Между тем Босуэл, пробыв несколько времени на балу, в полночь возвратился. В сопровождении своих соучастников он через сад прошел к дому Бальфера. Двое часовых, узнав его, пропустили их. Обстоятельства заставляют думать, что двое убийц с помощью поддельных ключей проникли в комнату короля. Услыхав шум, Дарнлей набросил на себя шубу и соскочил с кровати, чтобы спастись бегством. Но убийцы схватили его и задушили. Таким же образом был убит и молодой его паж. Потом они перенесли трупы в маленький фруктовый сад, находившийся по соседству, где они и были найдены на следующее утро. Король был в одной рубашке, а шуба лежала возле него. Окончив это преступное дело, один из заговорщиков зажег фитиль, проведенный в бочку пороха, чтобы, взорвав дом, вернее скрыть следы убийства. Босуэл и другие злодеи отошли тогда на некоторое расстояние, дожидаясь взрыва, происшедшего в третьем часу утра. Услышав страшный треск, все бросились бегом в Эдинбург.
Войдя в свой кабинет, Босуэл в сильном волнении бросился в постель. Вскоре дежурный чиновник постучал к нему и взволнованно доложил: «Дом короля взлетел на воздух, и король убит». Услышав эту весть, Босуэл притворно выказал свое сильное негодование и вскричал: «Измена!» Он оделся и направился с пришедшим графом Гэнтли к королеве. Мария Стюарт, узнав ужасную новость, казалось, впала в безмолвное уныние. Она не обнаружила ни гнева, ни решимости против злодеев, лишь заперлась в своей комнате, сносясь беспрестанно только с одним Босуэлом. Затем тот в сопровождении отряда солдат отправился на место преступления. Жители Эдинбурга, пробужденные взрывом, собрались там уже с самой зари. Они рассеялись вокруг разрушенного дома и по саду, где лежали трупы. Босуэл приказал перенести тела жертв в соседний дом, не позволяя никому приближаться к ним и рассматривать их. Но уже все заметили, что на теле короля не было видимых ран, что он не был ни Обожжен порохом, ни убит падением; что шуба около него не была прожжена и что оба трупа не могли быть выброшенными на такое значительное расстояние без всякого повреждения. Через несколько дней Дарнлей был тайно погребен в Гомрудской капелле.
Как бы сраженная горем, королева Мария поручила тайному совету (состоявшему из соучастников убийства), секретарем которого был Летингтон, уведомить об этом несчастии французский двор.
«Я не знаю, — пишет она своему посланнику при Карле IX, — виновников преступления, но вполне полагаюсь на заботы моего совета в разыскании их». Заручившись сочувствием французского двора, она 12 февраля издает прокламацию, в которой обещает 200 ливров тому, кто доставит ей хотя бы некоторые сведения об убийцах. Голос народный отозвался немедленно: на воротах городской тюрьмы появились афиши, называвшие Босуэла и Бальфера убийцами короля. Другие афиши обвиняли Риччо и других служителей королевы. Королева, однако, не предпринимала никакого преследования убийц, главного же из них держала около себя. Во избежание пересудов она оставила Эдинбург и удалилась в замок лорда Ситона. Переехав туда с Босуэлом, она и не думала предаваться скорби. Спустя две недели после смерти мужа все с удивлением увидали, что двор в Ситоне занят только одними удовольствиями. Обвинительные подозрения народа между тем возрастали все более и более.
Возбужденное следствие об убийстве мужа королевы велось медленно и вяло, да и самый процесс, по-видимому, походил на комедию. Мария даже не убоялась худшего: когда, так сказать, каждый указывал пальцем на Босуэла как на убийцу Дарнлея, когда вывешенные на стенах объявления публично обвиняли его в убийстве, она не старалась даже скрывать того расположения, которое оказывала этому разбойнику. Это был беспримерный соблазн. Но этот соблазн стал бесстыдством, когда Мария вышла замуж за явного убийцу своего мужа. История этого брака — целая бездна преступления и позора.
Королева и Босуэл разыграли комедию похищения королевы из замка. Но кто примет всерьез нападение Босуэла на Марию, когда она поехала в Стэрлинг навестить сына, и взятие ее в плен? Кто будет отрицать, что королева могла силою защититься от Босуэла? Разве она прежде, да и впоследствии не доказала, что обладала способностью и энергией проявлять свою волю и при более трудных обстоятельствах, пролагать себе путь через всякие препятствия. Она, сумевшая после убийства Риччо ускользнуть из Гомруда и убежать из строгого заключения, не могла будто бы спастись от Босуэла? По всем вероятиям, она не хотела этого сделать; ей желалось иметь мужем мошенника, который окончательно овладел ее умом. С бесстыдной поспешностью приступили к заключению греховного союза, и, как только был устроен формальный развод Босуэла с женою, вдова Дарнлея отдала 15 мая свою руку его убийце. На следующее утро на воротах замка был написан пентаметр Овидия: «Mense malas maio nubere vulgus ait» (Распутные женщины выходят замуж обыкновенно «в мае», говорит народ). Что вообще может извинить безумную королеву, так это поведение, которое выказывали дворяне по случаю убийства Дарнлея и брака Марии с Босуэлом. Единомышленники этой аристократии объявили убийцу свободным и пошли еще дальше: 28 лордов, восемь католических и протестантских прелатов и двадцать католических и протестантских графов, баронов и лордов заключили союз, подписали и приложили печати к формальному приговору, оправдывающему Босуэла.