Генрих II умер 10 июля 1559 года от удара копьем, полученного им на турнире, и оставил корону молодому Франциску II, который совершенно подчинился влиянию кардинала Лотарингского и герцога Франсуа де Гиза. Хотя за 3 месяца до этого (2 апреля) был заключен общий мир и хотя Елизавета была признана по этому трактату королевой, однако же Мария Стюарт не оставляла герба Англии, а теперь даже приняла титул королевы Англии и Ирландии. Это дерзкое и тщеславное присвоение титула заставило Елизавету поддерживать в Шотландии членов высшей аристократии и религиозных диссидентов реформатского исповедания, составлявших в Шотландии английскую партию. С этой минуты между местным дворянством и чужеземными войсками, между протестантами и католиками возник важный вопрос о том, кто одержит верх — аристократия или королевская власть, старый или новый порядок вещей. Отсутствие Марии Стюарт и неблагоразумие Марии Лотарингской дали возможность одержать верх аристократии и пресвитерианской церкви, которые приобрели господство в королевстве.
Это началось тогда, когда в управление государством вступил граф Аранский. Привлекаемый личными интересами на сторону Англии, он условился с другими лордами дозволить чтение библии на языке народном и разрешить евангелическим реформаторам и проповедь. Один из этих реформаторов, Джордж Уншарт, возвратившийся в это время из Англии, куда он бежал в предшествовавшее царствование, стал распространять новое учение. Своим учеником он считал знаменитого Нокса, который был незаменим в деле проповедания и утверждения протестантства.
В разгар борьбы с реформатской партией Мария Лотарингская скончалась в 1560 году. Теперь, естественно, влияние французской партии ослабело, и перевес взяла английская партия, стоявшая за союз с Англией. За отсутствием короля и королевы Шотландии управление государственными делами вручено было совету из двенадцати лиц; семь из них назначались королевой, а пять по избранию сословий; парламент также должен был собраться.
Вслед за уничтожением в Шотландии чужеземного господства произошла религиозная революция. Реформаторы во главе с Ноксом потребовали от парламента, чтобы в Шотландии были уничтожены римско-католическая церковь и католическое вероучение о пресуществлении тела Христова в хлебе, чтобы был произнесен осудительный приговор против верования в заслугу дел, в чистилище душ после смерти, паломничество. Словом, парламент должен был уничтожить таинства и обряды католического богослужения и лишить духовенство права заседать и подавать голос в собрании сословий. Парламент в большинстве удовлетворил эти требования; он удовлетворил реформаторов, признав их вероисповедание, удовлетворил и реформатское духовенство, уступив ему часть имущества, принадлежащего католическому духовенству.
Парламент потребовал, однако, от реформатских пасторов разъяснения их веры, которое они и дали. Это исповедание, составленное Ноксом, было почти тождественно с учением Кальвина. Парламент единогласно утвердил его. Победившие протестанты тотчас же выказали нетерпимость и прибегли к насилию. Решениями, следовавшими одно за другим, они отменили католическую церковь и папский суд в королевстве. Они определили суровое наказание для тех, кто станет служить католическую мессу (обедню) или присутствовать при ней, под угрозой в первый раз конфискации имущества, во второй — изгнания, а в третий — смерти. Парламент в отсутствие королевы предоставил соблюдение правосудия и управление государством двадцати четырем выдающимся членам господствующей партии. Одного из них отправили во Францию для представления предполагаемых мер на утверждение Марии Стюарт и Франциска II. Таким образом парламентские акты сделали из Шотландии род протестантской республики, управляемой дворянством и пасторами и находящейся под покровительством Англии. Члены парламента, не стесняясь, говорили: «Королева Елизавета позаботилась о безопасности и свободе Шотландии и потому королевство обязано ей более, чем своей собственной государыне…»
Мария Стюарт и Франциск II, как католики и как государи, не могли одобрить парламентские акты, изменявшие и состояние монархии и народную религию. «Мои подданные ведут себя не так, как прилично подданным. Я — их королева и научу покорности», — воскликнула в гневе Мария Стюарт. Однако вскоре она увидела, что невозможно силой принудить шотландцев к повиновению. Через несколько месяцев после этого неожиданно скончался Франциск 11(1560 г.), король Франции и муж Марии Стюарт. Последняя овдовела на восемнадцатом году жизни. Ее дяди, принцы Лотарингские, потеряли влияние при дворе, когда на престол вступил Карл IX; сама же она сделалась королевой одной Шотландии.