Тим часом восени року 1708 король шведський Карл XII уступив з невеликим військом з Литви в Україну і тут несподівано для всіх розійшлася по Україні чутка, що Мазепа за Десною поєднався з Карлом. Зроблено було це Мазепою зовсім необачно. Замість того, щоб згромадити козацьке українське військо на час такої рішучої події біля себе, він, навпаки, розкидав його поза межі України: частину послав з наказу царя Петра на Дін та Донець, другу на Литву і третю навіть на береги Неви, так що до Карла він привів зовсім нікчемну потугу у якихось 4.500 козаків, та ще купку військової старшини, котра, до того кажучи, порозбігалася од нього зараз же, як тільки побачила, що війська шведського занадто мало.
Друга необачність Мазепи була у тому, що він під час свого гетьманування утискував українське поспільство і навіть козацтво, через що замість того, щоб придбати любов народну, придбав собі од нього зневір'я і зненависть. Нарешті, третьою помилкою Мазепи було ворогування з запорожцями і найбільше з Гордієнком, для котрого вчинок Мазепи був такою ж несподіванкою, як і для всієї України.
Помилками Мазепи цар Петро I зразу ж скористався. Він поспів вислати з України всі козацькі полки, які ще там лишились раніше, ніж старшина тих полків довідалась про єднання гетьмана з шведами, а на Україну зараз же прислав військо московське з Меншиковим і обсадив їм всі городи, де ще не було шведів. На Батурин російське військо напало раніше, ніж туди поспіли шведи й Мазепа, і добувши його через зраду когось з місцевої людності, що одімкнув потайний пролаз, сплюндрувало місто дощенту, вирізавши до ноги всю людність. Далі, негайно після того, цар викликав у Глухів козацьку старшину з трьох полків, що не пішли з Мазепою і нічого не відали про його заміри, і там звелів обрати гетьманом млявого вдачею стародубського полковннка Скоропадського.
На Січі про приеднання гетьмана до шведів довідались теж нескоро. Тільки у середині листопада кошовиії Гордієнко майже одночасно дістав два листи: першого од Мазепи з повідомленням, що, рятуючи рідний край од московської неволі, він поєднався з шведським королем Карлом XII, і другий од царя Петра з повідомленням про зраду Мазепи і з порадою лишитись вірним царю. Слідом за тими листами на Січ прибули царські посланці Кисленський та Теплицький. Вони привезли Гордієнкові нового листа, у котрому цар, повідомляючи Військо Запорозьке про обрання Скоропадського гетьманом замість Мазепи, умовляв запорожців бути слухняними новому гетьманові.
Разом з останнім листом на Січ були привезені коштовні од царя подарунки: кошовому 500 червінців, старшині 2.000 червінців і на козаків 12.000 червінців. Гордієнко подарунки прийняв, у відповідь же на царську грамоту написав за згодою ради довгого листа, у котрому повставав вже не тільки за права Війська Запорозького, але й за права всієї України. Лист був повний докорів за порушення московськими царями автономії Українн, забезпеченої Переяслівською умовою з Богданом Хмельницьким під той час, коли Україна, визволившись з-під польської кормиги без помочі московської держави, прилучилась до неї своєю волею. Наприкінці листа Гордієнко вимагав од царя: 1) щоб на Україні було знищено все російське й українське панство, козацтву ж та людові посполитому щоб була повернена повна воля й давні права, які вони мали під час Переяслівської умови; 2) щоб всі московські городки по Самару та у Кам'яному Затоні були негайно розкопані й знищені.
Таким чином і в даному разі Гордієнко не таївся зі своїми бажаннями й вимогами, як Мазепа, а писав одверто, не вважаючи на те, що знав палку й сувору вдачу царя Петра і силу його війська.
Не діставши на свого листа одповіді, Гордієнко зрозумів, що нема чого сподіватись йому царської ласки та згоди на його вимоги і після того, як 1 січня року 1709 був у шостий раз обраний кошовим отаманом, вирядив два виділи Запорозького Війська, кількістю на 6.000 душ у Старий та Новий Кодаки, маючи метою, щоб не дати російському війську захопити ті кріпості і тим перетяти запорожцям шляхи на Україну і до шведського війська.
Довідавшись про настрій Гордієнка, російський уряд почав чинити всякі заходи до того, щоб скинути ного з кошевства, а у військо вкинути замішання. I справді, після виходу з Січі більшості війська останні запорожці почали хвилюватись. Всім уже було видно, що справа йде до одвертої війни з Московською державою і це страхало поміркованих козаків, а найбільше тих, що мали якусь маєтність на Запорожжі або на Україні. На радах, що одбувались у Січі з приводу війни, Гордієнко, чуючи нарікання поміркованих, не один раз і булаву складав, та запорозька молодь і голота всякий раз примушувала його знову приймати уряд кошового, московських же прихильників розганяла і навіть била.