Они восстали против Омейядов в 747 году, воспользовавшись поддержкой прото-шиитов, то есть тех, кто был связан с Семьей пророка и памятью об Али и его мученически погибшем сыне Хусейне. Даже после того, как Аббасиды пришли к власти и сделали своей новой столицей Куфу, другие ветви Семьи пророка продолжали протестовать. Некоторые восстали против власти Аббасидов, как их более ранние предшественники — против Омейядов.
Однако Джафар ас-Садик не присоединился к ним, не поддержал их дело. Он предпочел стать научным авторитетом и политическим наблюдателем. В первой половине 750-х годов он поддерживал политику домоседа, которую начал его отец. Живя в Медине, Джафар не представлял угрозы для халифа Аббасидов в Куфе, и его оставили в покое.
Однако в 753 году получил бразды правления новый халиф Аббасидов, аль-Мансур. Он сосредоточил все усилия на защите своей власти.
Используя интеллектуальную элиту, включая Джафара, халиф пытался создать теократическое государство, где ему принадлежала бы роль наместника Бога. Он также подтвердил права своей династии на халифат на основании родословной. Несмотря на то, что она не была столь благословенной, как родословная Джафара, аль-Мансур заявлял: он и его отпрыск — прямые потомки дяди пророка, Аббаса — в равной степени претендуют и на имамат.
В 760 голу аль-Мансур провозгласил себя имамом-халифом.
Джафар не мог вынести этого двойного требования. Как назначенный имам своего рода, он был вынужден противостоять халифу на двух основаниях. Во-первых, по представлениям шиитов о власти и преемственности, имамат должен оставаться независимым от халифата, пока Господь не дарует имамату победы. Во-вторых, имамом может быть только потомок пророка через его дочь, Фатиму. Имам получает свою исключительную власть, но не путем предъявления политических требований, а через прямое назначение от предыдущего имама. Он также наследует специальные внутренние знания («илм»), которые передаются через священную кровь из поколения в поколение.
Вначале сопротивление Джафара было не политическим, а, скорее, интеллектуальным, что переплеталось с Кораном. К 760 году Джафар ас-Садик стал гораздо большим, чем просто старшим государственным деятелем для Семьи пророка. Он был уважаемым знатоком Корана; некоторые утверждают, что ему принадлежат комментарии к Книге. Хотя они и не сохранились, каждый может легко оценить некоторые из его главных идей, обратившись к более поздним комментариям, написанным шиитскими учеными.
Джафар имел тройственный взгляд на Коран. Первое и наиболее очевидное значение было буквальным: каждый мог прочесть текст на арабском языке. Однако ко времени рождения Джафара большая часть языка Корана стала отличаться от повседневного арабского. Поэтому одним аспектом толкования был перевод того языка, на котором написан Коран, на разговорный арабский. Но чтобы понять контекст аятов, сур и событий из Книги Знамений, необходимо было нечто большее, чем просто перевод. Этим вторым уровнем толкования стала история. Здесь требовалось понимать обстоятельства, в которых жили пророк и первые мусульмане.
Конечно, приходилось рассмотреть события, определившие линию преемственности, которая обошла Семью пророка и перешла к близким друзьям Мухаммада: Абу Бакру, Омару и Осману. Вместе с Али эти трое были известны, как Праведные халифы. Однако их праведность переоценивалась в свете нравственного превосходства Али.
Третий уровень толкования заходит еще дальше. Выходя за исторические и языковые рамки, Джафар анализирует область воображения, мифов, интуиции. Некоторые назвали такую теорию аллегорическим подходом к Корану. Это был самый извилистый и наименее доступный путь к раскрытию тайн Книги Знамений.
Однако именно этот третий, аллегорический путь предлагает наиболее творческий и свободный из всех способов изучения Священного Корана.
Джафар был особенно искусен во втором и третьем уровнях толкования, хотя зачастую трудно найти между ними разницу. Например, Али, благодаря близким отношениям с Мухаммадом, должно быть, присутствовал при ниспослании Господом некоторых Откровений, которые потом стали Книгой Знамений — Великим Кораном. Но не находя в Откровениях Корана явных упоминаний об Али, как можно найти косвенные указания на него, а также его род?