Следствие по делу арестованных в Москве участников «Союза защиты» дало в руки ВЧК нити, позволившие проникнуть в казанскую организацию. Вырезанный из визитной карточки треугольник оказался, как это показал на допросе Пинкус, паролем для связи с заговорщиками в Казани. В ходе следствия были выявлены явки казанских контрреволюционеров. ВЧК направила туда группу чекистов, выдававших себя за офицеров – участников московского заговора. Им удалось успешно внедриться в местное отделение «Союза защиты» и с помощью Казанской ЧК ликвидировать его. Одновременно была раскрыта и разгромлена монархическая организация генерала И. И. Попова, созданная по распоряжению генерала М. В. Алексеева. Она насчитывала свыше 450 человек (см. показания Попова, т. 1, с. 101). Чекисты изъяли у заговорщиков свыше 500 винтовок и много другого оружия.
В «Красной книге ВЧК» опубликовано много документов о белогвардейском мятеже в Муроме – воззвания «Союза защиты» к жителям города, протоколы допросов свидетелей и арестованных участников восстания, постановление следственной комиссии Владимирского губревтрибунала о предании мятежников суду, а также приговор ревтрибунала.
Материалы книги подробно отражают белогвардейское восстание в Ярославле. На рассвете 6 июля вооруженные отряды мятежников обезоружили милицию, захватили здание Совета, банк, почту и телеграф и другие важные пункты города. В руки белогвардейцев попали списки и адреса партийных и советских работников. Начались аресты, расстрелы. Председателя исполкома городского Совета Д. С. Закгейма бандиты вызвали из дому во двор и застрелили, а затем еще прокололи штыком. Тело убитого выволокли за ворота и выбросили. Труп несколько дней валялся на улице. Окружного военного комиссара С. М. Нахимсона захватили в номере гостиницы, где он жил, отвели в 1-й участок милиции и расстреляли разрывными нулями. Тело расстрелянного положили на телегу и возили по улицам «для обозрения и удовольствия всей белогвардейской своры» (т. 1, с. 163). Мятежники убили бывшего председателя губисполкома Доброхотова, губернского военного комиссара левого эсера Душина, комиссара труда Работнова, большевика-парламентера Суворова и многих других.
Во главе восстания встал полковник Перхуров, объявивший себя «главноначальствующим Ярославской губернии» и «командующим группой войск Северной Добровольческой армии». Он издал приказ, которым отменял все законы, декреты, постановления и распоряжения Советской власти, упразднял ее учреждения на территории губернии, восстанавливал царские судебные органы, институт волостных старшин, уездную и городскую стражу, осуществлявшую полицейские функции.
На подавление мятежа были направлены боевые отряды из Москвы, Иваново-Вознесенска, Вологды, Костромы, Петрограда, Рыбинска. Ярославль был окружен. Две недели шла борьба с мятежниками. Город обстреливался артиллерией. Начались пожары. Перхуров, увидев бесполезность дальнейшего сопротивления, бежал. Оставшиеся члены штаба восставших, чтобы спасти свою жизнь, решили «сдаться» немецким военнопленным, находившимся в Ярославле. Председатель германской комиссии военнопленных лейтенант Балк 21 июля принял «капитуляцию». Командование советских войск потребовало от немцев выдачи мятежников и возвращения взятого у них оружия. Балк вынужден был выполнить это требование. 22 июля восстание в Ярославле было полностью подавлено. «Союз защиты родины и свободы» прекратил свое существование.
Разгром «Союза защиты» сорвал планы белогвардейцев и англо-французских империалистов, рассчитанные на свержение Советской власти путем организации восстания одновременно в Москве и в городах Поволжья, приуроченного к мятежу Чехословацкого корпуса и началу интервенции союзников на Севере. Операция по ликвидации «Союза», несмотря на некоторые ее изъяны, показала возросшее мастерство ВЧК. Если до этого она боролась главным образом с бандитизмом, спекуляцией, выявляла небольшие группы контрреволюционеров, то теперь успешно справилась с раскрытием крупной, глубоко законспирированной военно-заговорщической организации.