Хотя NRO является агентством Министерства обороны, его бюджет, Национальная разведывательная программа (NRP), является частью Национальной программы внешней разведки (NFIP). Директор Центральной разведки обеспечивает руководство и утверждает NRP и все другие элементы NFIP. Министр обороны обеспечивает выполнение решений DCI по ресурсам элементами DoD в рамках NFIP. В результате NRO является совместным предприятием этих организаций.
Между военными службами и NRO было достигнуто принципиальное разделение труда, когда речь шла о программах наблюдения из космоса. В то время как военные службы будут отвечать за спутники, предоставляющие военные и гражданские услуги двойного назначения, такие как GPS, космические активы NRO останутся строго засекреченными, а их данные не будут передаваться общественности. В отчете Конгресса от 1996 года уточняется разделение труда между NRO и Космическим командованием Пентагона (1985-2002 и 2019 гг.), которое объединяло космические средства различных военных служб:
Две организации в составе Министерства обороны управляют космическими средствами: Космическое командование США (SPACECOM) отвечает за спутники так называемого "белого мира" (то есть спутники, которые публично признаны) для военных программ, а Национальное управление разведки (NRO) занимается спутниками "черного мира" (то есть секретными) для разведывательных программ. SPACECOM запускает и эксплуатирует спутники для военной связи, погоды и навигации, которые разрабатываются и закупаются военными службами. NRO разрабатывает, приобретает, запускает и эксплуатирует секретные разведывательные спутники.
Вплоть до 1992 года, когда о существовании NRO впервые стало известно общественности, его засекреченные операции были практически неизвестны большинству членов Конгресса США:
Конгресс США поддерживал NRO, но лишь некоторые избранные члены были проинформированы об истории, финансах и операциях Национальной разведывательной программы до 1970-х годов, и то только тогда, когда это было сочтено необходимым соответствующим руководством Палаты представителей или Сената, директором Центральной разведки или директором Национального разведывательного управления.
Основной функцией законодательной власти по отношению к Разведывательному сообществу и NRO в первые годы оставалось выделение ассигнований. Финансированием NRO, как и Центрального разведывательного управления, "занимались подкомитеты по обороне соответствующих комитетов по ассигнованиям каждой палаты Конгресса". Эти "черные" или секретные бюджеты, по соображениям безопасности, были "спрятаны" "в неописательных статьях оборонных бюджетов...", и "законы об оборонных ассигнованиях обеспечивали соответствующий механизм для финансирования разведывательной деятельности".
О необычайной секретности и организованности NRO рассказал авиационный писатель Тим Вайнер:
Разведывательное агентство на самом деле представляет собой набор секретных офисов - настолько секретных, что они были закрыты друг от друга, как сейфы, запертые внутри сейфов. У каждого офиса и каждой программы были отдельные системы управления и учета, все "черные".
Когда в прошлом году [1995] эти отделы и программы были объединены в новой штаб-квартире разведывательного управления, его топ-менеджеры обнаружили, что "никто не знает, сколько денег у них есть", - сказал помощник сенатского комитета по разведке. По его словам, из-за секретности управления не было практически никакой подотчетности.
Учитывая строго засекреченный характер космических операций NRO, ее секретное существование и стоимость исследований и разработок спутников, она установила уникальные отношения с ЦРУ, чтобы обеспечить более высокие, чем обычно, требования к финансированию по сравнению с другими членами разведывательного сообщества:
Эти программы Национального разведывательного управления требовали более высокого уровня финансирования, которое осуществлялось через более быстрый и менее громоздкий механизм, чем тот, который обеспечивал финансирование остальной части федерального правительства и учреждений обороны и национальной безопасности. С самого начала бюджетный процесс NRO "был очень "упорядоченным"... [в том смысле, что] не нужно было консультироваться со многими людьми, чтобы получить одобрение бюджета" в Конгрессе или где-либо еще. Таким образом, обычные процедуры финансирования и приобретения, применяемые в других подразделениях Министерства обороны и федерального правительства, никогда не соблюдались в NRO.
NRO поглощает большую часть бюджета разведывательного сообщества, и это стало возможным благодаря особым отношениям с ЦРУ. В отчете Конгресса 1996 года подчеркивались уникальные финансовые отношения NRO с ЦРУ и рекомендовалось, чтобы Конгресс сохранил их в обозримом будущем: