Щоб покарати того запорозького зрадника, Гордієнко послав на Чигирин полк запорожців, та вони не змогли добути Галагана, бо Голіцин встиг прислати йому з Києва поміч.
З того часу почалися на Військо Запорозьке й Гордієнка пригоди. На Січі поміж запорожцями, що не пішли з Гордієнком та тими, що позбирались з рибальства, повстали сварки. Прихильники Гордієнка зачіпали московських людей, що сиділи у Кам'яному Затоні і хотіли добути ту кріпость, прихильники ж покори не давали того зробити. На початку квітня помірковані взяли гору і, скинувши позаочі Гордієнка з кошевства, обрали замість нього Петра Сорочинського.
Російський уряд уже тішився з приводу обрання на Січі нового кошового отамана, але не минуло й кількох тижнів, як настрій на Січі знову відмінився і більшість товарнства, до котрої приєднався і сам Сорочинський, ухвалила на раді обстоювати свої права й вольності зброєю і послати до кримського хана просити його помочі.
Тим часом на полки Гордієнка почав наступати з російським військом генерал Рене. Він вибив невеликі ватаги запорожців з Маячки та Нехворощі на Орелі і вирізав по тих містах всю людність разом з жінками й дітьми за те, що допомагали запорожцям, а всі оселі попалив. Далі він перейшов до Сокілки на Ворсклі і став там табором з сьома тисячами драгунів та піхоти. Квітня 17 до Сокілки ж на допомогу запорожцям прийшов шведський генерал Крузе з трьома тисячами війська і, оточивши разом з запорожцями табір росіян, почав добувати його. Становище Рене стало дуже скрутним. Він з російським військом мусив продиратися крізь ворогів і хоч вирвався з облоги, та втратив при тому 1.500 москалів.
Через бої по Орелі Гордієнко не спромігся заступити шляху російському війську, що саме пливло Дніпром з Києва руйиувати Січ. Карл XII, вступаючи з Литви в Гетьманщину, необачно покинув позаду себе Канів з чималим російським військом князя Голіцина і, коли дійшов до Полтави, то мав російське військо не тільки зі сходу та півночі, а й з заходу - у Києві, Каневі, Черкасах та Чигирині. Користуючись таким становищем, цар Петро I, як тільки на початку квітня дізнався, що новий кошовий Війська Запорозького Петро Сорочннський поїхав у Крим просити татарської помочі, зараз же звелів полковнику Яковлєву рушити з трьома полками війська Дніпром на Запорожжя і захопити Січ.
Спускаючись Дніпром, Яковлєв прилучив до себе по шляху полк донських козаків і вийшов на берег біля Келеберди, де стояла перша невелика запорозька залога. Запорожці, не маючи сили змагатись, одійшли на Переволочину. Яковлєв же Келеберду спалив і, вирізавши всіх мешканців, теж наблизивсь до Переволочиної. У цьому місті була невелика кріпость з запорозькою залогою у 600 козаків, та біля двох тисяч узброєних мешканців, що стали на бік запорожцїв. Оточивши Переволочину з чималою силою, Яковлєв вимагав, щоб запорожці віддались на царську ласку, та тільки запорожці, знаючи вже яку мала долю людність у Келеберді, що навіть не змагалась, воліли ліпше всім наложити головою у чесному бої, ніж віддатись на муку своєю волсю.Підкотивши гармати до міста, Яковлєв почав громити кріпость, а порушивши стіни, почав її штурмувати. Запорожці завзято оборонялись, та сила їхня була дуже слаба: гармат не було зовсім, а штиків на рушницях теж, у повстанців же зброя була ще далеко гірша. За якийсь час нерівної боротьби запорожці всі полягли у бою, з повстанцями ж та останніми переволочанамн росіяни розправились з нечуваною жорстокістю: всіх, хто ховався по хатах та повітках, вони замикали з двору і живцем палили разом з будівлями: інших або кололи й різали, або колесували й четвертували. За кілька годин у Переволочині не лишилось жодної живої душі та й самої Переволочини не лишилось, опріч димарів од хат. Навіть млини на Дніпрі Яковлєв звелів попалити, човни ж всі побрав з собою, під своє військо, і поплив далі.
Після Переволочини московське військо легко побрало обидва Кодаки, бо по них було лише по кілька десятків запорожців, і посунуло Дніпром та східним його берегом далі до Кам'яного Затону. Прилучивши там до себе московську залогу з великими гарматами, Яковлєв 9 травня підступив до Січі, а 10-го почав уже громити її з гармат.
Кошового отамана Сорочинського під той час у Січі не було - їздив у Крим просити ханської помочі, влада ж була у руках наказного кошового Якима Богуша. Всіх запорожців у Січі було не більше як 1.000 душ та й з тих більшість складали старі та покалічені діди; молодь вся була з Гордієнком у Гетьманщині, решта ж товариства, як звичайно, була по лугах та лиманах. Проте, незважаючи на обмаль товариства, Яким Богуш зумів вдмухнути в душі запорожців рішучість вмерти ліпше на окопах неньки Січі у нерівній боротьбі, аніж, зрятувавшись у плавнях Базавлуку, що зовсім легко було зробити, затоптати свою лицарську славу у болото і віддати Січ москалеві, як казали запорожці, "за спасибі".