжалась. В ноябре 1927 г. Кутепов намеревался отправить в Ленинград нового курьера, но ответ «сообщников» был отрицательным. В 1928 г. несколько представителей белоэмигрантов, прибывших в Советский Союз, были арестованы. ИНО ОГПУ рассчитывал на внедрение своих агентов в латвийскую разведку и РОВС. Осуществлению этого плана помешали сомнения Кутепова в отношении «Беба». «Аккуратный» сообщил председателю РОВС об оперативной игре советских контрразведчиков (это также было частью плана, об этом свидетельствует арест Зуева в 1930 г. с последующим освобождением в 1931 г.). Став бесперспективной, «Д-7» была прекращена по приказу руководства ОГПУ.
Также известны и описаны в литературе операции КРО по выводу на территорию СССР белогвардейского атамана Б. Анненкова, изготовителя антисоветских фальшивок С. Дружиловского и других. Успешно велась работа против разведок Англии, Франции, Германии и других государств. Велось наблюдение за неофициальным представителем немецкой военной разведки в СССР полковником О. фон Нидермайером, был раскрыт его осведомитель командир Красной Армии Готфрид. Были разоблачены в 1925 г. немецкие студенты, готовившие покушение на Л.Д. Троцкого. Советская контрразведка завербовала польского военного атташе в Москве Кобылянского.