С 20 февраля 1985 года в Звездном городке начинается подготовка группы космонавтов-спасателей: предполагается подготовить опытных космонавтов к полету на космическом корабле «СоюзТМ» в качестве одновременно и командира корабля, и бортинженера. Если на орбите произойдет авария на орбитальной станции «Салют» и понадобится срочная эвакуация экипажа, космонавт-спасатель должен в одиночку отправиться на орбиту, состыковать «СоюзТМ» со станцией и эвакуировать на Землю ее экипаж. Для участия в группе космонавтов-спасателей отобраны опытные советские космонавты – Владимир Ляхов, Анатолий Березовой и Юрий Малышев. Началась общая подготовка к полету, без конкретизации задач – никто не мог сказать, понадобится ли вообще когда-нибудь такой «спасательный» полет. Все очень надеялись, что чрезвычайных происшествий в космосе не произойдет. Забегая вперед, скажем, что спасатели в космосе так и не понадобились.
Правда, весной 1985 года Владимиру Ляхову едва не пришлось принять участие в спасательной экспедиции. Но спасать предстояло не экипаж космонавтов, а целую космическую станцию. На «Салюте-7» из-за ошибки наземного оператора фактически произошло отключение системы электропитания. Орбитальная станция превратилась в груду металла, который постепенно менял орбиту, приближаясь к Земле. Под угрозой срыва оказались не только космические планы 1985 года, но и возникла угроза неконтролируемого падения обломков «Салюта-7» на Землю.
Для того чтобы предотвратить негативное развитие событий, срочно стали формировать экипажи для спасательной экспедиции, в которые включали самых опытных космонавтов. Владимир Ляхов и Виктор Савиных значились в первом экипаже, но всего через пару дней совместных тренировок Ляхова заменили более опытным Владимиром Джанибековым, у которого на счету было уже четыре полета в космоса – больше, чем у других советских космонавтов (в том числе и два полета именно на «Салют-7» - в 1982 году (вместе Александром Иванченковым и Жан-Лу Кретьеном) и в 1984 году (вместе со Светланой Савицкой и Игорем Волком). Джанибеков и Савиных в итоге смогли восстановить работоспособность «Салюта-7», блестяще справившись с поставленной задачей.
В 1986 году в космос была запущена новая орбитальная станция – «Мир», которая в отличие от «Салюта-6» и «Салюта-7», имевших по два стыковочных узла, располагала уже шестью узлами, что позволяло пристыковывать к ней научно-исследовательские модули. В 1986 году в первой экспедиции на «Мир» участвовали Леонид Кизим и Владимир Соловьев. В 1987 году их работу продолжила вторая экспедиция – Юрий Романенко и Александр Лавейкин. В апреле 1987 года были сформированы экипажи для третьей экспедиции на «Мир». Владимир Ляхов вошел в качестве командира в состав резервного экипажа вместе с космонавтом-новичком Александром Калери. Но уже в мае 1987 года Калери перевели из резервного экипажа в дублирующий, и Владимир Ляхов остался без бортинженера. Впрочем, его «одиночество» длилось недолго: в состав резервного экипажа был введен еще один космонавт-новичок Александр Зайцев.
14 мая 1987 года Владимир Ляхов был назначен начальником 25-го отдела 2-го управления Центра подготовки космонавтов.
В ноябре 1987 года были определены экипажи для второго советско-болгарского космического полета по программе «Шипка». Владимир Ляхов возглавил дублирующий экипаж, в который, кроме самого Ляхова, вошли еще и космонавты-новички: бортинженер Александр Зайцев и болгарский космонавт Красимир Стоянов.
В 1988 году на станцию «Мир» должны были отправиться две кратковременные экспедиции посещения: советско-болгарская и советско-афганская. В советско-болгарской Владимир Ляхов был командиром дублирующего экипажа.
1 декабря 1987 года экипажи начали первые тренировки. Тренировались в таких составах: основной экипаж Анатолий Соловьев – Виктор Савиных – Александр Александров (болгарский космонавт, однофамилец космонавта Александра Александрова, с которым Владимир Ляхов летал в 1983 году на орбитальном комплексе «СоюзТ-9»-«Салют-7»-«Космос-1443») и дублирующий экипаж Владимир Ляхов – Александр Зайцев – Красимир Стоянов.
Правда, в апреле 1988 года в составе основных и советско-болгарских экипажей произошли изменения. К сожалению, Александру Зайцеву не удалось слетать в космос: в марте 1988 года медики сняли его с подготовки к космическому полету из-за болезни. Место бортинженера в экипаже Владимира Ляхова занял опытный космонавт Александр Серебров, с которым Владимир Афанасьевич уже готовился к космическому полету в 1983 году на станцию «Салют-7».
А вот для советско-афганской экспедиции 15 февраля 1988 года был сформирован экипаж, в котором Ляхову предстояло стать командиром, а членами экипажа у него были врач Валерий Поляков и афганский космонавт Масум Мухаммед Дауран Гулям. То есть до дня старта советско-болгарского экипажа 7 июня 1988 года, Владимир Ляхов готовился одновременно в составе двух экипажей к двум космическим экспедициям – советско-болгарской и советско-афганской. Ничего подобного в истории подготовки советских космонавтов к космическим полетам еще не было. Понятно, что, по меткому выражению инструкторов в Центре подготовки космонавтов, Владимиру Ляхову в период с февраля и по июнь 1988 года приходилось «вертеться, как белка в колесе», чтобы качественно подготовиться к работе сразу в двух экипажах. Уже потом за активное участие в подготовке советско-болгарского космического полета правительство Народной Республики Болгария в 1988 году наградило Владимира Ляхова орденом «Народная Республика Болгария» I степени.
15 апреля 1988 года началась непосредственная подготовка к космическому полету советско-афганского экипажа. На Ляхова падала в те дни двойная нагрузка – ведь одновременно он готовился в качестве дублера командира советско-болгарской экспедиции.
- Тяжело в учении - легко в бою, - скажет уже после окончания космического полета Владимир Афанасьевич. - Этот суворовский принцип давно стал нашим правилом, правилом подготовки советских космонавтов. На Земле мы отрабатываем на тренажерах в Звездном городке десятки и сотни всевозможных нештатных ситуаций, которые только могут выдумать наши инструкторы и разработчики космической техники. И в каждой ситуации экипажу корабля нужно разобраться, суметь найти правильное решение. И все это в условиях жестких временных ограничений! Кто может подсчитать, сколько потов с тебя сойдет прежде, чем займешь кресло в кабине космического корабля? Поэтому-то у некоторых посторонних наблюдателей и создается иллюзия легкости работы космонавта и на Земле, и на космической орбите.
Было решено, что основные тренировки в экипажах с участием афганцев начнутся уже после возвращения Владимира Ляхова из Байконура в июне. Кто будет с ним в одном экипаже, еще окончательно было не определено. «Но это точно будет врач и афганский космонавт», - иронизировали сотрудники Центра подготовки космонавтов.
Первоначально экипажи для предстоящего советско-афганского космического полета были сформированы в следующем составе:
1) основной экипаж (позывной «Протоны»):
- командир – полковник ВВС Владимир Ляхов;
- космонавт-исследователь-врач – Валерий Поляков;
- космонавт-исследователь (Афганистан) – Мухамед Дауран.
2) дублирующий экипаж (позывной «Эльбрусы»):
- командир – полковник ВВС Анатолий Березовой;
- космонавт-исследователь-врач – Герман Арзамазов;