Карманных денег не всегда хватало баварским принцам. Летом 1860 года Людвиг, чтобы сделать подарок для Отто, решил выручить деньги необычным способом. Он узнал, что за вырванные здоровые зубы платили 10 гульденов. Для этого Людвиг направился к зубному врачу. Доктор был удивлен внезапному появлению кронпринца, подумав, что того привела острая зубная боль. Людвиг попросил дантиста вырвать один или два здоровых коренных зуба, чтобы получить небольшое количество денег. Доктор не пошел на поводу кронпринца, а известил королевский двор. Максимилиан был разгневан на сына, но с протестом вмешалась королева Мария. Так карманные расходы принцев возросли вдвое, до 25 флоринов. Королева часто вмешивалась и противоречила строгим воспитательным методам мужа, которые он применял на сыновьях. Она стремилась свести конфликт к компромиссу и установить лад в семье. Физические наказания детей были ей противны.
Воспитание Людвига было аналогичным воспитанию принца Альберта – сына королевы Виктории, или Берти, как его звали в семье. Его отец принц Альберт Саксен-Кобург-Готский имел схожие с Максимилианом II черты характера: серьезность, строгость, склонность к наукам, немецкий темперамент, сдержанность, педантичность, трудолюбие и добросовестность, нетерпение недостатков и беспокойство об обучении сына как будущего короля. Как Максимилиан, так и Альберт мало способствовали тому, чтобы их наследники росли счастливыми и приспособленными к жизни людьми. Это привело к тому, что Берти, протестуя против строгих родительских правил воспитания и желая вырваться из-под родительского гнета, вырос своенравным, нетерпимым к любым ограничениям, недисциплинированным, любящим развлечения. Принц Альберт мало учитывал особенности характера своего сына, они желали вылепить из него будущего идеального монарха и не желали принимать таким, каков он был. Берти был живой, активный, общительный, неукротимый мальчик, унаследовавший своеволие своей матери, на которого строгий отец натянул «смирительную рубашку» в виде неустанных занятий с утра до позднего вечера, жесткой дисциплины, ограничения игр и общения со сверстниками. Подобную ошибку в воспитательно-образовательном процессе совершит и дочь принца Альберта и королевы Виктории, принцесса Вики, со своим сыном Вильгельмом (позднее кайзер Вильгельм II). Для нее примером во всем всегда был ее отец, и она захочет из сына вылепить идеал – второго принца Альберта, взяв за основу его методику, но получит совершенно обратный эффект, как и ее мать с отцом в отношении ее брата Берти.
А система образования, заложенная королем Максом, привела к тому, что Людвиг уединялся в миры собственного воображения, которые стали для него более реальными, чем окружающий его мир.
Королева Мария отмечала, что Людвиг учился и схватывал быстро учебную программу, но не столь охотно, как Отто. Многие современники отмечали отличную память Людвига: он знал наизусть длинные отрывки из произведений Шиллера, Гёте, из либретто Р. Вагнера и блестяще их декламировал. Кронпринц проявлял усердие и терпение к темам, которые ему были интересны, а к тому, что не цепляло его внимание, он оставался равнодушным, и занятия этими предметами проходили без удовольствия. До 11 лет Людвиг получал начальное образование, а потом вплоть до 17 лет – гимназическое. Ему нравилось изучение французского языка, пристрастие к которому пришло с детства под влиянием французской бонны. От нее он получил первые знания по истории Франции и абсолютной королевской власти. Также Людвиг делал успехи в уроках немецкого языка и литературы, истории, искусстве, в плавании и верховой езде. В математике, географии, греческом языке он не показал выдающихся результатов.
Распорядок дня кронпринца был напряженным: шесть дней в неделю, 8 часов в день учебной программы. Подъем происходил в 5:30 и начинался с одевания, завтрака. После 8 часов с небольшими перерывами на отдых Людвиг посещал уроки немецкого, французского, латыни и греческого языков, математики, географии, литературы, истории, богословия, рисования, танцев, верховой езды; ближе к вечеру в 19 часов у кронпринца были уроки фехтования, плавания или гимнастика. Между уроками были перерывы на второй завтрак, обед, прогулки, игры, совместное пребывание с матерью, иногда выезды с родителями. Отход ко сну происходил в 21 час.
Людвиг иногда протестовал против порядков учителей, мог вести себя упрямо, вспыльчиво. По мнению историка, исследователя Франца Мерты, не было никаких признаков, что Людвиг II ненавидел бы своих преподавателей и воспитателей. Фридрих Ламперт писал об протестном поведении юного Людвига с преподавателями: «В противном случае он мог дать выход эмоциям наружу, каким он был на самом деле. Он часто долго умел скрывать свои истинные представления и намерения, чтобы выступить с ними неожиданно в подходящий момент. Уже в своем отрочестве это доставляло ему самую большую радость, если он мог обмануть как-нибудь своих преподавателей».