Основной операцией, которая выполнялась системой навигации и ориентации КК «Меркурий», был разворот корабля в нужный момент в такое положение, при котором импульс тормозной двигательной установки обеспечивал спуск в атмосферу Земли. Эта задача решалась с помощью гиростабилизированной платформы. В процессе полета уходы платформы корректировались, величины коррекции вырабатывались посредством датчиков горизонта (по тангажу и крену) и гирокомпаса (по курсу).
Датчик горизонта (в отечественной технике его обычно называют инфракрасной вертикалью) представлял собой прибор (как правило, сканирующего типа), который воспринимал тепловой поток, излучаемый атмосферой Земли, и определял ось симметрии этого потока (иными словами, местную вертикаль).
Включение тормозной двигательной установки и других систем КК в автоматическом режиме осуществлялось от программно-временного устройства, проводившего отсчет времени начиная со старта РН. В пилотируемом полете космонавт мог производить все операции вручную; он ориентировал КК по всем углам, наблюдая Землю в иллюминатор.
Для управления ориентацией КК «Меркурий» было установлено 18 управляющих двигателей реактивной системы управления, работавших на однокомпонентном топливе (перекиси водорода). В присутствии катализатора перекись водорода разлагается с выделением большого количества тепла. За счет высокой температуры образующегося при этом парогаза удельные характеристики такого топлива значительно выше, чем у систем, работающих на холодном газе. Кроме того, масса и габариты баллонов для хранения перекиси также меньше.
Однако перекисная система гораздо сложнее воздушной. Разложение перекиси водорода происходит непосредственно в камерах двигателей, где для этого помещается специальный катализатор. Такие двигатели обладают рядом особенностей и недостатков (низкими динамическими характеристиками, большим импульсом последействия и т. д.). Поэтому, несмотря на сравнительно простую и непродолжительную программу полета на КК «Меркурий», пришлось установить два независимых комплекта управляющих двигателей. Причем в каждый комплект входили двигатели с большой и малой тягой. Первые (тяга 26 и 108 Н) использовались для разворота КК и стабилизации при работе тормозной двигательной установки, вторые (4,4 Н) — для поддержания заданной ориентации в орбитальном полете. При использовании двигателей малой тяги экономилось топливо и повышалась точность ориентации.
Управляющие двигатели были снабжены клапанами подачи перекиси водорода непосредственно от ручки управления (с приводом от механических тяг) и электроклапанами для дистанционного и автоматического управления. Система тяг усложнила и без того очень насыщенную компоновку кабины КК, а также очень затруднила ее наземное обслуживание и особенно, как отмечали американские специалисты, проведение работ по устранению неисправностей.
После срабатывания тормозной двигательной установки (при тяге 13,2 кН) и торможения в атмосфере спуск капсулы КК заканчивался на водной поверхности. На корабле «Меркурий» применялась система, состоявшая из тормозного и основного, а также и запасного парашютов. Тормозной парашют выполнял также функции вытяжного. Дополнительно для выталкивания парашютов из контейнера применялись пневматические баллоны. Для улучшения остойчивости в воде запасной парашют после раскрытия основного тоже выталкивался с помощью пневмобаллона.
Посадка на воду (приводнялись впоследствии и КК «Джемини» и «Аполлон») была выбрана в основном потому, что наиболее вероятным районом посадки был океан (при малых наклонениях плоскости орбиты) как при нормальном выполнении полета, так и в аварийной ситуации (при срабатывании САС) и экстренной посадке. Кроме того, учитывалось, что на водной поверхности отсутствуют различные препятствия (строения, деревья и т. д.), а вода неплохо гасит удар. В то же время при приводнении приходится учитывать волнение и другие морские факторы. Непросто было надежно обеспечивать и плавучесть капсулы; для этого принимался ряд специальных мер.
Тем не менее при завершении второго суборбитального пилотируемого полета КК «Меркурий» капсула затонула, но американскому космонавту, к счастью, удалось спастись.
В принципе конструкция КК мало зависит от того, выбирается ли в качестве основного варианта приводнение или приземление на сушу. В обоих вариантах необходимо обеспечить и ту и другую возможность. Однако при средних ожидаемых условиях посадки на данном КК при приводнении возникают меньшие перегрузки. В частности, поэтому вертикальная скорость спуска на парашюте у поверхности Земли для всех КК различается незначительно. Для КК «Меркурий» эта скорость равнялась около 9 м/с.