В период тяжелых оборонительных боев сотрудники Особого отдела флотилии проводили, исходя из имеющихся возможностей и складывающейся оперативной обстановки, мероприятия по выявлению агентуры противника, диверсантов и дезертиров. Постоянно находясь на обслуживаемых кораблях и в частях флотилии, контрразведчики в силу сложившихся обстоятельств, в основном связанных с отступлением наших войск, не могли вести полноценной оперативно-розыскной работы. Тем не менее работа проводилась, получаемые оперативные материалы при первой возможности документировались. Лица, которых контрразведчики подозревали в совершении противоправной деятельности, брались в изучение, при подтверждении первичных данных они задерживались и передавались в органы следствия. Проверка обычно проводилась в течение нескольких дней, по законам военного времени чаще всего выносился обвинительный приговор. Следует отметить, что некоторая часть арестованных расстреливалась во внесудебном порядке. За июнь — ноябрь 1941 г. Особым отделом ДуВФ было произведено свыше 100 арестов[597].
Наряду с контрразведывательным обеспечением флотилии проводилась работа по направлению советских разведчиков за линию фронта с целью сбора информации военного характера. Однако подготовка лиц, направляемых в тыл противника, была очень слабой, поэтому эти мероприятия не дали конкретных результатов.
При отходе частей флотилии из населенных пунктов Особым отделом НКВД принимались меры по оставлению своих агентов на оседание, перед которыми ставились задачи по сбору информации об оккупационном режиме, выявлению лиц, оказывающих содействие оккупантам, пособников немецкой и румынской разведок.
В ноябре 1941 г. решением Верховного Главнокомандующего Дунайская военная флотилия, как потерявшая в силу временных неудач Красной армии свой театр военных действий, была расформирована и влита в состав Черноморского флота. Корабли флотилии были передислоцированы для укомплектования военноморских баз Черноморского флота и Азовской флотилии[598].
Второй период действия Дунайской военной флотилии начался весной 1944 г., в связи с выходом советских войск к Днестру, и завершился в связи с окончанием Великой Отечественной войны. Постановлением ГКО от 13 апреля 1944 г. Наркомату Военноморского флота было предложено на базе расформированной
Азовской флотилии создать флотилию на Дунае. С этого момента и возобновилась боевая деятельность Дунайской флотилии. В ее состав входили: отдельная бригада речных кораблей (14 бронекатеров, 18 минометных катеров, 22 тральщика), бригада бронекатеров (36), отряд полуглиссеров (16), отдельный батальон морской пехоты, зенитно-артиллерийский дивизион и 4 артиллерийские батареи[599].
На Дунайскую военную флотилию была возложена задача обеспечения флангов наступающих вдоль Дуная частей Красной армии. Во время боевых действий в Дунайском бассейне флотилия активно участвовала в операциях по освобождению от немецкофашистских захватчиков территории Румынии, Болгарии, Югославии, Чехословакии, Венгрии и Австрии[600].
Взаимодействуя с войсками 2-го и 3-го Украинских фронтов, Дунайская военная флотилия участвовала в Ясско-Кишиневской, Белградской, Будапештской и Венской наступательных операциях, содействовала сухопутным войскам в форсировании Днепровского лимана, высадила 20 тактических десантов, поддерживала артиллерийским огнем приречные фланги сухопутных войск, перевозила войска. Всего было перевезено свыше 900 тысяч человек, свыше 1,5 тысячи танков и САУ, более 7 тысяч орудий и минометов, 450 тысяч тонн различных грузов. Корабли флотилии прошли с боями вверх по Дунаю свыше 2 тыс. км[601].
После нового формирования Дунайской военной флотилии был сформирован вновь и Отдел контрразведки «Смерш» по названной флотилии. Основным направлением оперативно-розыскной деятельности ОКР «Смерш» ДуВФ в 1944–1945 гг. являлось пресечение деятельности агентов противника, проникших в части и подразделения с территорий иностранных государств, где действовала флотилия.
В обзоре деятельности Отдела контрразведки «Смерш» ДуВФ отмечено, что за период с апреля 1944 г. по 31 декабря 1945 г. «было арестовано 159 человек, в том числе: шпионов — 24; диверсантов — 64; изменников Родины — 20; предателей и пособников — 26; членов “Организации украинских националистов” — 3; за бегство с поля боя — 1; за антисоветскую агитацию — 5; за дезертирство — 4; за прочие воинские преступления — 12. В числе арестованных имелось значительное количество иностранных подданных, привлеченных разведывательными органами [за деятельность, направленную] против Красной армии и Военноморского флота»[602].