Родс постоянно работал над созданием союза южноафриканских республик, и он знал, что относительно либеральная политика Капской колонии в отношении чернокожих африканцев всегда будет главным камнем преткновения на пути к объединению с бурскими республиками. Поэтому он начал работать над изменением законов в Капской колонии, поддержав закон о легализации порки непочтительных (чернокожих) слуг; голосование, чтобы снова повысить требования к владению собственностью для участия в выборах; введение теста на образование, что лишило права голоса еще тысячи чернокожих избирателей; насильственное присоединение новых туземных земель и переселение тысяч чернокожих африканцев в резервации. "Моя идея заключается в том, что туземцев следует держать в этих туземных резервациях и вообще не смешивать с белыми людьми", - заявил он. Он принял законы, по которым фермы становились неразделимыми, что означало, что младшие сыновья и незамужние дочери фермеров вынуждены были покидать землю, обеспечивая приток дешевой рабочей силы. Не успокоившись на этом, Родс ликвидировал миссионерские школы, чтобы чернокожие африканцы не могли получить образование. "Когда я вижу проблемы с рабочей силой, которые происходят в Соединенных Штатах, - заметил он, - и когда я вижу проблемы, которые будут происходить с английским народом в их собственной стране... я скорее рад, что рабочий вопрос здесь связан с туземным вопросом... Если белые сохранят свое положение высшей расы, наступит день, когда мы все будем благодарны за то, что туземцы находятся с нами на своем месте". Он ввел комендантский час для чернокожих африканцев и расовую сегрегацию в государственных учреждениях.
Все эти изменения поддерживались газетами Родса, особенно "Кейп Аргус". К 1895 году он, по сути, создал все ключевые основы режима апартеида, который полностью вступит в силу полвека спустя. А в Родезии Земельная комиссия Родса лишила коренных жителей их земель и поместила в плохо расположенные резервации, чтобы их территории могли быть открыты для белых поселенцев.
Однако даже Сесил Родс не был непобедим. Его падение было стремительным и произошло по его собственной вине. Его здоровье ухудшалось. Он страдал от проблем с сердцем, которые усугублялись курением, выпивкой и значительным набором веса. Ему было всего около сорока, но выглядел и вел он себя гораздо старше. Ему стало казаться, что времени на осуществление одной из самых больших своих амбиций - объединение всех независимых республик юга Африки под одним знаменем - остается все меньше. Пока что перспективы добычи полезных ископаемых в Родезии складывались не так, как он надеялся. После длительной поездки по региону один из его горных инженеров сообщил: "Я призываю инвестирующую общественность проявлять должную дискриминацию". Оказалось, что большие залежи золота в Трансваале, в окрестностях Йоханнесбурга, не простираются на север, как многие предполагали. Родезия и Британская южноафриканская компания не только не оправдали прежних оптимистичных прогнозов о невероятном богатстве недр, но и великие золотые месторождения Трансвааля привели к тому, что бурская республика стала самым богатым государством на юге Африки - что навсегда помешало бы ее объединению с Капской колонией. Кроме того, Родс испытывал личную ненависть к Паулю Крюгеру, президенту Трансвааля, и стал участником плана по вторжению в Бурскую республику, свержению ее президента и насильственному присоединению к Капской колонии.
План Родса был похож на тот, что удался при захвате королевства Лобенгулы: инсценировка восстания с требованием вмешательства. Его главным приспешником в этом случае был тот же Леандер Джеймсон, который возглавлял восстание в Родезии и который снова поведет частные силы на помощь в Трансваале; все должно было быть сделано просто и чисто. Британское правительство уже рассматривало подобную схему, но по разным причинам отказалось от нее, поэтому у Родса были основания полагать, что Британия не откажется от операции, как только она будет завершена. Однако рейд - тщательно продуманный заговор с участием журналистов, промышленников и правительственных чиновников - обернулся полной катастрофой. Джеймсон и восемьсот рейдеров ворвались в Трансвааль, ожидая восстания в свою поддержку, но восстания так и не произошло, и захватчики были окружены, схвачены и взяты под стражу для допроса силами Трансвааля. Несмотря на то, что Родс заявлял о своей невиновности, он был вынужден уйти в отставку с поста премьер-министра. Устав его компании был практически аннулирован, а сам он заплатил огромные штрафы. Но он так и не был напрямую связан с вторжением; все его люди молчали и даже попали в тюрьму, не проронив ни слова о его непосредственном участии. Два года спустя Родс попытался вернуться в политику, но проиграл с перевесом в одно место, несмотря на огромные расходы и владение большей частью "свободной" прессы Кейптауна. Тогда он обратил свой взор на Родезию - "свой" север, как он ее называл, - и потратил много времени на строительство железных дорог и телеграфов, а также на поиск и разработку шахт и других ресурсов.