На початок першої радянської окупації 1939-1941 років УГКЦ налічувала більше 2000 парафій з 3,6 млн. вірян, 150 монастирів і чернечих будинків. Це була найчисельніша легальна християнська церква на території СРСР, бо на інших теренах під більшовицьким ярмом відкриту церковну діяльність було майже придушено, залишилися лише осередки «обновленців» під контролем НКВС-МДБ. Московська політика залякування та дискредитації єпископату УГКЦ була перевана у 1941 році німецькою окупацією. Під час німецької окупації церква таємно підтримувала українське підпілля та переховувала у монастирях євреїв та інших мирних біженців від націонал-соціалізму. Після повернення московських інтернаціонал-соціалістів та смерті митрополита Андрія митрополит Йосип спробував досягнути з радянсткою державою домовленість про співіснування, виславши до Києва і Москви делегацію на чолі з архимандритом Клементієм Шептицьким. Проте начальник новоутвореного «Московського патріархату» генерал-лейтенент МДБ Г.Г.Карпов підготовив, а перший засновних «Патріархату», Й.Сталін – затвердив 15 березня 1945 року таємну Інструкцію № 58, що починалася з «Заходів щодо відриву Греко-Католицької (Уніатської) Церкви в СРСР від Ватикану та подальшого її приєднання до Російської Православної Церкви». Зразу після арешту митрополита Йосипа виникла «ініціативна група» очолювальна о. Гавриілом Костельником і новопризначеним єпископом («Московського патріархату») Львівським і Тернопільским Макарієм Оксіюком (майбутнім митрополитом Варшавським (1951-1965). У березні 1946 року на організованому МДБ і місцевими органами влади Львову «соборі» було прийнято одноголосне рішення «відкинути постанови Берестейського Собору 1596 р., ліквідувати Унію, відірватися від Ватикану й повернутися до нашої батьківської святої православної віри та Руської Православної Церкви». Шість єпископів УГКЦ були засуджені разом з митрополитом Йосипом ще в 1945 році, чотири з них загинули у соціалістичних таборах та тюрмах. Частина Мукачівської та Перемишльської єпархії УГКЦ на території соціалістичної Польщі були поглинуті Католицькою церквою.
Як це не диво, але соціалістичні переслідування та тортури сприяли тому, що УГКЦ позбулася кар’єристів. Священство греко-католиків переважно складалося з людей, які були готові до апостольської самопожертви. Дух первісного християнства сприяв самовідродженню цієї церкви за рахунок Українського народу, за рахунок пересічних вірян, до всіх яких була не в змозі дотягнутися омертвіла рука Головного людожера (як він себе називав «Отець») всіх народів, та його послідовників. Очищена від провладної скверни, сьогодні УГКЦ найбільше зі всіх церковних організацій в Україні відповідає ідеалам учення Христа. Це сталося не завдяки догматам чи канонам, і може змінитися з часом, бо не можна такого сказати за УГКЦ 1600-х років у порівнянні з Греко-Православною Київською митрополією того же часу.
З 1987 року починаються спроби священників УГКЦ вийти з підпілля. Відкриті Богослужіння проводять простонеба, все більше вірян приєднується до них. Було зібрано більше 120 тис. підписів, священники і віряни голодували у будівлі Верховної Ради СРСР і на Арбаті. Богослужіння переростали у багатотисячні маніфестації, як то похід вірян 17 серпня 1989 року вулицями Львова до собору Святого Юра. З огляду на внутрішній та зовнішній тиск радянська влада була змушена визнати права УГКЦ, і 28 листопада 1989 року (перед зустріччю Івана Павла ІІ з Горбачовим 1 грудня 1989 р.) вийшла заява Ради у справах релігій при Раді міністрів УРСР, згідно з якою греко-католики отримували право на заснування й реєстрацію громад, користуючись «усіма правами, встановленими законом для релігійних об’єднань в УРСР».
Після смерті патріарха Тихона у 1925 році більшовики ще кілька років підтримували проект «обновленства» серед уламків московської церкви. Але у 1927 році митрополиту Сергію Страгородському вдалося домовитися з радянською владою про легалізацію «Патріаршої церкви», до лав якої у 30-х роках стали масово повертатися попи з «Обновленської церкви» за сприяння та під суворим контролем НКВС. У 1935 році «Священий Синод Російської православної церкви» («Обновленської») саморозпустився. Залишився «Патріарший Синод» при місцеблюстителі митрополиті Сергії. Та ще на початку Другої світової Й.Сталін ще не визначився до кінця, яку з Московських церков залишити, бо його цікавили не канонічність чи догмати, а керованість, підконтрольність і масовість без додаткового витрачання ресурсів НКДБ (колишнього НКВС). Тому і «Патріарша», і «Обновленська» отримували деяку підтримку від більшовицької влади. Все змінилося на початку вересня 1943 року.