В период первого президентства Путина сформировался новый олигархат из высших чиновников (в основном спецслужбистского происхождения), контролирующих крупнйшие государственные и полугосударственные компания и одновременно являющихся бенефициарами крупных частных предприятий.
24 февраля 2004 Путин подписал указ об отставке правительства; исполняющим обязанности премьер-министра назначил Виктора Христенко. 1 марта 2004 выдвинул кандидатуру М.Фрадкова на пост главы правительства, которая
5 марта 2004 была утверждена Государственной Думой.
На президентских выборах 14 марта 2004 В.Путин получил, по официальным данным, 49.5657238 голосов избирателей (71,31 %) при явке 64,39 %.
В апреле 2004 г. повысил заработную плату себе и министрам.
9 мая 2004 во время праздничных торжеств на стадионе «Динамо» в Грозном сепаратистами взорвана правительственная трибуна, убиты 7 человек, в т. ч. президент Чечни Ахмад Кадыров и председатель Госсовета Хусейн Исаев, тяжело ранен командующий оккупационной группировкой войск генерал Валерий Баранов.
22 июня 2004 в ходе нападения боевиков на Ингушетию погибло 88 человек.
В июле 2004 подписал закон «О государственной гражданской службе РФ», согласно которому полностью и на неопределенный срок сохраняются льготы и привилегии для государственных чиновников и членов их семей. В начале августа 2004 администрация президента провела через Государственную Думу закон об отмене льгот для других категорий населения с неполной и неэквивалентной заменой некоторых из них на денежные выплаты («Закон № 122 известный также как «закон о монетизации льгот»),
21 августа 2004 при нападении боевиков на Грозный погибло 78 человек.
В ночь с 24 на 25 августа 2004 террористы-смертники взорвали два пассажирских самолета, вылетевших из Москвы, погибло 89 человек.
31 августа 2004 при взрыве у станции метро «Рижская» в Москве погибли 10 человек.
Не менее 338 человек (из них 186 – дети) стали жертвами захвата школы в Беслане чеченскими террористами 1–3 сентября 2004.
13 сентября 2004 на расширенном заседании правительства Путин, ссылаясь на необходимость усиления борьбы с терроризмом, заявил, что высшие должностные лица регионов России должны избираться Законодательными собраниями по представлению президента и что выборы депутатов Госдумы необходимо проводить только по партийным спискам.
12 декабря 2004 подписал закон об избрании глав субъектов РФ региональными парламентами по представлению президента РФ – закон отменяет прежний порядок прямого избрания глав субъектов федерации населением.
В апреле 2005 г., находясь с визитом в Германии, сообщил, что не планирует выдвигать свою кандидатуру на пост президента России в 2008 году: «Я не буду менять основной закон. По конституции нельзя избираться три раза подряд». При этом отметил, что избираться в третий раз не подряд российская конституция не запрещает: «Правда, не уверен, что я этого захочу».
12 сентября 2007 отправил в отставку правительство Михаила Фрадкова. 14 сентября, получив согласие Государственной Думы, назначил председателем правительства Виктора Зубкова. Неоднократно говорил, что на третий президентский срок не пойдет, поскольку чтит действующую Конституцию и считает неправильным пересматривать ее «под конкретного человека».
1 октября 2007 согласился возглавить список партии «Единая Россия» на декабрьских выборах в Госдуму.
10 декабря 2007 принял лидеров четырех партий – «Единой России», «Справедливой России», АПР и «Гражданской силы» – и согласился с их предложением поддержать кандидатуру Дмитрия Медведева на президентских выборах-2008.
На съезде «Единой России» 17 декабря 2007 принял предложение Дмитрия Медведева в случае избрания последнего президентом занять пост председателя правительства.
7 мая 2008 года Путин с себя президентские полномочия, одновременно став председателем партии «Единая Россия».
На внеочередном пленарном заседании Государственной Думы 8 мая 2008 был утвержден председателем правительства РФ.
В тот же день, 8 мая 2008 года, Медведев подписал указ о назначении Путина премьер-министром РФ.
27 мая 2008 Путин занял также пост председателя Совета министров Союзного государства Белоруссии и России.
В мае 2008 сформировал новый правительственный кабинет под своим руководством.
Сократил число заседаний Правительства до одного раза в месяц, восстановив взамен практику регулярных (раз в неделю) заседаний Президиума Правительства, в который включил абсолютное большинство членов кабинета (что позволяет Президиуму принимать коллегиальные решения от имени всего Правительства).