Ещё в самом начале нового гетманства московское правительство спрашивало у украинских послов: «Кто у них в войску лютор Юрья Немирич, и для чего гетман подавал ему городы: Кременчук, Переволочио, Кишеньку, Кобеляк, Белики, Санжаров, и сколь давно ему гетман те городы дал, и для чего люторов в войску держит?» Посланцы Выговского говорили в ответ, что-де «лютор Юрья Немирич пришел в войско ещё при небожщике при прежнем гетмане Богдане Хмельницком, а нынешний гетман ему тех городов не давывал, а называл он те городы прежними своими изданными маетностями и хотел о тех городах бити челом великому государю». Рассмотрев сие дело, из Москвы прозорливо указали: «Гетману того лютора в войску не держать, и говорить, чтоб он его выслал…»
Однако в неблизкой Великороссии покуда ещё не догадывались, что и сам Иван Выговский, вкупе с ближним своим советчиком Немиричем, сделался уже душою самостийной партии, поведшей дело к разрыву решенного на Переяславской раде воссоединения Руси.
Юрий Немирич состоял довереннейшим лицом при зрадливом гетмане в самую острую пору скрытого отхода от Москвы — ему поручалось принимать царских послов и вести с ними переговоры, в ходе которых он во всем блеске показывал свое европейское обхождение, даже подымая здравицы в честь государя Алексея Михайловича. Когда же война с московитами началась в открытую, Немирич возглавил отряд, действовавший против войска воеводы Ромодановского, разбил стрелецкую конницу, осаждал русских в Лохвице, покуда сам Выговский был занят расправою с той частью казаков, которая осталась верна принесенной Хмельницким клятве.
Наиболее полным выражением чаяний противников единства России в казацком стане стал заключенный в 1658 году в Гадяче договор с Польшей, составленный лично Немиричем. По нему Малороссия вновь примыкала к Речи Посполитой на правах самобытного государства под названием «Великого Княжества Русского», со своим верховным трибуналом, сановниками, казначейством, монетой и войском. Предполагалось создать в нем две академии — одну в Киеве, другую в неназванном пока месте, где это впоследствии окажется удобным, а также множество школ со свободным преподаванием и совершенно вольное книгопечатание. Стремясь привлечь сочувствие казачества, Немирич предусмотрел в соглашении полное упразднение унии в новом государстве; для соблюдения внешних приличий он как будто бы тоже вернулся в отеческое православие, составив обращение к прочим польским «диссидентам» — то есть буквально «раскольникам», как именовались в Польше все некатолики от русских до кальвинистов и антитринитариев, за исключением придерживавшихся отъявленно нехристианских исповеданий, — последовать его примеру. Но вместе с тем чрезвычайно показательно, что и в Гадяче, и на последовавшем для утверждения договора польском сейме Немирича сопровождал его давний товарищ по секте, владелец Киселина Александр Чаплич…
Весной следующего, 1659 года Немирич с двумя сотнями значных казаков прибыл в Варшаву. В сенатской зале, где посреди старейшин восседал сам король, он выступил вперед и произнес на изысканной латыни велеречивое слово:
«Мы являемся в настоящий день перед престолом его королевского величества, перед собранием всей Речи Посполитой послами светлейшего и благороднейшего гетмана всего войска Запорожского и вместе с тем целого русского парода — признать пред лицом всего мира, пред грядущими веками его величество повелителем нашей свободы, Речь Посполитую и корону польскую нашею отчизною и матерью. Держава вашего величества во всем свете славится свободою и подобна Царствию Божию, где как огненным духам, так и человеческому роду даются божеские и человеческие законы, с сохранением их свободной воли без малейшего нарушения, на все времена от сотворения мира. Пусть другие государства и державы славятся своим тёплым климатом, обилием земных богатств, избытком золота, драгоценных перлов и камней, роскошью жизни; пусть красуются перед целым светом, подобно дорогим камням, оправленным в золотые перстни, — их пароды не знают истинной свободы: забывая, что одарены от Бога свободною волею, они живут как будто в золотой клетке и должны оставаться рабами чужого произвола и желания. В целом свете нельзя найти такой свободы, как в польской короне. Именно сия неоценимая, несравненная свобода и ничто иное привлекает нас теперь к соединению с вами: мы рождены свободными, в свободе воспитались и свободно обращаемся к равной свободе. За неё, за честь достоинства вашего величества, за благосостояние всеобщего отечества, готовы положить жизнь нашу. На ней да созиждется наше неразрывное единство, как и на сходстве религии, жизни и прав наших народов; свобода и братское равенство да будут основою нашего соединения для потомков наших.