В 1471 и 1478 гг. московский князь Иван III предпринял походы против Новгорода, в которых принимала участие и костромская рать под командой князя Даниила Холмского. При расселении богатейших новгородских семей по московским городам некоторые из них были направлены в Кострому.
В 1493 г. Кострома вновь подверглась опустошительному пожару.
Памятников культуры и искусства XII–XV вв., связанных своим происхождением с Костромой, сохранилось очень немного. Известна икона 1230–1270 гг. Федоровской богоматери, на обратной стороне которой помещено поясное изображение Параскевы. По стилистическим особенностям ее относят к ярославской школе. Вполне вероятно, что эта икона принадлежала Александру Невскому — и только после его смерти была перенесена из Городца в Кострому. Икона „Св. Николай с житием" (ныне хранится в ГРМ) датируется XIV в. В этом произведении особенно интересны клейма, иллюстрирующие отдельные эпизоды жизни Николая, написанные в свободной контрастной манере к его иератическому изображению, занимающему по традиции среднее поле иконы.
3. Ипатьевский монастырь. План
I — Старый город; II — Новый город; I — Троицкий собор; 2 — звонница; 3 — архиерейский корпус; 4 — братский корпус; 5 — палаты бояр Романовых; 6 — корпус «над погребами»; 7 — корпус бывш. свечного завода; 8 — бывш. богадельня; 9 — церковь Преображения из села Спас-Вежи; 10 — свайные бани из села Жарки; 11 — Зеленая башня; 12 — юго-западная башня Старого города; 13 — Квадратная башня; 14 — Водяная башня; 15 — Пороховая башня; 16 — Екатерининские ворота: 17 — северо-западная башня Старого города; 18 — северо-западная башня Нового города; 19 — юго-западная башня Нового города; 20 — северные ворота Нового города
Среди произведений декоративного искусства интересны найденные при раскопках крестик с перегородчатой эмалью, шиферные иконки с рельефными хорошо моделированными изображениями, тонкой проработкой орнаментов XII в. явно южно- русского происхождения.
Памятников архитектуры XII–XV вв. в Костроме не сохранилось. Но существует легенда, которая в какой-то мере свидетельствует о том, что в городе и в те далекие времена жили искусные зодчие. По этой легенде костромские плотники подарили своему удельному князю деревянную модель архитектурного сооружения. Князь одарил их землей. Модель как ценное произведение искусства передавалась князьями из поколения в поколение, а позднее была подарена гостям-иноземцам. В другой легенде о явлении иконы Федоровской богоматери упоминается, что в 1270 г. в городе был построен каменный Успенский собор, но, видимо, это не более, чем вымысел. Существовавший до 1933 г. собор по своим архитектурным формам мог быть датирован не древнее XVI в.
Из Костромы происходит крупнейший памятник древнерусской истории, так называемая Ипатьевская летопись, хранившаяся в Ипатьевском монастыре. Это — копия, сделанная в XIV — начале XV в. с одного из древнейших летописных сводов Киевской Руси IX–XI вв., „Повести временных лет“ (ныне хранится в рукописном отделе библиотеки Академии наук СССР).
В XVI в. Кострома управляется из Москвы приказом костромской “чети”. От имени приказа здесь действуют наместники. Когда Иван IV ввел на Руси земское самоуправление, наместника в Костроме заменили выборными губными старостами. Непосредственно Москве подчинялись и местные церковные власти — поповские старосты. Военное управление было сосредоточено в руках “городских приказчиков”. Костромское ополчение дважды в XVI в. — в 1539 г. под командованием Мстиславского и в 1540 г. — Яковлева — разбило татар, пытавшихся захватить город. Перед походом на Казань в 1551 г. в Костроме собирался полк правой руки князей Горбатого и Серебряного.
5. Квадратная башня южной стены Ипатьевского монастыря. 1586–1590
6. Юго-западная башня Нового города Ипатьевского монастыря. 1642–1643
4. Южная стена Ипатьевского монастыря. 1586;1590;1642;1643
Во второй половине XVI в. все постройки в городе были деревянными. Лишь в центре возвышался каменный Успенский собор, а на окраинах — сооружения Богоявленского и Ипатьевского монастырей.
