В 1687–1688 гг. основной линией короля стала постепенная ликвидация привилегированного положения англиканской церкви во всех областях общественной жизни: духовной сфере, образовании, управлении, судопроизводстве. Огромное значение Яков II придавал созыву парламента, который должен был отменить карательные законы и «Тест-Акты». Британские политики опасались, что отмена этих законов позволит Якову II создать новую (альтернативную) элиту, опираясь на которую король постепенно оттеснит от власти всех, кто препятствовал его реформам. В условиях общественной истерии 1680-х гг. религиозная политика Якова II была негативно воспринята широкими слоями населения, что умело использовала оппозиция, интерпретировав ее как стремление короны добиться полного восстановления на Британских островах былых позиций католической церкви и, в конечном счете, уничтожения результатов Реформации. В умах современников Якова II тенденция к централизации власти и реставрация католицизма были лишь двумя сторонами одного процесса — создания католического абсолютистского государства, ярким примером которого для британцев того времени выступала французская монархия Людовика XIV.
Специфика внутриполитического курса Якова II заключалась и в том, что в отличие от ряда своих предшественников, он уделял больше внимания Ирландии и Шотландии, что явилось одним из факторов, способствовавших развитию якобитизма прежде всего на этих территориях.
Хотя Яков II придерживался в целом консервативного политического курса, следует, однако, отметить, что его главной целью был не возврат к прошлому, а приспособление монархии к новым политическим, социальным и экономическим реалиям. В этой связи во многих аспектах своей политической деятельности он выступал как новатор и реформатор, и выдвинул идеи, которые в значительной степени предвосхищали требования своего времени. Яков II одним из первых британских политиков осознал, что «Высокая англиканская церковь», стоящая на позициях «королевской Реформации» XVI в., будет неуклонно терять свое влияние в обществе. Своими мерами по эмансипации своих единоверцев Яков II почти на двести лет предвосхитил британских политиков, которые законодательно полностью прекратили притеснения католиков только в XIX в. Король внес значительный вклад в формирование профессиональной сухопутной армии, без которой Британия не могла поддерживать статус одной из ведущих держав Европы. Наконец, Яков II был практически единственным британским политиком XVII в., который выступил за смягчение политики в отношении Ирландии. Впоследствии британские правители неоднократно были вынуждены обращаться к реформам, намеченным еще Яковом II. Примечательно, что Вильгельм III во многих направлениях внутренней политики в Британии и Ирландии был вынужден продолжить отдельные начинания своего предшественника.
В период правления Якова II во всех трех британских королевствах в политику выдвинулся широкий круг новых лиц из дворян, сановников, юристов, профессиональных военных, опираясь на которых, король стремился проводить свою политику. Они образовали достаточно сплоченную группу, которая в ходе «Славной революции» была оттеснена от власти. Лица, выдвинувшиеся при Якове II, были столь тесно с ним связаны, что не могли рассчитывать на высокие посты при новой власти, а многие из них в силу своего невысокого социального статуса не имели иной опоры во властных кругах, кроме свергнутого короля. Для этих политиков единственным способом вернуться во власть была реставрация Якова II. Следует учитывать также и фактор личной преданности: многие представители высшего духовенства, военные и политики открыто отказались перейти на сторону Вильгельма Оранского, хотя им были сделаны выгодные предложения. Именно эти люди образовали ядро якобитского движения, которое начало складываться уже в ходе «Славной революции». В связи с этим можно утверждать, что якобитское движение берет свое начало не в восстаниях 1689–1691 гг., а ранее — уже с первых попыток ближайшего окружения Якова II противостоять Вильгельму Оранскому и его сторонникам в декабре 1688 — феврале 1689 г. Именно тогда впервые заявили о себе будущие лидеры якобитов.