Королева принуждена была спасаться бегством, через два дня достигла аббатства Дандренанн, и здесь, на свою собственную погибель, она решилась искать убежища в Англии, то есть отдаться в руки своему смертельному врагу. Напрасно лорд Геррис заклинал свою повелительницу не оставлять Шотландии. Дерзкая прокламация, которую Меррей обнародовал против своей побежденной сестры, достигла Дандренанна и произвела на Марию такое впечатление, как будто бы шотландская почва горела под ее ногами. Она написала Елизавете, что возлагает всю свою надежду на Бога и на нее, и 16 мая отправилась в рыбачьей лодке из Дандренанна через Солуэей в Воркингтон. Через десять дней ее встретили в Карлайльском замке лорд Скроуп и сэр Ноллис от имени королевы, но с таким холодным высокомерием, что Мария тут же поняла, что она жестоко ошиблась, решившись искать помощи у английской королевы. Скроуп и Ноллис о своем свидании с Марией сообщили Елизавете следующее: «Судя по разговорам, которые мы имели с шотландской королевой, у нее изобретательный ум и красноречивый язык; кроме того, она обладает гордостью и большою энергией». Это звучало в ушах Елизаветы не совсем приятно, и она решила, что Мария ни под каким условием не должна возвращаться в Шотландию. Теперь Елизавета, с удалением Марии, благодаря своим приверженцам регенту Меррею, Мортону и другим, сделалась полной властительницей Шотландии. Но чтобы не возбудить враждебных отношений со стороны Франции и лишить ее всякой возможности помочь Марии, она старалась показать, что лишенная престола королева пользуется свободой и властью. Подобный маневр был ей необходим для того, чтобы, смотря по обстоятельствам, запугивать неспокойных шотландских баронов.
В действительности же Мария, едва вступив на английскую почву, сделалась пленницей, хотя ей дан был небольшой двор, расходы которого она покрывала своими вдовьими французскими деньгами. Было бы сурово, но не так жестоко, если б Елизавета с самого начала содержала свою сестру под строгим арестом, потому что этим были бы отняты у пленницы средства вести многолетнюю борьбу против своего врага, борьбу, которая с неизбежностью должна была привести к ужасной катастрофе. Что Мария рассчитывала на эту борьбу, не подлежит никакому сомнению. Заключенному в клетку соколу можно сто раз повторять, что он должен покориться своей судьбе и выносить все, что выпало на его долю, но сокол все-таки не перестанет пытаться так или иначе сломать ужасную клетку.
Но клетка была крепка. Сокол только поломал крылья и поранил себя о железную решетку. Девятнадцать лет пришлось Марии питаться тюремным хлебом. По прихоти Елизаветы ее перевозили из тюрьмы в тюрьму, часто в суровую зиму, не обращая никакого внимания на ее расстроенное здоровье и отводя ей холодное и сырое помещение. Фотерингей был последнею станцией ее жизненного поприща, мрачный пуританин Паулет был ее последним тюремщиком. Нужно отдать честь несчастной женщине: она и в заключении упорно и с достоинством вела борьбу со своим врагом. Хотя и постоянно обманываясь, она все-таки не теряла надежду примириться с Елизаветою на каких-нибудь приличных условиях.
Впоследствии, разумеется, ее сердце наполнилось желчью, да иначе и быть не могло. Она видела, как все ее планы рушились, она знала, что все ее друзья или погибли на эшафоте, или томились в темницах и в изгнании. Воображение ее было омрачено, дух упал и тело разбито. Она преждевременно состарилась, волосы ее вылезли, желудок отказывался переваривать пищу, и она с трудом держалась и ходила на своих распухших ногах. Самый сильный удар нанесла ей Елизавета, отдалив от нее сына, ее единственного ребенка. Яков VI, так сказать, продал свою мать английской королеве за несколько тысяч фунтов стерлингов, то есть он получал от Елизаветы пенсион с секретным условием ничего не предпринимать в пользу заключенной. Бездушный юноша откупился от своей сыновней обязанности с открытым цинизмом: «Пусть моя мать, — сказал он, — подавится тем пивом, которое сама наварила».
Однажды только гнев и злоба, накопившиеся в продолжение нескольких лет в груди несчастной женщины, вылились наружу и именно в форме того письма, которое Мария в ноябре 1584 года послала Елизавете. В нем она сорвала лицемерную маску с девственницы-королевы и в не совсем нежных выражениях упрекала ее в распутных связях, которые Елизавета, по рассказам ее бывшей фрейлины, графини Шрусбери, имела с Лестером, Гэттоном и герцогом д'Алансонсюш. Безграничное тщеславие и грубая вспыльчивость дочери Генриха VIII также не были пощажены в этом письме. Вероятно, это письмо не дошло до Елизаветы, потому что шпионы, которыми английские министры Борлэ и Уолсингем окружили несчастную королеву, успели перехватить его. Английские министры считали совершенно излишним раздражать подобным письмом и без того озлобленную Елизавету, которая ненавидела Марию уже за то, что та была пожизненной наследницей на английский престол. Но она опасалась пленницы и имела причины опасаться. Мария, находясь в плену, все-таки предоставляла надежду английским католикам и союзникам папы — французскому и испанскому королям, которые все вместе домогались не только отнять престол у Елизаветы, но и лишить ее жизни. Филипп II Испанский давно уже питал злодейские замыслы против Елизаветы, а иезуитизм, совершивший ужасы Варфоломеевской ночи, был в полном расцвете своего страшного могущества, что вполне подтвердилось 10 июля 1584 года, когда смертельная пуля подстрекаемого иезуитами фанатика поразила грудь Вильгельма Оранского.