Коэн с гордостью рассказывал о хаосе, который он посеял: "В один день они угрожают, что приплывут в Банду и отомстят, а в другой говорят, что нападут на наши корабли в море. Дома они рассчитывают поквитаться с нами путем репрессий в Ла-Манше и собираются разбить нам головы. Ежедневно они придумывают новые угрозы, что ясно показывает, что они совсем запутались". Притворство мирного бизнеса было отменено.
Коэн всегда ненавидел Бантам за его приторный, затхлый воздух, поэтому, когда султан Бантама приказал ему прекратить воевать с англичанами, Коэн распорядился перенести свой штаб из Бантама на восемьдесят километров к востоку вдоль того же побережья в маленький городок Джакарту, где его радушно принял принц. Однако Коэн пробыл в Джакарте недолго, когда по его приказу небольшая английская фабрика в городе была сожжена и разрушена. Неожиданно прибыл флот английской Ост-Индской компании во главе с сэром Томасом Дейлом. Он приказал одиннадцати своим кораблям блокировать семь кораблей Коэна в порту и потребовал от Коэна капитуляции. Несмотря на то, что его численность была меньше, Коэн отказался.
После нескольких дней заминки 2 января 1619 года началась морская война между кораблями двух компаний. Они выстроились в боевой порядок перед Джакартой и пронеслись мимо друг друга в "жестокой кровавой схватке". Все судоходство в индонезийском порту остановилось, когда загрохотали тысячи пушек, едкий дым заволок воздух, а сотни людей были разорваны осколками дерева, искалечены летящими гранатами и застрелены снайперами в такелаже. Когда флоты разошлись на ночь, стало очевидно, что флот английской компании одерживает верх над кораблями воков. В ту ночь Коэн созвал своих капитанов на военный совет, чтобы обсудить их слабую позицию, обусловленную побитыми кораблями, многочисленными ранеными и истощенными запасами боеприпасов. Когда на следующее утро прибыли еще три корабля английской компании, Коэн, скрипя зубами от унижения, приказал людям на заводе в Джакарте защищать склад до смерти, а затем дал сигнал своим кораблям повернуть и бежать перед превосходящими силами ненавистного врага. Такого он еще никогда не делал.
Когда его потрепанный флот поднял паруса и направился к Молуккам, где он планировал перегруппироваться и собрать более сильный флот из кораблей, стоявших в его многочисленных торговых точках по всему региону, Коэн, хмурясь от досады, удалился в свою каюту. Костлявой рукой, сжимающей перо, он набросал письмо Совету семнадцати, в котором порицал их за то, что они не предоставили ему достаточно людей, кораблей и оружия. Нетрудно разглядеть высокомерие, скрывающееся за его едким посланием: "А теперь посмотрите, что произошло... Клянусь, что никакие враги не принесут нашему делу большего вреда, чем невежество и глупость, существующие среди вас, господа!" - писал он своим начальникам.
Но затем для Коэна все изменилось с плохого на хорошее. Сэр Томас Дейл, беспечный, нецеленаправленный и неспособный объединить независимых капитанов своего флота, позволил Коэну сбежать, а затем провалил штурм форта. Дейл приказал своим кораблям не преследовать остатки разбитого флота Коэна. Вместо этого он направился к побережью Индии, где через несколько месяцев умер от болезни. Некогда могущественный флот английской Ост-Индской компании рассыпался, отчасти из-за неудобной структуры управления английской компанией. Флот Дейла не был по-настоящему подчинен ему: он полагался на убеждение, поскольку каждый капитан отвечал за прибыль или убытки своей экспедиции, не имея всеобъемлющей или скоординированной корпоративной директивы и не имея долгосрочного финансирования.
Успешно отбив атаки англичан, 2 марта гарнизон воков решил назвать свою маленькую крепость Батавией, "как называлась Голландия в древности". В мае Коэн с триумфом вернулся в Джакарту, одержав победу над неудобной, децентрализованной структурой управления английской компании. Он направил в крепость тысячу свежих солдат и 28 мая приказал им атаковать. Местный князь, ошеломленный неожиданным вероломством, не смог отбиться от войск Коэна. Коэн захватил трехтысячный город, сжег большинство его зданий и захватил землю для вока. Затем он разработал планы нового поселения по традиционной голландской модели, с которой был хорошо знаком.
Коэн сохранил название Батавия для нового поселения, представляющего собой прочную каменную крепость, окруженную угловыми улицами, каналами и мостами.
"Все короли этих земель прекрасно знают, что означает основание нашей колонии в Джакарте и что из этого может последовать, так же как и самый умный и дальновидный политик в Европе", - хвастался он. Затем он предпринял атаку на корабли английской компании, которые теперь были разделены на небольшие группы, и разгромил их, захватив семь для собственного использования, тем самым положив конец противостоянию английской компании с вокалом в Индонезии. "Несомненно, эта победа и бегство англичан произведут фурор во всей Индии", - признал он. "Это повысит честь и репутацию голландской нации. Теперь каждый захочет быть нашим другом".