З кінця 1941 по 1944 роки на землях України, вільних від інтернаціонал-соціалістів СРСР (але під п’ятою націонал-соціалістів Німеччини) було відроджено УАПЦ. Також паралельно існувала церква «автономістів» з формальним підпорядкуванням Москві. В планах митрополита Діонісія було провести об'єднання всіх українських земель, що перебували під німецькою окупацією, в єдину церкву й створити автокефальну Українську православну церкву на грунті Томосу 1924 року. 8 жовтня 1942 року до УАПЦ приєднався митрополит-«автономіст» Олексій. Проте, у травні 1943 року дорогою із Кремінця в Дубно невідомі напали на автомобіль, в якому їхав митрополит Олексій, і вбили його.
На Вербну неділю 1944 року у Варшаві відбувся собор єпископів УАПЦ, на якому митрополита Діонісія Валединського було проголошено «Патріархом всієї України». Проте наступ радянських військ на Україну та Польщу не дав змоги реалізуватися планам канонічного оформлення українського патріархату. 1944–1945 рр. — Україна була знову зайнята радянськими військами. Ті священики УАПЦ, що залишились в Україні були репресовані та знищені. Багато єпископів, рятуючись від переслідувань, переїхали до Західної Німеччини, згодом до США, Канади та інших країн, де очолили різні юрисдикції УАПЦ. У 1949 році митрополита Івана Теодоровича в США було висвячено за всіма канонами, а закордонні єпархії УАПЦ 1919-1937 фактично об’єдналися з єпархіями УАПЦ 1942-1944.
Українській Греко-Католицькій церкві дуже пощастило у 20-му сторіччі на двох видатних душпастирів: митрополита Андрія Шептицького (1865-1944) та патріарха Йосипа Сліпого (1892-1984). У вирі Першої та Другої світових війн, неперервної зміни окупаційних влад: Австрія, Польща, СРСР, Німеччина, СРСР – та постійних репресій з їхньої сторони УГКЦ зберегла єдність та безперервність своєї структури і діяльності, навіть за часи підпілля у 1946-1989 роках.
Все життя А.Шептицького та Й.Сліпого – це нероздільна суміш боротьби, розбудови церкви та просвітницької діяльністі. У 1905 році митрополит Андрій заснував Український національний музей, придбавши для нього окреме приміщення. В музеї було зібрано одну з найбільших у Європі збірок іконопису. Він особисто подарував музеєві майже 10 тисяч предметів з приватного зібрання й утримував його на особисті кошти. Крім того, він підтримував діяльність українських культурно-просвітницьких товариств «Просвіта», «Рідна школа», «Сільський господар». Перший раз його було заарештовано й ув’язнено під час російської окупації (1914–1917 рр.). Після Першої світової війни він разом з греко-католицьким єпископатом підтримав створення Західноукраїнської Народної Республіки, проголошеної після розпаду Австро-Угорщини (1918 р.). За його ініціативою було засновано Львівську греко-католицьку богословську академію (1928 р.), де ректором почав працювати доктор отець Йосип. Міжвоєнний період для УГКЦ – це безперервна боротьба за права української національної меншини і розбудова церкви. У грудні 1939 року з дозволу папи Пія XII прикутий до інвалідного візка митрополит Шептицький висвячує ректора Сліпого в єпископський сан із правом наступництва на митрополичому престолі. Після зміни московських окупантів на німецьких митрополит Андрій відкрито виступає проти гітлерівської націонал-соціалістичної ідеології. Відомі його пастирське послання «Не убий!» (1942) та лист до папи Пія XII. За визначенням парламенту Канади, діяльність А.Шептицького під час Другої світової «служить і служитиме незабутнім прикладом оборони засадничих людських прав, що є першим обов’язком людської спільноти».
Після смерті Андрія Шептицького 1 листопада 1944 увесь тягар управління церквою під новою окупаційною владою полягає на нового митрополита – Йосипа Сліпого, однак 11 квітня 1945-го року його було заарештовано та ув’язнено. Після тривалої, проте невдалої спроби навернути митрополита Йосипа до переходу у новий, сформований у 1943 році під патронатом НКДБ «Московський патріархат», 1946 року Сліпого було засуджено за «контрреволюційну діяльність» та «зраду Батьківщини» до 8 років виправно-трудових таборів та 3 років позбавлення громадянських прав. Загалом митрополит провів у радянських тюрмах, таборах і на засланні 18 років, не припиняючи боротьби проти свавілля соціалістичної влади та відправляючи Богослужіння і інші душпастирські обов’язки для вірян різних конфесій. У 1953–1958 роках, перебуваючи на засланні в будинку інвалідів у Маклаково, він написав багатотомну історію Вселенської Церкви в Україні. Він особисто рукоположив у таборах кількох священиків, а після свого звільнення та перед від’їздом до Рима 4 лютого 1963 року таємно висвятив на єпископа в номері готелю «Москва» священика Василя Величковського і в такий спосіб забезпечив тяглість підпільних структур УГКЦ. Вже у жовтні 1963 Йосип Сліпий на Вселенському Соборі Католицької церкви пропонує створити Український патріархат. Папи йменували Й.Сліпого кардиналом та Верховним архиєпископом, а з 1975 року він користувався титулом патріарха.