За день до гибели крейсера, 8 ноября 1914 года, лейтенант Лаутербах с 16-ю матросами повел угольщик «Эксфорд» к острову Сокотра в западной части Индийского океана, чтобы там ожидать «Эмден», поскольку Мюллер планировал перенести район операций к выходу из Красного моря. «Эксфорд» тщетно прождал «Эмден» в условленном месте до конца ноября, а затем пошел в направлении Паданга на западном побережье Суматры.
11 декабря, находясь в видимости берега, «Эксфорд» держался в пятимильной зоне, где на него просто наткнулся английский вспомогательный крейсер «Гималайи». Лаутербах пытался доказать, что «Эксфорд» находится под защитой голландского нейтралитета, но англичане слушать ничего не захотели. Сопротивление было невозможно. Лаутербах и его 16 матросов были пересажены на английский вспомогательный крейсер «Эмпресс оф Джапан», который 15 декабря доставил их в Сингапур. Пленных отправили в лагерь Танглин, где их радостно встретили моряки «Эмдена», захваченные на «Понтопоросе» и «Маркоманнии». Оба судна 12 октября были захвачены английским крейсером «Ярмут». «Маркоманнию» успели затопить, а «Понтопорос» был приведен в Сингапур.
15 февраля 1915 года в Сингапуре взбунтовался полк 5-й Индусской пехотной дивизии и освободил немецких военнопленных. Английские войска подавили бунт и переловили почти всех освобожденных пленных отправив их от греха подальше в Австралию. Но лейтенанту Лаутербаху удалось бежать во время бунта из Сингапура. Пережив массу приключений, лейтенант сумел добраться до Голландской Индии, откуда прибыл в Соединенные Штаты. Добравшись до Нью-Йорка, Лаутербах сел там на пароход и в октябре 1915 года вернулся в Германию. Он был произведен в обер-лейтенанты и с января 1916 года по ноябрь 1917 года командовал вспомогательным кораблем "К".
В соавторстве с журналистами Лаутербах написал несколько книг о своих приключениях.
Из содержавшихся на Мальте попытку побега совершил только лейтенант Фикенчер. Бежав из лагеря, он некоторое время скрывался в Ла-Валетте, а затем на простой весельной лодке добрался до Сицилии. Однако, к этому времени Италия уже находилась с Германией в состоянии войны, и лейтенант просто попал из одного плена в другой. Позднее он был обменен по линии Красного Креста и 21 октября 1917 года вернулся к себе домой в Аугсбург.
В октябре 1916 года капитана 2 ранга Мюллера неожиданно переправили с Мальты в Англию. В сентябре 1917 года Мюллеру удалось бежать из лагеря, но он был вскоре пойман и в ноябре 1917 года приговорен к 56 суткам одиночного заключения. В январе 1918 года из-за серьезного ухудшения здоровья (приступы тропической малярии) Мюллер был отпущен из плена, прибыл в Роттердам и был интернирован в Голландии. Дав слово чести не участвовать в войне, бывший командир «Эмдена» получил разрешение съездить в свой родной город Бланкенберг в Гарце.
В начале 1918 года Германия была уже далеко не той страной, которую помнил Мюллер. Патриотический энтузиазм августа 1914 года давно растаял без следа. Об «Эмдене» и его славных делах почти забыли. Говорили о Вердене и Ютланде, о мясорубках и газовых атаках на Западном фронте, о вступлении в войну Соединенных Штатов, о мятежах на флоте, о стачках на военных заводах, о голоде, порожденном английской блокадой.
Страшная война с миллионами погибших коренным образом изменили страну и народ. Газеты, с первых страниц которых имя капитана 2 ранга Мюллера когда-то не сходило, едва заметили его возвращение. Еще в 1914 году Мюллер был награжден Железным Крестом 1 и 2 класса, но кого можно было теперь этим удивить. Железные Кресты всех классов тысячами раздавались рядовым, подбившим английские танки или отбившим у французов собственные траншеи. В связи с этим Главный Морской Штаб — единственное место, где о Мюллере еще помнили, — решил отметить одного из лучших командиров Германского флота, представив его к высшей боевой награде — Большому Кресту за доблесть — «Пулл ля Мерит».
