Дополнительно на КК «Джемини» было установлено несколько серебряно-цинковых аккумуляторов (четыре основные батареи и отдельная батарея для пиросредств в приборно-агрегатном отсеке) и три батареи в отсеке экипажа, а также статический преобразователь постоянного напряжения в переменное мощностью до 750 Вт. Общее количество аккумуляторов, которое можно было установить на этот КК, обеспечивало его полет до 4 сут (при среднем потреблении энергии 500 Вт).
При первых четырех полетах КК «Джемини» их продолжительность ограничивалась прежде всего запасом электроэнергии, что вызывалось значительной задержкой в отработке топливных элементов. Отказы происходили также и в полете с топливными элементами.
В топливных элементах происходит соединение водорода с кислородом, поэтому в качестве побочного продукта образуется вода. Вода эта в принципе вполне пригодна для питья и тем более для технических целей (для применения в дополнительном холодильнике системы терморегулирования испарительного типа).
В КК «Джемини» увеличились и усложнились задачи системы управления движением по сравнению с той же системой на КК «Меркурий». Первостепенной, жизненно важной задачей по-прежнему оставалась ориентация перед включением тормозной двигательной установки для схода с орбиты. Однако чтобы произвести сближение и стыковку, требовалось совершать значительно более сложные и точные маневры.
Например, для изменения параметров орбиты требовалось сначала очень точно сориентироваться в строго определенное время и на определенный интервал времени включить двигатели КК. На заключительном этапе сближения (причаливании) управление поступательным перемещением во всех направлениях нужно было обеспечивать без изменения ориентации КК.
Навигационные задачи решались при помощи гиростабилизированной платформы, датчиков инфракрасной вертикали, приборов визуальных наблюдений и бортовой цифровой вычислительной машины, а также с использованием передачи данных траекторных измерений с Земли. Можно было применять различные сочетания этих средств, что увеличивало надежность и гибкость в работе. Применение в гироплатформе четвертой (избыточной) рамки подвеса снимало ограничение по допустимым углам разворота КК в ряде режимов работы, а также упрощало управление. Позднее, при подготовке и полетах КК «Аполлон», на котором использовалась гироплатформа с тремя карданными рамками, американские космонавты с сожалением вспоминали о больших возможностях и удобствах системы с четырехрамочной гироплатформой.
В качестве исполнительных органов системы ориентации и управления поступательными перемещениями была применена реактивная система управления, которая состояла из нескольких групп двигателей, размещенных в обоих отсеках КК. Первая группа из 16 таких двигателей тягой 110 Н каждый была выполнена в виде единого модуля, включавшего в себя две автономные подсистемы. Все это размещалось в передней части капсулы и предназначалось в основном для управления КК при спуске.
Остальные 16 двигателей реактивной системы управления, скомпонованные в виде четырех блоков, находились в приборно-агрегатном отсеке (6 вблизи центра масс КК, 10 в хвостовой части). Два из этих двигателей (тягой по 377 Н) и еще два (тягой по 440 Н) использовались для коррекции орбиты, четыре двигателя тягой по 440 Н — для поступательных перемещений КК и восемь двигателей тягой по 110 Н — для ориентации КК.
Двигатели работали на двухкомпонентном топливе (монометилгидразин + четырехокись азота), существенно более эффективном по сравнению с однокомпонентным топливом КК «Меркурий». Его запас составлял от 180 до 427 кг.
Для схода с орбиты КК «Джемини» имел блок тормозной двигательной установки из четырех твердотопливных двигателей с суммарной тягой 45,6 кН. Предусматривалось также использование тормозной двигательной установки для отделения КК от РН во время некоторых аварийных ситуаций при срабатывании САС.
Следует сказать, что в некоторых полетах КК «Джемини» наблюдались отдельные отказы двигателей реактивной системы управления. В частности, после стыковки КК «Джемини-8» с ракетой «Аджена» один из этих двигателей из-за заедания клапана оставался включенным в течение длительного времени. В результате КК приобрел скорость вращения почти 1 об/с и фактически все топливо было израсходовано. Корабль, который удалось застабилизировать только с помощью двигателей реактивной системы управления, находившихся в капсуле, совершил экстренную аварийную посадку.