У 1698 році цар Петро І розпочинає свою церковну реформу. Влада патріарха суттєво обмежується, а після смерті патріарха Адріяна (1690-1700) указом царя призначено у 1701 році «екзарха, блюстителя і аміністратора патриаршего престолу» Рязанського та Муромського (за іншими даними – Ярославського) митрополита (1700-1722) Стефана Яворського з Галичини. Патріархат існує лише формально, і дехто з каноністів навіть бачить у цім факті відміну автокефалії Московської церкви, бо посада Яворського не називалася «місцеблюститель». Але це пусте.
Після страти царевича Олексія, на якого церковна опозиція Московії дивилася, як на живу можливість відновлення свого патріархату, Петро І знову починає реорганізацію церковного устрою, яка унеможливлює повернення до цього. Феофан Прокопович (1681–1736) – православний богослов з протестантськими поглядами. Саме він є автором церковної концепції Московського царства від 1721 аж до 1917 року. Петро І вибирав русинське (українське) духівництво для своїх цілей завдяки 2-м перевагам над московитами (майбутніми «русскімі»): 1) рівень освіти; 2) відсутність глибоких родинних зв’язків, яка унеможливлювала створення кланів та гарантувала відданість царю. До речі, одна з грамот патріарха Досіфея 1686 року застерігала московських царів призначати русинів московськими архієреями. Досіфей вважав, що богослови київської школи інфіковані латинською єресю, але їх високий освітній рівень дозволить їм приховати це від московських попів.
Прокопович адаптував тогочасні норми шведського та німецького лютеранства для Московії, де церква була структурою держави у ранзі міністерства. Але, на відміну від органічно протестантських країн, у Московському царстві влада монарха була абсолютною, і повністю підконтрольна та залежна церква лише підсилювала її абсолютизм.
Спочатку церковне міністерство називалося колегією, але пізніше змінило назву на синод, щоб мати вигляд, подібний до церковної організації. Встановлення Синоду на думку Петра І і Ф.Прокоповича мало бути узгоджене Східними патріархами православ’я, тому без зволікань було відправлено листа до Константинополя, проте позитивна відповідь повернулася лише у 1723 році. Як зауважує І.Смолич, грецький переклад листа до патріархів свідомо був викривлений, тому Петровський указ про впровадження Святейшего Синоду був схвалений патріархами, які читали про повноваження Синоду, відповідні до повноважень патріарха, а це була відверта брехня. Більше того, лише згадавши про «інструкцію» (Духовний регламент), автори не написали, що Синод стає одним з міністерств майбутньої імперії. Тому обдурені патріархи благословили міфічну, ніколи не впроваджену конструкцію помісної церкви під керівництвом «колективного патріарха». Згідно канонів ортодоксальної християнської церкви, автокефальний Московський патріархат перестав існувати 1721 року. Московська церква втратила останні залишки незалежності від світських правителів Московії.
Під час правління Катерини ІІ мосоквське церковне міністерство захопило Грузинську православну церкву, підкорило собі Польську та Віленську (колишні єпархії Київської митрополії) а також втоглося на територію Румунської православної церкви. За царя Миколи І спробувало ще зжерти Армянську церкву, проте цім діям завадили великі розбіжності в церковних догматах. До революції 1917 року єпископи отримують зарплатню з державної казни, а «Священним синодом» повністю керує обер-прокурор. Церква не має навіть своєї власної економіки, віддаючи все назбиране монархії.