Главными идеологами атеизма и оппонентами православия стали Лев Давидович Троцкий (1879–1940 гг.; Лейба Бронштейн, см. текст далее), Феликс Эдмундович Дзержинский (1877–1926 гг.; называл православие вторым главным врагом коммунистов после самодержавия), Емельян Михайлович Ярославский (Миней Израилевич Губельман, 1878–1943 гг.). Главным автором советских трудов по атеизму и истории партии стал Е.М. Ярославский, член МК РСДРП(б) и военной организации большевистских боевиков, со временем – руководитель боевиков во всероссийском масштабе, первый комиссар Кремля, секретарь (с 1921 г.) ЦК РКП(б). Его жена, единомышленница и первый помощник К.И. Кирсанова, вместе с Яковом Михайловичем Свердловым (1885–1919 гг.; Янкель, или Янош Соломон Мовшевич возглавлял Уральскую областную партийную организацию, в 1917 г. был секретарем ЦК партии и председателем ВЦИК) в начале революционных беспорядков в России возглавляла на Урале организацию боевиков, тайную боевую организацию мафиозного типа, была одной из связных между боевиками, дружинами большевиков и возглавляемой Лобовым бандой «лесных братьев» – беспартийных грабителей (по Болотину Л., 1996, стр. 250, 251). Е.М. Ярославский за свои «труды» по атеизму и «обличению» православия в советский период почитался как видный историк, один из классиков идеологии атеизма, стал академиком АН СССР (1935), был удостоен государственной премии СССР (1943).
В 1918 г. был принят декрет об отделении Церкви от государства и школы от церкви. Этот шаг ужесточил гонение на верующих, ускорил конфискацию церковных ценностей и массовое закрытие церквей, монастырей, других религиозных центров. В 1918–1919 гг. начали проводить в жизнь государственную политику «воинствующего атеизма». Процесс вскрытия мощей в православных храмах сопровождался массовым сопротивлением верующих, воспринявших его как глумление над их религиозными чувствами, национальными историческими ценностями, прежде всего духовными.
Одна из церквей Костромской области, разрушенная во время гонений 1920 —1930-х гг.
В мае 1919 г. за подписями Председателя Совета Народных Комиссаров Владимира Ильича Ульянова-Ленина (1870–1924) и Председателя Центрального исполнительного комитета Михаила Ивановича Калинина (1875–1946) вышло Указание № 13666 72 о том, что «необходимо как можно быстрее покончить с попами и религией. Попов надлежит арестовывать… расстреливать беспощадно и повсеместно. И как можно больше… Помещение храмов опечатывать и превращать в склады» (М.И. Калинина обязали подписать этот документ). По предложению Льва Давидовича Троцкого (1917–1918 гг. – нарком иностранных дел, 1918–1925 гг. – наркомвоенмор и председатель РВСР, с 1923 г. – Реввоенсовет СССР) были созданы газета «Безбожник» и журнал «Воинствующий безбожник», а также Центральный Совет Союза воинствующих безбожников. Троцкий стал главным идеологом политики по отношению к Русской православной церкви в России. Троцкий в 1922 г. подготовил секретную записку «О политике по отношению к Церкви», где обосновал целесообразность конфискации церковных ценностей под прикрытием лозунга борьбы с голодом, а также как меру умаления влияния церкви на людей.
В апреле 1922 г. Политбюро ЦК РКП(б) утвердило «Практические предложения по изъятию церковных ценностей», что было сделано якобы для помощи голодающим. Троцкий ловко сумел использовать эти меры для борьбы с Русской православной церковью и для личного обогащения. Полученные от продажи конфискованных церковных ценностей средства лишь частично пошли на помощь голодающим, огромные суммы получил Реввоенсовет якобы на государственные цели, а на деле – на возглавляемую Троцким агитационно-пропагандистскую работу, иные «стратегические цели», известные только Троцкому. Самые ценные антикварные вещи, церковное имущество под наблюдением лично Троцкого попадали в Госмузей, который возглавляла его жена – Н.И. Седова, что означало решение их судьбы по воле самого Троцкого.