Немирич выхлопотал себе звание подкомория киевского — высокий судейский чин в польско-литовском государстве; но получение его связано было с обязанностью принять католичество. Тогда Немирич принес потешную присягу на житомирском сеймике, в большинстве состоявшем из тех же антитринитариев, и на вопрос, не гнушается ли социнианин клясться враждебным для него именем Троицы, лихо ответствовал на все собрание, что ради своей цели охотно готов присягнуть не только что «тройкой», но и «четвёркой».
Потом, правда, ему довольно долго пришлось улаживать склоку, поднятую из-за игривого святотатства католическими недругами; но благодаря деньгам и знакомствам удалось-таки подкупить киевского бискупа, который, рассмотрев направленное против почитания Троицы сочинение Немирича — по словам противников, «скрипт блюзнерства страшливого, противно Пану Богу пелный», — решил, что писан он с единственною целью узнать: чем же могут быть опровергнуты римскими богословами подобные еретические заблуждения. В 1646 году другой приговор суда по новому делу о поддержке Немиричем сектантства был не столь для него удачен: в нём содержалось приказание закрыть в своих имениях арианские общины и выплатить штраф в десять тысяч червонцев; впрочем, в смутной обстановке казацких войн могущественный пан не торопился его исполнять. В 1647-м он принял на службу сына Андрея Вишоватого Венедикта.
Но уже в следующем году Немиричу пришлось бежать от войска Хмельницкого с Черниговщины, покинув тамошние свои маетности, в коренную Польшу. Однако здешний сейм также принял его весьма дурно: католические депутаты подняли крик, что если уж можно ещё кое-как терпеть протестантов, худо-бедно обладающих понятием о Всесвятой Троице, — то «безбожников, подобных пану Немиричу», переносить в своей среде нет никакой способности.
Тем временем Хмельницкий, разбивши польское ополчение под Пилявою, осенью 1648-го двинулся ко Львову и занялся осадой Замостья. Немирич воспользовался его уходом с Волыни и вместе с другими южнорусскими дворянами возвратился в свои имения в этом крае. Здесь он собрал собственный отряд как бы для защиты от казаков, но на самом деле, припомня недавние обиды, полученные в Варшаве, совершил попытку переметнуться к общим по крови повстанцам, отправясь тайком через Полесье под Збараж, где и встретился с гетманом Хмелем.
Обстоятельства этого свидания таинственны; мало того, прямых доказательств о самой его доподлинности не существует. Однако, по косвенным свидетельствам, Немирич как будто передал Хмельницкому просьбу от тогдашнего королевича Яна Казимира — того самого, который, сделавшись всё-таки королем, разбил гетмана под Берестечком, — содействовать его избранию на польский престол, в обмен на что обещал в случае удачи удовлетворить требования казаков о самоуправлении. Ходили также слухи, что сойдясь с будущим преемником Богдана на гетманстве, а покуда генеральным писарем Иваном Выговским (знакомство это впоследствии перешло в тесный союз), Юрий Немирич убеждал колеблющегося предводителя восстания не порывать окончательно с Польшей. Толки об этих переговорах донеслись до самой Москвы — гонец Кунаков сообщал туда, что Немирич получил звание полковника и сделался даже у Хмеля «наивысшим писарем».
Но до поры арианин-магнат предпочел возвратиться в привычный польский стан. В марте 1649-го он состоял уже генеральным полковником, избранным киевской шляхтой для усмирения казацких бунтов и защиты панских имений. Немного спустя дворянство обратилось к королю с ходатайством о награде и возмещении убытков Немиричу, «который всегда с великой похвалой выступал на защиту отечества и много потратил на то из своего состояния». И в самый разгар междоусобия, в 1653 году Немирич сыскал время для издания отдельной книжкой своих сочиненных на польском социнианских песен и молитв.
В 1655 году союзная Хмельницкому Швеция вторглась в самую глубь Великой и Малой Польши, заняла обе столицы королевства — и тут-то обрадованные протестанты всех мастей поспешили толпами передаться под власть шведского короля-единоверца Карла X. Вместе с братом Стефаном, перенявшим теперь от Юрия должность киевского подкомория, а также родственником и приятелем Александром Чапличем перебежал и Немирич. Одновременно он выполнял кое-какие задания Хмельницкого, осуществляя посольскую связь между гетманом и владетелями Швеции, а также Трансильвании. В январе 1657-го Немирич с венграми семиградского князя Ракочи разорял шляхетские гнезда. По его поручению он принялся было убеждать сдаться воеводу Заморского в Замостье, на что получил убийственный ответ: «Не пиши ко мне, пока не омыл своей измены более благородным делом: я стыжусь иметь сношения с гадинами, терзающими внутренность своего отечества». После неудачи этого похода Немирич распростился в Варшаве со шведским королем и снова пристал к казакам, теперь уже возглавляемым после кончины Богдана и отречения от булавы молодого его сына Юрия давним приятелем Выговским.