Бурская война, начавшаяся в 1899 году, была более или менее неизбежной, учитывая очевидные и усиливающиеся разногласия между бурскими республиками и Капской колонией, а также их борьбу за преобладание. Родс принял активное участие в обороне Кимберли и своего алмазного рудника во время конфликта, охватившего весь регион. Понеся десятки тысяч жертв, британские войска разгромили бурские республики, и в итоге Оранжевое свободное государство и Трансвааль были объединены с Капской колонией в Южно-Африканский Союз.
Сесил Родс провел оставшиеся несколько лет своей жизни, занятый восстаниями в Родезии и ухудшающимся здоровьем. Его преследовала и, вероятно, шантажировала польская принцесса по имени Екатерина Радзивилл, которая подделывала векселя на его имя, распространяла слухи об их помолвке, предлагала ему жениться и вообще изводила его, несколько раз преследуя из Лондона в Кейптаун и обратно. В конце концов, когда все ее предложения были отвергнуты, она обвинила его в преступном мошенничестве. По всей видимости, у нее были документы, которые Родс не хотел обнародовать, и таким образом ей удалось получить от него крупную сумму денег. Радзивилл продолжала преследовать его до самой смерти 2 марта 1902 года в возрасте сорока девяти лет. Он умер в Кейптауне и был похоронен в Родезии.
Однако Британская южноафриканская компания продолжала существовать, хотя харизматичный оптимизм Родса скрывал тот факт, что компания не была прибыльной. Войны за подчинение туземцев и репарации, выплачиваемые поселенцам за испорченное имущество, поглощали огромные суммы ее богатств. И хотя в Родезии были обнаружены полезные ископаемые, они так и не стали той великой удачей, которую представляли себе Родс и первоначальные акционеры компании. Земля оказалась самым ценным активом компании, но контроль над ней подразумевал постоянное отстранение от нее африканцев. В течение многих лет компания продолжала терять деньги, и акционерам, должно быть, было больно узнать, что захват и управление страной не является изначально прибыльным делом. Кроме того, моральная сторона дела заключалась в том, что компания была замешана в грубейших нарушениях прав человека по отношению к покоренному народу.
Тем не менее компания организовала кампании по стимулированию заселения и продажи своих земель, и к Первой мировой войне численность белого населения - людей, владевших всей землей в Родезии, - достигла 31 000 человек. Сельскохозяйственное производство резко возросло, как и добыча полезных ископаемых. Однако акционеры не получали большой прибыли: расходы на содержание Родезии были слишком высоки, а содержать мощные вооруженные силы, чтобы не дать коренным африканцам отвоевать свою территорию, было очень дорого. Правление компании в Родезии закончилось в 1923 году, когда поселенцы потребовали ответственного правительства, и британское правительство удовлетворило их просьбу.
Британия также решила, что право собственности на все невостребованные земли не принадлежит компании, поскольку она больше не является агентом Короны. Однако акционерам было выплачено несколько миллионов фунтов стерлингов в качестве компенсации за потерю этих земель.
К моменту смерти Родса британцы относились к его достижениям со смесью отвращения и восхищения. Газета "Таймс" писала: "Он сделал больше, чем любой другой современник, чтобы представить воображению своих соотечественников ясное представление об имперских судьбах нашей расы, но мы хотели бы забыть другие вопросы, связанные с его именем".
Он и другие подобные ему империалисты, заключает газета, "вызывают отвращение, а иногда и ненависть, в точности пропорциональную масштабам их достижений". Для некоторых поклонников он был великим провидцем, пророком имперской экспансии и судьбы, неустанно работавшим над расширением Британской империи на благо менее цивилизованных народов и осуществлением своей благородной мечты о глобальной англоязычной империи с центром в Великобритании, которая принесет мир и процветание всему миру. Он был "великим белым человеком". Другие, не столь очарованные, видели его действия в другом свете: этот человек использовал свое значительное богатство и влияние, чтобы получить видимость легитимности от чартерной компании для частного вторжения на территории южной и восточной Африки, контролируя средства массовой информации через владение газетами и подкуп чиновников, в то время как его корпоративные наемники свергали правительства и прокладывали путь к незаконному захвату земель у местных народов для расширения своих горнодобывающих интересов и извращенных неоколониальных мечтаний.