Крайне малая сохранность произведений живописи XV–XVI вв. не дает возможности восстановить художественную культуру Костромы того времени. Мало известно и памятников прикладного искусства. Сохранившиеся вклады Годуновых в Ипатьевский монастырь (ныне в Оружейной палате) являются произведениями московской школы искусства.
В орбиту крупных политических событий Кострома попала в начале XVII в. Польские отряды и сторонники группировки „тушинского вора“ захватили укрепления Ипатьевского монастыря и использовали его как военную базу для своих действий на северо- востоке страны. Костромское ополчение в 1609 г. изгнало мятежников и в дальнейшем принимало активное участие в войне против интервентов.
В 1613 г. Ипатьевский монастырь стал временной резиденцией молодого царя Михаила Романова.
Экономику города XVII в. характеризует прежде всего непрерывный рост населения. В 1614 г. было учтено 312 дворов; в 1628- 34 гг. — 1633 двора, причем 12 из них характеризованы как лучшие, 41 — как средние, 74 — как малодушные, 1333 — как худые, 105 дворов нетяглых, 68 двориков и келий и, наконец, 75 мест определено пустыми. Перепись 1646 г. отмечает уже 1726 дворов, 1650 г.- 2086, что обусловлено было, по-видимому, произведенной в эти годы городской реформой, когда к посадам Костромы были приписаны жители, числившиеся за монастырями, боярами и до этого от тягла освобожденные.
Во второй половине XVII в. в Костроме значительная часть населения занималась ремеслами. Здесь было около 600 ремесленников, среди них был развит кузнечный промысел, причем их продукция в виде гвоздей, сковород, ножей и т. п. реализовалась не только на местном рынке, но и отправлялась на „низ“. В книге о Московском государстве, изданной в 1620 г., отмечено, „что в Костроме варится лучшее Во Всей стране мыло“.
7. Зеленая и юго-западная башни Нового города Ипатьевского монастыря. 1642–1643
8. Троицкий собор (1650–1652) и звонница Ипатьевского монастыря
Некий мыловар Григорий Бабин был в числе „лучших людей“. Его мануфактура была размещена в отдельно стоящих специальных производственных помещениях и обслуживалась наемными рабочими. Широко было развито кожевенное (сыромятники, подошвенники), сапожное, портняжное (сермяжники, шубники и т. п.) и полотняное производство. Строительное ремесло было представлено 26 кирпичниками, 12 плотниками, 4 оконишниками. Художественным ремеслом занимались 7 серебряников, 13 иконописцев. Большая группа жителей была занята изготовлением пищевых продуктов (масленики, мясники, солодежники и т. п.). Классовое расслоение населения Костромы характеризуется в это время тем, что в городе имеется довольно значительная прослойка граждан, лишенных средств производства: „рабочие люди кормятся черной работой“. Единичными были профессии дегтяря, живодёра, конского мастера, красильщика. Многие ремесленники выступают одновременно и как торговцы. По переписи 1634 г. в городе учтено: 739 торговых мест, сгруппированных в торговые ряды: мясной, калашный, соляной, сурожский, иконный, рыбный, солодежный, мучной, железный, шубный и другие. В середине XVII в. Кострома занимала четвертое место по своему экономическому значению среди посадов Московской Руси. Но вторая половина века не была счастливой для города. В 1654 г. пожар уничтожил большую часть застройки города, вскоре моровая язва погубила почти две трети горожан. В 1660 г. протест против экономических тягот, которые несло трудовое население, получил выход в мятеже посадских людей и крестьян. Во главе восставших стояли поп Иван из села Селище и крестьянин Куземка Васильев. В этом бунтарском движении особенно ярко проявилось возмущение против монахов Богоявленского монастыря и протоиерея Данилы, видимо, бывших конкретными виновниками тяжелой жизни восставших.