Весною 1881 года Софья Васильевна уехала с дочерью в Берлин. Владимир Онуфриевич проводил их на вокзал и сам тотчас же уехал в Одессу к брату. Вернувшись осенью в Москву, он заболел и лежал один в снятой им комнате. Некому было ухаживать за больным, подать ему лекарство. Не желая огорчать жену, Ковалевский писал ей, что все в порядке, с огромными усилиями добывал деньги для отсылки ей. Жена отвечала ему холодно, писала, главным образом, о себе. «Очевидно мне необходимо жить одной и развивать в себе те признаки женщины с твердой волей, которых к сожалению так недостает мне, — читаем в одном ее письме. — Теперь я опять пришла в себя и во мне опять проснулась решимость и самостоятельность… Ты пишешь совершенно справедливо, что ни одна еще женщина ничего не совершила, но ведь в виду этого мне и необходимо, благо есть еще и энергия, да и материальные средства с грехом пополам, поставить себе в такую обстановку, где бы я могла показать, могу ли я что-нибудь совершить, или умишка на то не хватает Ты человек настолько энергичный и талантливый, по самому твоему темпераменту, я же, наоборот, такая олицетворенная пассивность и инерция, что живя с тобой я невольно начинаю жить только твоей жизнью становлюсь «примерная жена и добродетельная мать» а о том, чтобы самой что-нибудь совершить, совершенно забываю».
Живя в Берлине, Софья Васильевна усердно работала, и Вейерштрасс говорил, что ее новый труд будет принадлежать к самым интересным работам десятилетия. Поэтому она просила Владимира Онуфриевича не быть слишком нетерпеливым и не ждать от нее таких скорых результатов, какие он сам имеет в своих научных работах: «дай мне пожить и поработать так, как это сообразно с моей природой, — т. е. не торопясь и исподволь»
И обещает «вернуться на зиму домой», если Владимир Онуфриевич этого захочет.
Совершенно выбитый из нормальной колеи, Ковалевский метался от одного проекта разбогатеть к другому и не замечал, что шайка, дельцов расставляет ему ловушки, втягивает его в дело откровенно уголовного свойства.
Брат убеждал В. О. Ковалевского не пренебрегать университетом, напоминал о необходимости готовить докторскую диссертацию. Владимир Онуфриевич был утвержден доцентом с января 1881 года, а лекции начал не раньше осени, стараясь взять минимальное количество их, чтобы не пострадали нефтяные дела. Когда же рагозинские аферы подошли к концу, В. О. Ковалевский был совсем непригоден для университетских занятий: от его московской профессорской деятельности не получили ничего ни наука, ни сам Владимир Онуфриевич, ни студенты, несмотря на то, что исследователь он был гениальный, ученый глубокий и лектор блестящий.
Бывший в начале 80-х годов студентом Московского университета, а впоследствии профессором зоологии, В. Н. Львов рассказывал, что Владимир Онуфриевич «заставлял своих слушателей подолгу ожидать начала лекций. Однажды, после такого опоздания он входит в аудиторию в пальто, со шляпой подмышкой и с каким-то предметом в руках: оказывается, его задержала на улице убитая ворона, крыло которой он принес с собой. С этим крылом он входит на кафедру и произносит блестящую импровизацию о развитии способности летать у позвоночных».
Какие могли быть лекции, когда надвигалась уголовная ответственность по делам Рагозиных, которые все валили на Ковалевского. Сообщая об этом брату, он пишет: «Конечно, я делаю всякие усилия, чтобы не поддаваться горю, и сегодня начал читать свои лекции». Но в письме от 25 ноября — иное: «Все пойдет с публичного торга. Сегодня была лекция, я шел на нее точно на пытку, до такой степени я глупо ослаб, но по счастью прошла хорошо…»
В зимние каникулы Владимир Онуфриевич поехал отдохнуть в Одессу. Оттуда он писал Ю. В. Лермонтовой, 4 января 1883 года, как человек, решивший расстаться с жизнью: «Очень и очень виноват перед вами, что не написал тотчас после приезда, все думал, не совершится ли какая-нибудь перемена к лучшему, но все остается так же мрачно, как и прежде. Конечно, живя в семье (брата), я успокоился и позабыл несколько те тяжелые обстоятельства, которые висят надо мною, но совсем их не выкинешь, и они висят грозной тучей… Мне просто больно и страшно смотреть на Фуфу и думать о будущем; что-то с нею будет и как устроится ее воспитание? Я здесь сидел и писал лекции для Москвы, но дело совсем не спорится и здесь».
