Комельков, являвшийся до увольнения из КГБ одним из руководителей подразделения, курировавшего Останкинский телецентр и в силу этого сохранивший в памяти много ценной информации о сотрудниках телевидения и возможность возобновить контакты с ними, как никто другой подходил Службе безопасности президента для работы среди "телевизионщиков". Учитывалось Коржаковым и то обстоятельство, что Комельков был "порченый", уволенный из КГБ, обиженный на коллег, и прежде всего на своего бывшего шефа Бобкова. Это давало Коржакову основания считать, что Комельков сможет и будет работать против своих бывших коллег по 5-му управлению, составляющих костяк службы Бобкова в "Мостбанке".
Кроме того, Комельков после увольнения из КГБ успел поработать в собственном бизнесе, приобретя контакты в среде московских бизнесменов и в криминальных кругах. Частыми гостями в его ресторане на Кутузовском проспекте были лидеры московских организованных преступных группировок (ОПГ), прежде всего "солнцевские" бандиты. Кутузовский проспект относился к числу правительственных трасс, наблюдение за которыми вело 9-е управление, а затем служба, возглавляемая Коржаковым. Так что информацию о ресторане Комелькова Коржаков имел полную, так же как и об отправке теплоходов на Олимпиаду в Испанию (и об офшорных счетах, на которые были положены деньги, заработанные в Испании на этом проекте). Иными словами, Коржаков знал о Комелькове достаточно для того, чтобы сделать его преданным человеком или чтобы легко уничтожить того, если потребуется.
Комельков приступил к работе. Много лет Комельков был знаком с Юрием Балевым, закончившим службу в КГБ в качестве начальника 2-го отдела Управления по защите конституционного строя, преемнике 5-го управления КГБ. Несмотря на смену названия, все оставалось по-старому. Отдел, который возглавлял Балев еще в бытность 5-го управления, занимался национальными проблемами СССР. При смене названия управления сохранился номер отдела, остались на прежних позициях его руководители и оперативный состав. Отдел являлся одним из ведущих в управлении по характеру решаемых задач, в особенности в годы перестройки. В стране повсеместно усиливались центробежные тенденции: многочисленные республики - от прибалтийских до кавказских и среднеазиатских - подумывали о собственной независимости и выходе из СССР, угрожая целостности Советского Союза. С этими многочисленными национальными движениями как раз и боролся отдел Балева.
После распада СССР перешедший в структуру Гусинского Бобков предложил бывшему своему подчиненному Балеву работать в новой структуре. Балев ушел к Бобкову и стал у Гусинского одним из ведущих аналитиков службы безопасности "Мостбанка". С Комельковым Балев продолжал поддерживать приятельские отношения, возможно, рассчитывая получать от него информацию о ведомстве Коржакова. Комельков рассчитывал, в свою очередь, получить от Балева информацию о ведомстве Бобкова и в какой-то момент открыто предложил Балеву шпионить на Коржакова. Балев Комелькову не просто отказал, но и заявил о разрыве с ним отношений. Через несколько дней Балев был жестоко избит неизвестными у своего дома.
Гораздо проще обстояли дела у Комелькова по получению информации о процессах, происходящих на телевидении. Остались старые связи и старые контакты. Имея за собой поддержку в лице могущественного Коржакова, он быстро сумел стать достаточно влиятельным человеком в телецентре. С его мнением считались. Мало было желающих ему перечить. Большинство кадровых назначений теперь проходило по согласованию с Комельковым.
В этот период активнейшим образом продолжалась коммерциализация государственного телевидения. Те, кто успел приватизировать отдельные каналы, получали огромные личные доходы. Комельков внимательно отслеживал эти процессы, достоверно зная, кто, сколько и от кого получает. Вернувшись к контролю над телевидением, он с огорчением отмечал, что многое им было уже упущено. Сформировавшиеся на телецентре финансовые группы и их лидеры не торопились допускать кого бы то ни было к установившемуся теневому распределению эфирного времени и, соответственно, к дележу огромных денежных средств, исчисляемых миллионами долларов.
В конце 80-х на телевидении появился бывший комсомольский функционер Сергей Лисовский. До прихода на телевидение он стал достаточно широко известен в Москве, благодаря организации грандиозных дискотек в спорткомплексе "Олимпийский". В 1991 г. он организовал телевизионные рекламные агентства "ЛИС'С" и "Премьер СВ". До 1998 г. "Премьер СВ" контролировал 65% телевизионного рекламного рынка. Именно через него решил зайти Коржаков в рекламный бизнес телевидения. В 1995 г. Комельков, знавший о том, какие именно доходы от рекламного бизнеса получает Лисовский, направил к Лисовскому человека, предъявившего удостоверение полковника СБП. К Лисовскому полковник приехал на "мерседесе", отвез его в свой кабинет в Кремле и потребовал плату в 100 тысяч долларов ежемесячно. Лисовский отказал. На следующий день бизнес его был разгромлен людьми из службы охраны президента.