Это был первый чувствительный удар, нанесённый по интересам клана Оксеншернов. Несмотря на глубокое уважение к «папе Акселю» и признание его несомненных заслуг перед страной, Кристина рассудила спорное дело не по «понятиям», а строго по закону. Это делало ей честь.
Канцлер вернулся в Стокгольм в сентябре и снова взял руководство Государственным советом в свои руки. Но Кристина по-прежнему проявляла свой нрав и высказывала своё мнение, не всегда совпадавшее с мнением членов совета, по всем принципиальным вопросам. Впрочем, она умела соблюсти меру и в конце ноября 1645 года решила подсластить горькую пилюлю Оксеншернам, возведя канцлера в графское достоинство.
А первое серьёзное столкновение королевы с «папой» произошло 14 (25) января 1647 года при обсуждении памфлета Ю. Маттиэ, касающегося внутреннего урегулирования противоречий в лютеранской церкви. Памфлет, сочинённый ещё в 1644 году, вызвал большое недовольство шведского клира. Шведская церковь обвиняла автора в кальвинизме, хотя он всего лишь призывал к веротерпимости. Королева открыто выступила в поддержку своего учителя и дала его книге положительную оценку. Аксель Оксеншерна находился в лагере наиболее рьяных критиков Маттиэ и считал, что памфлет не способствовал единению лютеран, а значит, наносил вред государству. Против этого возразить было трудно, и королева обратилась за советом к членам правительства. Возникла жаркая дискуссия, в ходе которой Кристина расплакалась, а члены Госсовета разошлись, не приняв никакого решения. Автор памфлета выступил с компромиссными заявлениями, похожими на покаяние, и разворошённый церковный «муравейник» во главе с канцлером успокоился. Было очевидно, что Кристина не хотела слишком далеко заходить в споре с канцлером и отступила, но простить ему своё поражение она не смогла.
Ещё одно столкновение с Государственным советом и риксдагом по тем же церковным вопросам закончилось уже в пользу Кристины. Двадцатилетняя королева, следуя по стопам отца, проявлявшего религиозную терпимость, решительно отклонила проект так называемого конкордата, регулировавшего формы общения шведских лютеран со своими собратьями в Европе и душившего любые проявления синкретизма. По-видимому, она в этот момент хотела, с одной стороны, продемонстрировать и консолидировать свою никому не подотчётную власть, а с другой — в затхлой обстановке воинственного и оголтелого шведского лютеранства очертить границы своей духовной независимости.
В марте следующего, 1648 года противостояние между королевой и канцлером снова обострилось. На сей раз предметом несогласия послужило предложение Кристины ввести в состав Госсовета заслуженного дипломата Ю. А. Сальвиуса. Она была заранее уверена в том, что предложение вызовет сильное сопротивление со стороны членов правительства, потому что Сальвиус был не благородного происхождения и дворянство получил за свои заслуги совсем недавно. Это её не смущало, и она решила дать своему правительству бой.
Положение усугубляло и то обстоятельство, что между Сальвиусом и сыном канцлера Юханом Оксеншерной, двумя самостоятельными и равноправными представителями Швеции на мирных переговорах в Оснабрюке, шли раздоры. Кристина же, открыто критикуя обоих представителей за медлительность, тайно поддерживала Сальвиуса, более склонного к компромиссам и скорейшему прекращению войны, нежели молодой Оксеншерна. К тому же Ю. А. Сальвиус входил в придворную партию королевы и был ярым противником клана Оксеншернов.
Для канцлера закулисная игра Кристины с Сальвиусом не была секретом, но предпринять что-либо против них он не мог. Акселя Оксеншерну весьма огорчало, что королева в частных письмах Сальвиусу критиковала его инструкции на переговорах, но когда Сальвиус по рекомендации Кристины показал адресованное ему королевское письмо французскому послу д’Аво, терпению канцлера пришёл конец и он выступил с резким протестом. Но Кристине удалось успокоить «папу», и они примирились.
Формальное предложение о кооптации Сальвиуса в состав правительства Кристина сделала 27 марта (7 апреля) 1648 года. На заседании присутствовали одиннадцать советников, включая четырёх ведущих. Королева могла рассчитывать на поддержку своего предложения лишь со стороны одного риксадмирала. Риксдротс П. Брахе был ненадёжен: с одной стороны, он вроде бы всегда выступал на защиту королевской семьи, но и поддерживал Оксеншерну как человек, сидевший в одной лодке с аристократами. Когда начались дебаты о выработке очередных инструкций для переговоров в Оснабрюке, королева демонстративно поддержала решение канцлера, что не могло не вызвать у него искреннего удовлетворения. Заседание шло гладко, дебаты проходили без сучка и задоринки, а вопросы решались быстро и по-деловому. Ясно, что королева хорошо подготовилась к основным дебатам о Сальвиусе и, прежде чем начинать бой, проявила по отношению к Государственному совету максимум доброй воли.