Всего в ходе эвакуации этого порта адмиралу Бурхарди удалось вывезти 38 000 военнослужащих, более 13 000 раненых, 20 500 гражданских и 930 военнопленных.
Генерал-майор Герок силами своих войск прикрывал эту операцию, обороняя подходы к порту.
Эвакуация Таллина продолжалась до 23 сентября, когда последние германские солдаты покинули этот балтийский порт.
Большой конвой из четырех пароходов, госпитального судна и миноносцев конвоя Т-20, Т-13, Т-17 и Т-19 увозил 9000 солдат. На переходе он дважды подвергся сильным ударам советских бомбардировщиков и штурмовых авиаэскадрилий. Все это время миноносец Т-23 крейсировал на рейде Таллина, прикрывая своими зенитками отход каравана. Вывезенные из Эстляндии войска частью были доставлены на острова в Рижском заливе, где им вскоре пришлось вступить в ожесточенные бои с наступающими русскими. Другая часть этих войск высадилась в Вентспилсе и Лиепае и осталась в Курляндии, тогда как третьему контингенту в недалеком будущем пришлось оборонять Восточную Пруссию.
15 сентября 1944 года советская армия начала наступление в Прибалтике. Днем позднее немецкие войска получили приказ об оставлении Прибалтики. После того как русские овладели Таллином и его портом, все морские базы флота на Балтийском море оказались в руках врага, что исключило возможность держать русский флот запертым на акватории Финского залива. Перед ним теперь был открыт путь на просторы Балтийского моря. Лишь балтийские острова Хийумаа, Муху и Сааремаа преграждали советскому флоту дорогу в Рижский залив.
В период с 9 по 24 сентября на Сааремаа были развернуты силы 23-й пехотной дивизии, 530-го артиллерийского дивизиона морской пехоты, 239-го зенитного дивизиона морской пехоты, 202-й стрелковой бригады и некоторые другие подразделения. В их числе был также и вполне боеспособный батальон 23-й стрелковой дивизии, который был переброшен на остров Хийумаа вместе с двумя артиллерийскими батареями. Поскольку жившие на острове Сааремаа эстонцы непременно желали поднять свои национальные флаги, это послужило причиной незначительных столкновений с германскими частями, которые быстро были улажены.
25 сентября был оставлен остров Вормси, и уже утром следующего дня артиллерийская батарея русских открыла огонь с небольшой косы по пристани и улицам селения Куйвасту. Эвакуация гражданского населения была завершена 27 сентября.
На рассвете 29 сентября русские начали пехотную атаку, предварив ее массированным воздушным налетом на порт Кингисепп. Около 18.00 этого же дня они высадились на острове Муху. Стоявшие там гарнизоном ослабленные германские части с боями отошли и переправились на остров Сааремаа. Дамба, связывавшая оба острова, была взорвана, чтобы затруднить противнику переправу. На Сааремаа 1 и 2 октября переправились также основные силы 218-й пехотной дивизии.
Штурмовые группы русских, поддержанные с воздуха штурмовиками Ил-2, высадились на острове Хийумаа во второй половине дня 2 октября. В южной части острова разгорелась ожесточенная рукопашная схватка. На следующий день германские части оставили также и остров Хийумаа. До 15.00 удерживался только небольшой плацдарм у селения Сыру. Это дало возможность десантным судам и торпедным катерам переправить большую часть расквартированных на Хийумаа частей с их снаряжением на Сааремаа, где тем временем заняли оборонительные позиции артиллерийские батареи 531-й и 532-й бригад морской пехоты.
Когда утром 4 октября отборные части русских предприняли попытку нанести удар с острова Муху на остров Сааремаа, они были остановлены огнем обеих артиллерийских батарей и уничтожены в последующей рукопашной. Рано утром 5 октября части 8-го эстонского стрелкового корпуса под командованием генерала Пярна высадились на северном побережье острова, быстро прорвали полосу обороны и заняли плацдарм, на который в течение того же дня десантировались советские танковые части.
6 октября эти силы перешли в наступление. В тучах пыли, поднятой танками, за ними продвигались пехотинцы. По наступающим открыла огонь германская артиллерия. Прямой наводкой было уничтожено семь танков. Однако основные силы русской ударной группы все же прорвали германскую оборону у Кыйзусте и развили свой успех в направлении на Курессааре, который на следующий день тоже пришлось оставить.
Массированный удар русской авиации по небольшой гавани Мынту, через которую еще оставалась возможность эвакуировать германские войска, превратил весь район гавани в пустыню и потопил несколько небольших судов, которые еще стояли у пирса.