Ставши знову кошовим, Гордіенко почав силою підтримувати свої протести проти порушення запорозьких вольностей. Весною він вирядив з Січі на Самар 3.000 запорожців з наказом поруйнувати Самарські московські городки і вимести геть з Запорожжя всіх захожих поселенців, хто не належав до Війська Запорозького. Той виділ запорожців добув штурмом Новосергієвський городок, попалив околиці Новобогородського городка і захопив чимало коней та худоби, що були власністю московських людей, але самої Новобогородської кріпості не добув, бо не мав великих гармат. Покинувши її, запорожці пішли на Орель і зігнали з лівого берега всіх поселенців, що понаходили туди з Полтавщини, Харківщини і навіть з Московщини. Одночасно з тим Гордієнко почав утискувати росіян і у Кам'яному Затоні.
Хоч ці вчинки Гордієнка і були одверто ворожі до тодішнього російського уряду, а проте в них не можна вбачати заміру кошового стати на бік ворогів російської держави, бо у тому ж 1704 році 2.000 запорожців були при російському війську на Ладозі і в місяці червні брали участь в атакуванні шведів на Чорній Річці, біля Неви.
Року 1705 російський уряд, щоб забезпечити собі під час війни з шведами спокій з боку Туреччини, згодився на перемежування південних кордонів Запорожжя з татарськими землями. Гордієнко, стежачи за тим межуванням і побачивши, що представники царя не обстоюють непорушності запорозьких земель, протестував перед царем проти того, що запорозькі землі межуються без згоди і навіть участі запорозького коша і доводив, що од часів литовського князя Вітовта, межа з татарами починалася од Старого Очакова і йшла берегом моря та лиманом до самого устя Дніпра, "де урочище Сто Могил". "Та ще й море, - писав він, - було наше, поки з берега кінь діставав дно копитами; Дніпро ж завжди був запорозький і ніяких меж на ньому не було".
На протести Гордієнка російський уряд не звернув ніякої уваги і віддав татарам та туркам всі низи річок Інгула, Висуні та Інгульця, протягши межу од річки Бугу до устя річки Кам'янки у Дніпро. Запорозьке товариство не було дуже збентежене з того межування, бо не визнавало ніяких меж, а користувалось своїми землями до самих лиманів, як і раніше. Та не так спокійно глянув на цей вчинок російського уряду Гордієнко. Він тепер ще дужче упевнивсь у тому, що російський уряд, вимагаючи од запорожців кривавої служби на користь держави, зовсім не дбає про інтереси самого Запорожжя і може зрадити його повсякчас, коли з того, можливо, буде мати користь.
Роками 1706 та 1707 на Січі заходами Мазепи знову взяла гору партія поміркованої старшини, і кошовими отаманами були у ті роки Петро Сорочинський та Лукаш Тимофієнко. Кошевства їхні визначались тим, що на Січ приїздив з Дону, збираючись підняти проти московської влади оружне повстання, козак Булавін[8]. Він умовляв запорозький кіш подати йому помочі і виступити проти московського війська, поки більшість його на війні з шведами.
Кошовий отаман Сорочинський рішуче повстав проти цього і навіть примусив Булавіна виїхати геть з Січі. Цей вчинок Сорочинського не до вподоби був більшості запорожців, бо на Січі ще жили перекази про ті часи, коли донські козаки допомагали запорожцям і у морських походах на турків, і у боротьбі з поляками. Великі натовпи незадоволених Сорочинським запорожців зібрались на раду, вимагаючи од Сорочинського, щоб за лицарським звичаєм подав донським козакам помочі, а коли він одмовився те зробити, то рада скинула його з уряду і обрала учетверте вже Костя Гордієнка.
Проте й Гордієнко не згодився вести запорожців на Дін на поміч Булавіну, щоб не лишати Запорожжя нє обороненим од татар та російського війська, котре стояло поруч Січі у Кам'яному Затоні і Новобогородську. Він тільки на раді оголосив, що за стародавніми звичаями, всі запорожці під проводом отаманів Безпалого та Драного пішли на Донець на поміч Булавіну. Як відомо, всі ті козаки, року 1708, після бою з російськнм військом на річці Торці, булн оточені російським військом та козаками Мазепи у Бахмутському городку, і надзвичайно уперто там обороняючись, всі до одного наложили головою.
У приборканні повстання Булавіна Мазепа з наказу царя Петра взяв найжвавішу участь і через те треба гадати, що року 1708, навіть за кілька місяців до поєднання Мазепн з Карлом, між ним та Гордієнком ще не було нічого спільного, та й сам Мазепа навряд чи мав тоді на мислі переходити на бік Карла, бо трудно зрозуміти, щоб, намисливши таке діло, він, гамуючи повстапня донців, собі копав яму.