На девятый год царствования Седекии Иудея, поддержанная Египтом, восстала против Вавилона. К ним присоединились также небольшие сирийские царства и Финикия. Узнав о восстании, Навуходоносор пришел в ярость. Быстро собрав большую армию, он выступил в карательный поход. Благодаря энергичным действиям вавилоняне не дали союзникам времени соединиться и разгромили их поодиночке. Сирия и Финикия не смогли противостоять вавилонянам и, потерпев поражение, вышли из игры. Вавилонские войска вторглись в Иудею, захватывая на своем пути укрепленные города. Многие жители при приближении неприятеля бежали к Иерусалиму. Столица была хорошо укреплена и подготовлена к осаде. Седекия намерен был продержаться до подхода египтян.
Зимой, в начале 587 г. до н. э., армия Навуходоносора подошла к Иерусалиму. Попытка с ходу взять город штурмом не удалась. Вавилоняне обложили город и в местах, пригодных для штурма, принялись насыпать валы для обстрела осажденных. Иудеи защищались храбро. Чтобы увеличить число воинов, Седекия велел освободить всех рабов еврейского происхождения. Целый год вавилоняне безуспешно пытались взять город.
К этому времени долго сомневавшийся египетский фараон, воодушевленный продолжительным сопротивлением Иерусалима, выступил с большой армией против Навуходоносора. Сняв осаду, Навуходоносор направился навстречу египтянам и в сражении разбил их. Принудив фараона к миру, он через месяц возвратился и вновь осадил Иерусалим. Промелькнувшая у иудеев надежда на спасение оказалась призрачной. Вновь начавшиеся приступы халдеев становились все опаснее. Пророк Иеремия не переставал твердить перед народом, что город погибнет, если добровольно не покорится. Его деморализующие призывы подрывали силы осажденных. Вскоре в городе истощились запасы хлеба, начался голод.
После долгой осады войска вавилонян, проломив стену, приготовились штурмовать Сион. К этому времени тысячи евреев погибли в попытках спасти город. Еще больше людей умерло от голода и болезней. Участь Иерусалима была решена. Осадные насыпи вавилонян уже возвышались над городскими стенами, и все прилегающее пространство было засыпано стрелами. Перед самым падением города среди ближайшего окружения царя и первосвященника был пущен ложный слух, что Ковчег вывезен из Иерусалима и спрятан за его пределами. Иеремия через своих людей быстро узнал об этом.
Когда обреченный город из последних сил оказывал сопротивление, пророк решил бежать из города к Навуходоносору с информацией о Ковчеге, но был задержан и на вполне законных основаниях обвинен в предательстве. По распоряжению начальника стражи Иерии его арестовали и бросили в тюрьму. Однако царь, опасаясь, что там он умрет от голода, распорядился перевести Иеремию во дворец под охрану дворцовой стражи. Надо было сберечь для противника «информацию», которой владел пророк. Уже находясь под арестом, Иеремия очень выгодно приобрел для себя часть земли в Анафофе (Иер. 32: 1–15). В то время как люди, понимая, что все пропало, продавали за бесценок нажитое поколениями, пророк полагал хорошо устроиться при вавилонянах.
Накануне решающего штурма, а возможно, и много раньше, первосвященник с помощниками перенесли Ковчег Завета в новое подготовленное убежище. Туда же перенесли стол для хлебов, светильник и алтарь. Все ведущие к ним ходы были заложены и тщательно замаскированы. Кроме первосвященника в эту тайну были посвящены его помощники. Сколько их было – неизвестно, но, как можно предположить, человека три-четыре. Им были даны указания, когда и кому можно доверить эту тайну, после чего они скрытно покинули осажденный Иерусалим.
Вскоре начался последний штурм Иерусалима. Вавилонская армия ворвалась в город, и началась резня. Понимая, что дальнейшее сопротивление бесполезно, Седекия со своими сыновьями, приближенными и небольшим отрядом воинов ночью бежал из города. Путь его лежал на восток. Но близ Иерихона их настигла вавилонская конница. Седекию и его сыновей отвезли в сирийский город Рама (Рам), где находился Навуходоносор. Вавилонский царь жестоко расправился с ними. На глазах Седекии он сначала приказал казнить его сыновей, а затем велел выколоть царю глаза. Ослепленный Седекия был закован в цепи и отправлен в Вавилон.