Вернувшись в начале 1883 года в Москву, Владимир Онуфриевич писал брату в том же духе полного отчаяния и о своих делах, и о положении Софьи Васильевны, которая материально нуждалась. «Страшно, то, что я бессилен помочь, хотя это моя прямая обязанность. Безумие построек — начало гибели, а поганое товарищество довершило… Удар страшен. Грозная туча товарищества все висит над нами, и мы не знаем, как она разразится; мне всего тяжелее, так как за мною большой долг».
Последнее письмо Владимира Онуфриевича к А. О. Ковалевскому от 15 апреля написано в последний день его жизни. Он пишет о решении закончить диссертацию на степень доктора; сообщает о записке для судебных властей с объяснением своих действий в предприятиях Рагозиных; говорит о «длинной цепи безумных поступков в своей жизни», о том, что изложение дела «выходит страшно трудно и надо сказать — дурно для меня; когда, видишь все черным по белому, тогда совсем другое, чем в снисходительном к своим поступкам воображении». Старается убедить брата, что хочет жить, хотя давно решил умереть. Еще 1 февраля, в неотосланном, письме, он просил Александра Онуфриевича: «Напиши Софе, что моя всегдашняя мысль была о ней и о том, как я много виноват перед ней, и как я испортил ее жизнь».
16 апреля 1883 года пристав 3 участка Тверской части в Москве сообщил ректору университета, что «проживавший в меблированных комнатах доцент титулярный советник В. О. Ковалевский ночью на сие число отравился». Смерть человека, имевшего маленький чин, прошла в газетах незаметно. Только через четыре дня в «Московских ведомостях» была напечатана мелким шрифтом, затерявшаяся среди обширных сообщений о коронации Александра III и отчетов о деле 17 народовольцев, заметка о том, что Ковалевский был найден «на диване одетый, без признаков жизни; на голове у него был надет гуттаперчевый мешок, стянутый под подбородком тесемкой, закрывавший всю переднюю часть лица. Против носа в мешке сделано отверстие, в которое вставлена шейка стеклянной банки, обвязанной по краям; в банке лежало несколько кусков губки, пропитанной, по-видимому, хлороформом, который покойный, вероятно, вдыхал». Суворин перепечатал эту заметку в «Новом времени» со своими лицемерными рассуждениями о том, что Ковалевский умер, как древний мудрец.
18 апреля полицейский пристав сообщил ректору университета, что труп В. О. Ковалевского «будет доставлен в анатомический покой для вскрытия». Гениального ученого похоронила полиция, как бездомного и безвестного бедняка.
Софья Васильевна жила тогда в Париже. Получив известие о самоубийстве мужа, она впала в отчаяние и хотела уморить себя голодом. Она не допускала к себе врача и на пятый день лишилась сознания. Этим обстоятельством воспользовался врач, насильно открыл ей рот и ввел таким способом в организм немного жидкой пищи. После этого больная уснула.
Продолжительной болезнью вызвана была задержка Софьи Васильевны в Париже в то время, как ее ждали в России. В конце лета она приехала в Москву, откуда писала А. О. Ковалевскому о своих усилиях снять с памяти мужа пятно, наложенное на него участием в делах Рагозиных: «Я так страшно засуетилась это время, что решительно не находила минутки свободной написать вам. Вчера мне удалось достать у судебного следователя все частные бумаги Владимира Онуфриевича. Письмо к Ал. Ив. Языкову от 15-го апреля мне не выдали, но только дали прочитать. Вот приблизительно его содержание: «Дорогой друг и товарищ, Алекс. Ив., я прошу тебя хоть несколько очистить мою честь обнародованием этой записки. Главною причиной моего конца — расстроенные дела, особенно дело Рагозина, но я перед смертью заявляю, что в течение всего моего директорства не сделал ничего сознательно недобросовестного; моя вина состояла лишь в том, что я, полагаясь на успех дела, неосторожно покупал паи, занимая деньги на это у родных и знакомых, а частью в кассе самого товарищества». Софья Васильевна доказала следователю, что Владимир Онуфриевич действовал в рагозинских спекуляциях добросовестно заблуждаясь и не извлекая ни для себя, ни для семьи никакой материальной выгоды.