У верхньому ярусі гір вічні сніги та льодовики займають приблизно 4 % території країни, що становить близько 8 тис. км2. Це значно більше площі льодовиків Кавказу й Альп, разом узятих. У льодовиках зберігається така величезна кількість прісної води, що на площі, рівній площі республіки, вони могли б утворити триметровий шар води. Снігова лінія на хребтах розташовується на висотах близько 3-4,5 км. Найбільшими льодовиками Киргизстану є Південний Інильчек довжиною 59,5 км та Північний Інильчек довжиною 38,2 км, вони ще мають кілька льодовиків-приток.
Крім того, гірська система Тянь-Шань багата на водні ресурси і є основним постачальником вологи для навколишніх рівнин. Великі річки - Чу, Нарин та Талас - беруть початок у високогір’ях. Чу протікає на півночі країни, вона є ніби кордоном між Киргизстаном та Казахстаном завдовжки 145 км.
У межах Киргизстану нараховується понад 3000 озер, у тому числі мальовниче озеро Іссик-Куль - одне з найбільш глибоких у світі. Його максимальна глибина 668 м. Озеро здається величезним дзеркалом, що здатне охопити всю велич гір, відбитих у ньому. У перекладі з киргизької Іссик-Куль означає «гаряче озеро», чи з давньотюркської - «священне, заповідне озеро». А за красою воно таке чарівне, що місцеве населення називає його «Перлиною Киргизстану».
Країна має континентальний клімат. Але західні та північні схили гір одержують велику кількість опадів. Вона збільшується з висотою до 5000 м. На великих висотах волога випадає у вигляді снігу, до речі, тут навіть улітку можливі заморозки. Середні температури січня коливаються від -2° до -8 °C в долинах та від -8° до -20 °C в горах. Іноді у високогір’ях середня січнева температура становить близько - 28 °C. Літо жарке та сухе, із середніми температурами липня в долинах від +20° до +27 °C, у середньогір’ях від +15° до +17 °C, а у високогір’ях +5 °C та нижче.
Флора Киргизстану дуже розмаїта. На території країни вона представлена різними видами рослинності: центральноазіатські, індогімалайські, північні та передньоазіатські й, звичайно, тянь-шань-алайські. Для Тянь-Шаню характерна наявність лісового поясу тяньшанської ялини, який вище переходить у субальпійські луки. У північній гірській місцевості Ферганської долини збереглися горіхові ліси. У високогір’ях поширені луки, на яких протягом багатьох років влітку пасли овець. На найвищих рівнях рельєфу багато кам’яних розсипів. Трав’янисті рослини там украй нечисленні, звичайні мохи та лишайники. У передгір’ях поширені пустелі, напівпустелі та сухі степи, на зміну яким вище приходить чагарникова рослинність та рідколісся.
Гірське озеро Саричелек
У високогір’ях живуть гірський козел теке, гірський баран архар, барс, кам’яна куниця, червоний вовк, сірий та червоний гірські бабаки. У лісовому гірському поясі мешкають косулі, вовки, горностаї, кабани, рисі, бурі ведмеді, лисиці, куниці. Для степових районів характерні численні види гризунів, у тому числі жовтий ховрашок, великий тушканчик, різні плазуни, з копитних - джейран, із птахів - куріпки, дрохва та ін. Деякі тварини Киргизстану (сніжний барс, бабак Мензбира, джейран, червоний вовк, сірий варан) занесені в Червону книгу Міжнародного союзу охорони природи.
Територія Киргизстану, як і вся Середня Азія, є одним з найдавніших осередків людської цивілізації. Найдавніші сліди діяльності людини тут виявлені в Центральному Тянь-Шані (біля озера Іссик-Куль) та у Ферганській долині і належать до палеоліту. Палеолітичні знаряддя були знайдені також на півдні, у районі Капчигая. Перша письмова згадка про Киргизстан належить до 569 року. В ній повідомляється, що візантійський посол одержав у подарунок раба-киргиза. В околицях Бішкека та Нарина були виявлені неолітичні поселення. В печерах у долині р. Сари-Джаз знайдені наскельні зображення тварин. Племена, що жили тут у V-III тис. до н. е., виготовляли кам’яні знаряддя, глиняний посуд, користалися луком та стрілами. Саме в ті часи людина почала займатися скотарством та землеробством. Найдавніші відомості щодо території сучасного Киргизстану містяться в «Авесті», священному каноні та творах Геродота. У перських джерелах племена називалися саками, а в грецьких - азіатськими скіфами.
У передгір’ях Тянь-Шаню
На території республіки знаходиться понад п’ять тисяч історико-культурних пам’яток. Ці безцінні свідчення культури давніх часів мають величезне пізнавальне значення. Серед них - печерні стоянки первісної людини й унікальні рунічні написи на валунах, дивні наскельні малюнки та кам’яні статуї, залишки античних поселень та середньовічні фортеці, що вражають уяву сучасників своєю раціональністю та неприступністю. Пізніше, у бронзовому віці, все частіше використовувалися знаряддя з бронзи, а потім - з міді. У різних районах Киргизстану відлюдно жили групи хліборобів та скотарів. Киргизстанські племена згадуються як союзники тюрків в їхніх походах проти уйгурів у VIII-IX ст. На початку XIII ст. Киргизстан був скорений монголами і лише в 1399 р. знову здобув незалежність. Протягом кількох століть він підпадав під владу сусідніх народів. У середині XVIII ст. у Киргизстані сформувалися певні родоплемінні відносини, що збереглися до XX століття.