Представление по инстанции было направлено в Военно-Морской кабинет Кайзера, который возглавлял адмирал фон Мюллер — однофамилец командира «Эмдена». Адмирал фон Мюллер реагировал весьма холодно. В частном письме начальнику Главного Морского Штаба адмиралу фон Гольцендорфу он заметил, что если бы не популярность в стране командира «Эмдена», его следовало бы отдать под суд за непродуманные действия у Кокосовых островов, приведшие к потере корабля. Адмирал фон Гольцендорф ответил длинным рапортом на имя главы Военно-Морского кабинета, где указывал, что несмотря на очевидные ошибки, командир «Эмдена» по совокупности своих действий заслужил награду, к которой его представил Главный Морской Штаб. Рапорт был препровожден непосредственно Кайзеру, который несмотря на все, еще сохранил в своей душе остатки предвоенного романтизма.
Вильгельм II начертал на рапорте резолюцию: «Да, более чем заслужил». В итоге 21 марта 1918 года капитан 2 ранга Мюллер получил из ставки Кайзера высочайшее послание, где говорилось: "На основании рапорта, представленного мне Главным Морским Штабом об обстоятельствах действий моего крейсера «Эмден» и его последнего боя, я настоящим награждаю Вас Орденом «Пулл ля Мерит». Ваша личная доблесть и доблесть Вашего экипажа вызывает восхищение. Вы прослабили имя своего корабля, дав всему миру пример беспощадной и вместе с тем благородной крейсерской войны. Предложения о награждении Ваших подчиненных, которые вы сделали в конце своего рапорта, я принимаю с удовольствием.
Вильгельм, Император и Король".
Осенью 1918 года капитан 2 ранга Мюллер вернулся из Голландии. Он был произведен в капитаны 1 ранга и назначен в одно из управлений Военно-морского министерства в Берлине.
Последние годы своей жизни бывший командир «Эмдена» прожил в своем родном Бланкенберге почти в полном одиночестве. Он отверг много заманчивых предложений написать мемуары, считая для себя невозможным зарабатывать деньги на крови своих товарищей. Мюллер активно переписывался с адмиралом Тирпицем и капитаном 1 ранга Рэдером, работавшем в архивах над историей крейсерской войны.
Империя рухнула, и командир «Эмдена» желал посвятить свой силы ее возрождению. Он даже был выбран депутатом в парламент земли Брауншвейг. Однако всем этим планам не суждено было сбыться. 11 марта 1923 года капитан 1 ранга Карл фон Мюллер скончался, немного не дожив до своего пятидесятилетия. Сам «Эмден» простоял на камнях до середины 50-х годов, пока не был разобран японской судоразделывательной компанией.
В 1927 году к останкам «Эмдена» у Кокосовых островов подошел находящийся в кругосветном плавании новый крейсер «Эмден», построенный уже во времена Веймарской республики.
С крейсера салютовали останкам своего славного предшественника. Во время этого похода моряки нового «Эмдена» исследовали и открыли самое глубокое место в Тихом океане, назвав его «Впадиной Эмдена». В настоящее время единственной памятью о тех далеких временах является мемориальная доска, установленная на казармах Бундесвера в городе Эмдене. Капитан 1 ранга Мюллер являлся почетным гражданином города Эмден, и благодарные потомки присвоили его имя старым армейским казармам на окраине города. На мемориальной доске выбито: «Капитан 2 ранга Карл фон Мюллер, командуя крейсером Кайзеровского флота „Эмден“, уничтожил в Индийском океане большое число торговых судов противника, бомбардировал и сжег нефтяные запасы англичан в Мадрасе, а также утопил в Пенанге русский крейсер „Жемчуг“ и французский миноносец „Мушкет“. 9 ноября 1914 года после ожесточенного боя с австралийским крейсером „Сидней“ капитан 2 ранга Мюллер вынужден был выбросить свой тяжело поврежденный корабль на камни у острова Норт Килинг. В этом бою погибла почти половина экипажа крейсера, доблестно сражаясь за Фатерлянд. Славному кораблю, его командиру и экипажу от жителей города, чье имя они прославили на весь мир».