4 вересня Сталін викликав до себе митрополита Сергія і наказав тому у присутності міністра закордонних справ В.Молотова та майбутнього начальника церкви – полковника НКДБ Г.Карпова – терміново розшукати по всьому СРСР та привезти на «Собор РПЦ» єпископів (за узгодженим переліком) для виборів нового «патріарха Московського і Всієї Русі». Для проведення Собору і на майбутнє новому «патріархату» було виділено приміщення колишнього німецького посольства, а для доставлення єпископів на Собор – військові літаки, бо Собор мав бути організований і проведений 8 вересня. Через чотири дні всі єпископи та попи, зігнані Генеральним секретарем ВКП(б) з різних куточків СРСР одноголосно: 1) «обрали» Сергія новим «патріархом»; 2) відлучили від церкви всіх єпископів і попів, що опинилися на окупованій території. Г.Карпов 20 вересня отримав звання комісара державної безпеки та очолив Раду у справах Російської Православної Церкви при Народному Комісаріаті (надалі Раді Міністрів) СРСР.
Ще 22 вересня 1943 року народний комісар державної безпеки В.Меркулов писав: «До особых указаний НКГБ СССР не допускать распада обновленческой церкви и перехода обновленческого духовенства в ведение московской патриархии, путём дачи соответствующих указаний нашей агентуре из числа руководящего состава духовенства. Не допускать также со стороны обновленцев каких-либо нападок или активных враждебных действий против Сергиевской церкви». Але вже 25 листопада 1943 всім агентам було наказано переходити разом з парафіями з «Обновленської» церкви до «Московського патріархату». Умови прийому єпископів і священиків з однієї до другої церкви віддали на відкуп місцевим ієрархам МП. 25 липня 1946 помирає духовний провідник «Обновленства» - митрополит і пешоієрарх Олександр Ввєдєнський, і процес консолідації нової церковної організації Християнства східного обряду під патронатом МДБ СРСР і КПРС можна вважати завершеним. З уламків романівського церковного міністерства відродилося нове сталінське церковне управління в структурі НКВС-НКДБ-МДБ-КДБ-ФСБ.
З 1943 до 1984 року змінилося 3 патріархи і 2 начальники московської церкви. Генерал-майора держбезпеки Г.Карпова замінив на цій посаді генерал-лейтенант КДБ В.Куроєдов, який командував церквою з 1960 по 1984 роки. Після 1984 року Московський патріархат не має відкритого начальника від КДБ-ФСБ, але час від часу московські ієрархи паляться на суто військових за формою відповідях та фразеологізмах: «так точно», «нікак нєт» та інші. Останній раз таким чином повався на гарячому прес-секретар патріарха Кирила Гундяєва – отець Олександр Волков у 2018 році під час інтерв’ю з В.Соловйовим.
19 серпня 1989 року з юрисдикції РПЦ разом зі своєю парафією вийшов протоєрей Володимир Ярема, майбутній патріарх УАПЦ Димитрій (1993-2000). Так у Львові почалося відродження УАПЦ. Нових єпископів для відродженої церкви рукоположили єпископи РПЦ, що зажадали вийти з під опіки КДБ та єпископи УАПЦ в еміграції. 5-6 червня 1990 у Києві відбувся Всеукраїнський Православний собор, на якому було проголошено про відродження Української Автокефальної Православної церкви та було обрано патріарха Київського і всієї Руси-України Мстислава Скрипника (1898-1993).
Мстислав був небіжем Симона Петлюри, служив хорунжим у 3-й Залізній дивізії армії УНР. Під час Другої світової разом з митрополитом Олексієм Громадським підписав «Акт поєднання» УАПЦ і Української автономної церкви 1942 р., був заарештований Гестапо і ув’язнений деякий час у тюрмах Чернігова і Прилук. У 1944 емігрував до Польщі, Словаччини та Німеччини, з 1947 – єпископ Вінніпезький, 1949 року добився об’єднання закордонних єпархий УАПЦ «1919-1937» та «1942-1944» і став заступником митрополита Івана Теодоровича. У 1963 та 1971 зустрічається з Константинопільськими патріархами для повернення УПЦ під юрисдицію Константинопільського патріархату та відновлення прав, якими вона користувалася до 1686 року. На початку 1976 виступав на захист політичного в’язня – отця Василя Романюка (майбутнього патріарха Володимира), який демонстративно вийшов з РПЦ та приєднався до ієрархів УАПЦ. Після обрання патріархом Київським у жовтні 1990 повертається ненадовго в Україну. У 1992 році передає Прапор 3-ї Залізної дивізії Дієвої Армії УНР новоствореним ЗСУ. 1993 року помирає та похований в Америці.