Сонни сразу же почувствовал влияние войны на себе, когда его музыкантов начали призывать в армию, и ему пришлось заполнять свободные места школьниками, которых он сам и учил. Один человек, переезжавший в Небраску, предложил ему альтернативную работу в качестве эстрадного артиста на оборонном заводе фирмы Martin Aircraft в Омахе, но Сонни предпочёл остаться при своих учениках и репетициях. Хотя он каждый день наблюдал сильное движение на вокзале, он продолжал заниматься тем же, чем и раньше — как будто ничто никогда не изменится и он останется центром музыкальной вселенной.
Потом он получил призывную повестку, адресованную Герману П. Блаунту (цветн.) — он сохранил её в качестве свидетельства дискриминации, продолжающейся за благочестивым фасадом военных усилий. Он проигнорировал её, почему-то посчитав, что его это не касается. Пришла повторная повестка. Тем временем он познакомился с членами Товарищества за Примирение — группы протестантов-пацифистов, основанной ещё во время первого призыва на Первую Мировую войну; по их совету он потребовал слушания его дела в призывной комиссии. Его семейные были возмущены и сбиты с толку; никто из них не мог понять его образа мыслей. Ни им, ни кому-то из музыкантов ещё не приходилось видеть пацифиста, и они попросили его объясниться. Он сказал только одно: «У меня нет права идти и сражаться с этими людьми», и не делал никаких попыток убедить других последовать своему примеру.
Вечером 10 октября он пошёл в Браун-Маркс-Билдинг на углу Первой Авеню и 20-й улицы и представил комиссии свои резоны: они ошиблись с его возрастом (ему было не 25, а 28); его 75-летняя двоюродная бабка жила на его попечении; у него было плохое состояние здоровья; и наконец, несмотря на то, что он не принадлежал ни к какой церкви, как христианин он был против всякого сражения и убийства. Каким-то образом (противно здравому смыслу и всякой вероятности) ему присвоили классификацию 4-E (добросовестный отказник), т.е. он мог не служить в строевых и нестроевых частях. 14 октября отчёт был отправлен в Призывную Службу в Вашингтон; там должны были определить, где он проведёт военное время. Таким образом он вошёл в очень небольшое число афроамериканских пацифистов, среди которых также были А. Филип Рэндолф, Сен-Клер Дрейк, С.Л.Р. Джеймс, Бэйард Растин, Джин Тумер и 200 членов Нации Ислама.
Сонни заполнил анкету Национальной Служебной Комиссии для Религиозных Отказников, где просил поместить его не в тюрьму, а в лагерь Гражданской Общественной Службы. Эта система была основана Призывной Службой в качестве альтернативной общественной службы для добросовестных отказников, чтобы их не посадили в федеральную тюрьму. Лагеря управлялись тремя пацифистскими церквями без всякой финансовой поддержки со стороны государства, и хотя там проводились сельскохозяйственная, медицинская и другие работы, имеющие национальное значение, каждому ДО полагалось жить либо на свои, либо на семейные средства. В своей анкете Сонни написал, что мог бы жить за счёт продажи аранжировок и композиций. В графе «навыки» он перечислил такие свои способности, как сочинение стихов, композиция, аранжировка, а также игра на пианино и Hammond Solovox. В графе «физические недостатки» он заявил о грыже, вызванной проблемами с левым яичком и написал, что собирается лечь на операцию. Однако хотя формально он просил об альтернативной службе, он всё же добавил несколько страниц с просьбой об отсрочке в связи с операцией. Он писал ясным и твёрдым почерком, уверенный, что будет понят северными пацифистами:
В настоящий момент весь мой левый бок от головы до ног болит и горит. Такие приступы происходят у меня неожиданно. За последние десять лет я побывал у нескольких врачей и даже обращался за помощью в местную больницу (у них должны сохраниться записи), но после облучения и прочих исследований врачи так и не смогли понять причины…
Знаете ли вы, каково это — не чувствовать своего тела от головы до пят? Вам когда-нибудь приходилось не спать всю ночь из-за боли, когда не можешь ни лежать, ни ходить, и в результате приходится сидеть и ждать утра? Я знаю, что это такое.
Я не понимаю, как правительство или кто-то ещё может ожидать, что я соглашусь на то, чтобы меня судили по стандартам обычного человека.
Он писал, обращаясь к другому такому же аутсайдеру, и на бумагу изливались его тайные слабости и тревоги:
Я никогда не имел возможности считать секс частью своей жизни — я пытался, но меня это просто не интересовало. Для меня единственная стоящая вещь в мире — это музыка, и я считаю её полной компенсацией за любые мои физические недостатки. Уверен, что никто не мог бы позавидовать такому моему счастью. Честно говоря, это всё, что у меня есть в мире — ведь у меня по сути дела нет ни матери, ни отца, ни друзей. К сожалению, я приучился не доверять людям. Обычные люди меня несколько пугают. Похоже, что их величайшее желание в жизни — это калечить и разрушать либо себя самих, либо кого-то ещё. Злое удовольствие. Возьмём, к примеру, эту войну. Буквально вчера одна женщина, пытаясь застрелить своего мужа, попала в сердце своему трёхлетнему ребёнку и убила его…