«Сидя в классе, во время скучной лекции я уже мечтал о поездке… Это было стремление к самосовершенствованию… Я начал заниматься естественными науками… запасаясь книгами по всем отраслям естествознания… Первые мои материалы были куски гранита, собранные на набережной Невы. С рвением изучал я употребление паяльной трубки, познакомился с основами ботаники, принялся за минералогию… прошел геогнозию Соколова{Д. И. Соколов (1788–1852) — известный русский геолог и минералог, профессор Петербургского университета.} не забывая при этом и химию — мой любимый предмет. Статьи Куторги{С. С. Куторга (1805–1861) — геолог и зоолог, профессор Петербургского университета, первый пропагандист учения Дарвина в России.}: «Геолог — путеводитель по берегам Ладожского озера и Финского залива» — много способствовали моему желанию изучить минералогию. Я был произведен в офицеры, поселился в своей квартире, завел свою лабораторию и начал заниматься изучением органической химии, слушал лекции Зинина{H. H. Зинин (1812–1880) — выдающийся русский химик-органик.}, читал Жерара{Жерар Шарль-Фредерик (1816–1856) — французский химик, дал одну из первых научных классификаций в области органической химии.}. делал опыты».
Революционно-демократическое движение шестидесятых годов и мощное развитие естествознания захватили и Энгельгардта. Он был типичным шестидесятником. В 1859 году он совместно с известным химиком Н. Н. Соколовым (1826–1877) основывает первый в России «Химический журнал», где выступает в качестве талантливого популяризатора и горячего приверженца нового научного мировоззрения. Слишком радикальный тон статей в журнале привел к тому, что в 1861 году его издание было прекращено «по независящим обстоятельствам». Незадолго перед этим Энгельгардт подвергся аресту за распространение листовки «К молодежи». В результате всего этого молодой ученый был «скомпрометирован», и ему пришлось «уволиться» из арсенала.
Энгельгардт, продолжая свою деятельность по популяризации естественнонаучных знаний, отдается с присущей ему энергией научной работе сначала в своей собственной небольшой лаборатории, а затем в лаборатории Петербургского земледельческого института, куда он был приглашен в 1866 году в качестве профессора химии. Здесь и состоялось его знакомство с Костычевым, перешедшее затем в долголетнюю тесную дружбу.
В 1866 году, еще до приезда Костычева в Петербург, Энгельгардт получил командировку в Смоленскую, Курскую, Орловскую и Воронежскую губернии для исследования имевшихся там залежей фосфоритов, которые, по мысли ученого, должны были явиться ценным сырьем для приготовления фосфорных удобрений.
В октябре 1866 года профессор вернулся из своей поездки. В институте только и было разговоров: едет Энгельгардт. Студенты второго курса, считавшие себя уже «старожилами», наперебой хвалили профессора, рассказывали об его огромных познаниях, умении изложить самый трудный научный вопрос с предельной простотой и ясностью. Особенно же поражали студентов демократизм Энгельгардта и его необычайная смелость.
Поэтому неудивительно, что в час ожидаемого прибытия такого замечательного профессора в парке перед зданием собралось множество студентов-новичков: им хотелось посмотреть на Энгельгардта. Профессор что-то задерживался, но, наконец, в широкой аллее, ведущей к главному корпусу института, показалась извозчичья пролетка. Она двигалась тихо. За ней следовало несколько возов, нагруженных мешками и ящиками. Оказывается, Энгельгардт привез из своей экспедиции огромную коллекцию образцов русского фосфорита из разных мест, а также и других интересных вещей: окаменелостей раковин, зубов акул, позвонков ихтиозавра, кусков окаменелого дерева. Коллекция эта, по словам самого Энгельгардта, весила сто пудов.
Энгельгардт вышел из экипажа, поднялся на крыльцо, с улыбкой посмотрел на толпившихся вокруг студентов и сказал:
— Мне нужно вот эти сто пудов камней в лабораторию перетащить. Найдутся охотники?
Охотников оказалось больше, чем нужно. Закипела дружная работа. Не прошло и получаса, как все ящики и мешки были аккуратно сложены в коридоре у дверей химической лаборатории. Костычев принимал деятельное участие в перетаскивании коллекций, и его, так же как и других студентов, Энгельгардт поблагодарил дружеским рукопожатием и пригласил заходить в химическую лабораторию.
Химическая лаборатория! Работа в ней — давняя мечта Костычева. Но когда он на следующий день, помня любезное приглашение профессора, зашел к нему, то увидел, что никакой химической лаборатории в институте нет. И действительно, в наследство от закрытого Лесного института новому учебному заведению досталась не лаборатория, а небольшая комната с одним столом, старыми весами без разновесов и несколькими стеклянными банками.