Некоторые руководители и наиболее активные участники «Союза защиты» по постановлению ВЧК были расстреляны. Суровую кару понесли и ярославские мятежники.
Б. В. Савинков вскоре бежал в Польшу. В эмиграции он организовал так называемый «Народный союз защиты родины и свободы», развернувший широкую разведывательно-диверсионную работу против Советского государства. В августе 1924 года ОГПУ в результате тщательно подготовленной операции удалось заманить его на территорию СССР и арестовать. На суде он признал свои преступления. Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила Савинкова к расстрелу, замененному Президиумом ЦИК СССР лишением свободына 10 лет. В мае 1925 года, находясь в тюрьме, Савинков покончил жизнь самоубийством.
Н. С. Григорьев был убит в 1919 году колчаковцами. Ф. А. Бредиса, арестованного в июле 1918 года, ВЧК приговорила к расстрелу. А. П. Перхуров ушел к Колчаку, получил воинское звание генерал-майора. В составе колчаковской армии сражался против советских войск. После окончания гражданской войны пробрался на службу в штаб Приуральского военного округа. В мае 1922 года был разоблачен и в июле того же года по приговору Военной коллегии Верховного трибунала подвергнут высшей мере наказания. Таков был бесславный конец руководителей «Союза защиты».
Большое внимание в «Красной книге ВЧК» уделено мятежу левых эсеров в Москве 6–7 июля 1918 года. Помещенные в ней документы показывают подготовку левоэсеровской авантюры, действия мятежников, организацию их военного разгрома, следствие по делу о мятеже.
В западной литературе появилось множество работ, авторы которых пытаются доказать, что якобы левые эсеры и не помышляли о восстании, что убийство германского посла Мирбаха было организовано бывшими «левыми коммунистами» Ф. Э. Дзержинским, Н. И. Бухариным, Г. Л. Пятаковым, чтобы сорвать Брестский договор. Материалы, опубликованные в «Красной книге ВЧК», дают возможность восстановить правдивую картину тех далеких событий.
Известно, что в декабре 1917 года большевики и левые эсеры заключили правительственный блок. Он был необходим для упрочения Советской власти, для привлечения на сторону пролетариата широких масс крестьянства, среди которых левые эсеры пользовались влиянием. По основным вопросам революции обе партии проводили согласованную политику – они выступали за власть Советов, за подавление сопротивления свергнутых эксплуататоров. В марте 1918 года левые эсеры вышли из правительства в знак протеста против заключения Брестского мира, но продолжали работать в других советских и военных учреждениях, в том числе и в ВЧК и местных ЧК. Весной и летом 1918 года разногласия между большевиками и левыми эсерами еще больше обострились. 24 июня 1918 года ЦК партии левых эсеров принял решение о подготовке вооруженного восстания с целью срыва Брестского договора, возобновления войны с Германией. В нем говорилось: «…Центральный Комитет партии считает возможным и целесообразным организовать ряд террористических актов в отношении виднейших представителей германского империализма; одновременно с этим ЦК партии постановил организовать для проведения своего решения мобилизацию надежных военных сил и приложить все меры к тому, чтобы трудовое крестьянство и рабочий класс примкнули к восстанию и активно поддержали партию в этом выступлении» (т. 1, с. 185).
Левые эсеры, как это видно из документов книги, начали поспешно приводить в боевую готовность свои силы – усилили формирование партийных дружин, стали стягивать в Москву отряды из других городов, заготавливать оружие, продукты питания, санитарные принадлежности.
6 июля в третьем часу дня левые эсеры Я. Блюмкин и Н. Андреев по удостоверению ВЧК проникли в здание германского посольства и убили посла графа Мирбаха (позже выяснилось, что подписи Дзержинского и секретаря ВЧК Ксенофонтова на удостоверении были поддельными, а печать – настоящей: ее поставил заместитель председателя ВЧК левый эсер В. А. Александрович).
Убийство Мирбаха послужило сигналом к восстанию. Около пяти часов вечера левые эсеры взяли под стражу Ф. Э. Дзержинского, который приехал в штаб отряда ВЧК, находившийся в Трехсвятительском (ныне Большой Вузовский) переулке, чтобы арестовать террористов. Арестом Дзержинского они открыто противопоставили себя Советскому правительству. Вскоре мятежники арестовали М. Я. Лациса, назначенного во время ареста Дзержинского исполняющим обязанности председателя ВЧК, председателя Московского Совета П. Г. Смидовича и других большевиков.