Графы Гэнтли и Босуэл, узнав, что Меррея и Арджиля ожидают на другой день, и думая, что им грозит участь Риччо, бежали, спустившись по веревке из дворцового окна, выходившего в поле. Графы Атоль, лорды Флеминг, Ливинстон и сэр Джемс Бальфер, находившиеся в Гомруде, когда заговорщики захватили дворец и когда был убит Риччо, тоже спаслись бегством.
События, происходившие во дворце, встревожили жителей Эдинбурга. Городской старшина, извещенный Мельвилем, приказал ударить в набат и с толпою вооруженных граждан явился к воротам дворца, желая узнать, что случилось, и прося позволения увидеть королеву. Но заговорщики отказали ему и грозили королеве, что убьют и ее и выкинут за стены, если она захочет видеть граждан и говорить с ними. Но так как последние настаивали на своем желании, то им отвечали от имени короля, что королева здорова, что с нею не случилось ничего плохого и что убит только секретарь — итальянец, находившийся в сношениях с папою и королем испанским и условившийся с ними ввести в государство иностранные войска с целью покорить его и восстановить католическое вероисповедание. Затем Дарнлей приказал пришедшим удалиться. Они разошлись тогда, и королева без всякой надежды на помощь оставалась в течение всей этой печальной ночи пленницею в своей комнате, не имея при себе даже своих слуг и женщин. Она чувствовала, что ей нужно принуждать себя, притворяться, посеять раздор между своими врагами, чтобы сначала вырваться из их рук, а потом уж отомстить им. И она исполнила это с терпением, хитростью, ненавистью и ловкостью оскорбленной женщины.
Брак королевы с Дарнлеем и умерщвление Риччо повергли Шотландию в бездну заговоров и убийств. В ночь после убийства Риччо Мария Стюарт была погружена в самое горькое отчаяние. В собственном дворце ее сделали невольницей. На утро Дарнлей стал действовать как неограниченный монарх. Он определил распустить парламент и предписал его членам под страхом наказания за измену оставить Эдинбург в течение трех часов. Когда он посетил королеву, то нашел ее в припадке исступления. Трагические сцены на ее глазах, страшные воспоминания и зловещие намерения заговорщиков повергли ее в бредовое состояние. При виде ее положения у Дарнлея снова пробудились жалость и любовь. Он стал просить заговорщиков допустить к ней двух служанок. Мария увидела, что может освободиться только при помощи Дарнлея и своей хитрости и притворства. Когда по ее просьбе явился к ней Меррей, то она бросилась к нему и сказала: «Ах, брат мой, если бы вы были здесь, то не позволили бы поступить со мной так недостойно!»
При тайных свиданиях с Дарнлеем она указала ему, какое жалкое положение займет он среди буйного дворянства, если позволит ему одержать верх над нею, и в то же время указала на опасность, которой он подвергнется со стороны союзных государей, если допустит торжество протестантской религии. Ей нетрудно было привлечь его. Дарнлей был человек пустой и слабый. Резкие и унизительные объяснения между ним и королевой, казалось, были забыты. Мария делала вид, что забыла про обиду. И тогда Дарнлей решился помогать освобождению Марии Стюарт. Это освобождение, разумеется, могло совершиться только при обмане других заговорщиков. Через несколько дней Дарнлей заявил, что королева больна лихорадкой и ей угрожают преждевременные роды, если она не переменит места. В то же время уверял, что она готова исполнить их желания и подписать нужные им акты. В доказательство этому он привел к ней Меррея, Мортона и Рутвена. Мария стала упрашивать их забыть все прошлое, и что она снова будет милостива к изгнанникам и подпишет нужные им условия.
Принужденные уступить желаниям короля и просьбам королевы, заговорщики составили акт в защиту своей безопасности и передали его Дарнлею для подписи королевой. Но в следующую ночь (11 марта) Мария вместе с Дарнлеем и капитаном гвардии Эрскином тайно из Гомруда на заранее приготовленных лошадях отправилась в замок Денбар.
Прибыв туда, она немедленно созвала вооруженных дворян. Заговорщики, узнав об этом, послали к ней лорда Семпля для исполнения данных ею обещаний. Три дня она не давала ответа. Когда же собралось войско, набранное графом Босуэлом, Гэнтли, Атолем, Маршалом и архиепископом Сент-Андрейским, она сбросила маску и 16 марта издала прокламацию против бунтовщиков, которые осмелились обагрить кровью дворец и задержать там ее в плену. Желая раздробить силы врагов, она примирилась с Мерреем, Арджилем и другими на условии, что они не соединятся с убийцами Риччо. Последних она преследовала с неумолимым мщением. Мортон, Рутвен, Линдсей, Дуглас и более шестидесяти других лордов и дворян были преданы суду за участие в злодеянии. Королева пошла с войском на Эдинбург, где были заговорщики. Но последние бежали в Англию.