Шло время, а «Скорпион» не возвращался в родной порт и не подавал о себе вестей. Сомнений больше не оставалось — лодка затонула. Сначала тщательному обследованию подвергся относительно неглубокий район атлантического шельфа. Если лодка затонула неповрежденной, а члены ее экипажа живы, то можно попытаться спасти их (что исключалось на более значительных глубинах). Вторым районом поиска стали вершины подводных гор, которые тянутся на протяжении многих миль. Предполагалось, что одна из них расположена ближе к поверхности, чем это указано на картах, и на ней может лежать «Скорпион». Эта полоса была обследована с воздуха на случай, если лодка находится на поверхности, а ее электрические системы вышли из строя в результате какого-то происшествия, может быть, даже столкновения с китом.
Дни шли за днями, время от времени очередная ложная надежда лишь усиливала нараставшее напряжение. Неподалеку от побережья штата Виргиния на дне обнаружили подводную лодку почти таких же размеров, что и «Скорпион». Оказалось, что она находится там еще со времен второй мировой войны. Несколько раз в радиопередачах было зафиксировано слово «Брэндивайн» — кодовое название «Скорпиона», однако проверка показала, что это название вполне законно носят восемь судов. Один радиолюбитель из Лондона сообщил журналистам, что принял радиограмму с борта «Скорпиона», в которой говорилось о неполадках конденсатора паротурбинной установки. Это сообщение, однако, сразу же опровергло командование ВМС США. Разочарования сменялись надеждой, а надежда — новыми разочарованиями. Через 9 дней командование ВМС объявило лодку «предположительно погибшей».
Армада спасательных судов и самолетов была отозвана на свои базы, и в море остались для продолжения поисков только суда «Боудич» и «Мизар», успешно зарекомендовавшие себя при поисках «Трешера» и потерянной у Паломареса водородной бомбы. «Мизар» тянул за собой со скоростью 1 узел своеобразные сани — сваренную из стальных труб конструкцию, передвигавшуюся на расстоянии 4–9 м от дна. На санях были установлены соединенные с судном коаксиальным кабелем (длиной более 6 км) магнитометр, фотокамера специальной конструкции, снабженная объективом с полем зрения 120° и двумя импульсными лампами, а также гидролокатор горизонтального и вертикального обзора.
Тем временем в Вашингтоне начали выявляться весьма неприглядные факты. Как обнаружилось, в корпусе «Скорпиона» имелись очень тонкие (волосные) трещины. В гидравлических уплотнениях вокруг корпуса перископа наблюдалось проникновение воды. Такие же протечки отмечались и вокруг гребного вала. Не исключалась также возможность каких-то неисправностей в навигационном оборудовании лодки.
Все это стало сенсацией для прессы, хотя тут же выяснилось, что ни один из репортеров, опубликовавших статьи относительно этой катастрофы, никогда не служил на подводной лодке. Так, например, сталь, используемая для строительства корпусов атомных подводных лодок, всегда имеет волосные трещины, что является свойством структуры этого типа сталей. Подобные трещины затем легко сошлифовываются без какого-либо вреда для корпуса. Сквозь гидравлические уплотнения всех перископов всегда просачиваются вода и масло, капающие на головы подводников. Протечка вокруг гребного вала — это не просто вполне нормальное явление, она заранее предусмотрена. Каждая вахта в машинном отделении должна следить за тем, чтобы протечка не прекращалась: забортная вода играет роль смазки, предотвращающей заедание быстро вращающегося вала. Что касается неисправностей в работе навигационного оборудования, то образованная вскоре следственная комиссия не смогла получить ни одного данного под присягой показания, которое подтвердило бы, что подобные отказы имели место. Такова действительная ценность этих «неприглядных фактов».