Ватиканская верхушка скоро заметила, что верующие толпой валили к Молиносу и его последователям. Народ стал говорить о бесполезности церковных таинств, а монахи и монахини — считать себя безгрешными, приписывая все грехи дьяволу. Народ переставал нуждаться в римских священниках как в посредниках между собой и Богом. Власть папы и кардиналов могла рухнуть в одночасье, и смириться с этим никто не хотел. И Церковь зашевелилась. Когда Молинос стал подвергаться преследованию со стороны Ватикана, королева не могла остаться в стороне и выступила в его защиту.
Молинос принял критику в свой адрес вполне спокойно. Он вошёл в контакт с генералом ордена иезуитов Оливой и попытался с ним объясниться, но главный иезуит его не понял или не захотел понять, и началась кампания травли «еретика». На поприще теоретизирования победить квиетистов было трудно. И тогда в дело вмешалась инквизиция. Инквизиторы действовали иначе: они поняли бесполезность теоретических споров и взялись за самого Молиноса. Они обнаружили «проколы» в личной жизни проповедника, собрали на него компромат, и одним прекрасным июльским утром 1685 года папские сбиры[147] ворвались к Молиносу в дом, конфисковали около двадцати тысяч писем от верующих, среди которых были найдены около двухсот писем от королевы Кристины, и увели его в тюрьму. В стране поднялся ропот. У арестованного были многочисленные сторонники в самых знатных и богатых семьях Италии. Папа Иннокентий XI был тоже возмущён арестом «отличного человека». Королева Кристина выразила протест и каждый день посылала в тюрьму своего слугу, чтобы осведомиться о состоянии квиетиста.
Процесс против Молиноса, затеянный инквизицией, не обещал быть простым и лёгким и затянулся на долгие годы. Главное обвинение, заключавшееся в том, что проповеди Молиноса являлись дьявольским искушением, доказать было не так просто, и поэтому инквизиторы сосредоточились на доказательствах его «аморального» поведения. Они обвинили проповедника в неподобающем поведении по отношению к женскому полу. Молинос защищался, но иезуиты были опытными теологами и буквоедами. Постепенно и методично они припирали его к стенке, пока тот не признал себя виновным.
Под удары инквизиции попал и марсельский отшельник Франсуа Малаваль. Он тоже обратился за помощью к королеве Кристине. Французский квиетист полагал, что авторитет королевы в католическом мире был настолько высок, что «любое Ваше одобрение — это печать, которая сможет запечатать рты наших противников» и будет способствовать оправданию Молиноса.
Кристина быстро принялась за дело. В защиту попавших под огонь критики квиетистов она написала несколько писем и выразила епископу Палермскому благодарность за поддержку, оказанную им арестованному Молиносу. Убеждённая в том, что Молинос не виновен и скоро будет оправдан, она допустила неосторожное (или намеренное?) публичное высказывание, что если всё-таки его вина будет доказана, то он должен быть примерно осуждён. Однако в продолжение всего процесса она не переставала интересоваться состоянием здоровья заключённого и посылать ему в тюрьму фрукты и сладости.
Между тем инквизиторы шаг за шагом находили и доказывали всё новые и новые прегрешения Молиноса, и Кристина, очевидно не посвящённая во все детали личной жизни своего исповедника, волей-неволей стала верить в эти доказательства. В конце концов она капитулировала. Королева признала, что Молинос был шарлатан, и, таким образом, пала жертвой ещё одной иллюзии — если, конечно, она сознательно не дистанцировалась от квиетизма и Молиноса.
Двадцать третьего сентября 1687 года состоялся заключительный акт суда над Мигуэлем Молиносом. Перед лицом всех кардиналов и собравшейся многочисленной публики он отрёкся от своих «заблуждений». Папа Иннокентий XI, постоянно симпатизировавший Молиносу, был вынужден признать суд инквизиции правильным и своим присутствием почтил его последнее заседание. Среди публики не наблюдалось лишь одной знаменитости — бывшей королевы Швеции. Её отсутствие было, конечно, слишком многозначительным. На процессе ни слова не было сказано о конфискации в доме у квиетиста писем Кристины. Здесь чувствуется рука кардинала Аззолино, спасшего королеву от ещё одного публичного скандала. Письма эти исчезли — скорее всего, они были сожжены инквизиторами.