Работа анархистов подполья в столице значительно активизировалась после того, как они вступили в контакт с Д. А. Черепановым и другими членами московской организации левых эсеров, занимавшей особенно непримиримую позицию по отношению к Советской власти. Черепанов в июле 1918 года был одним из руководителей левоэсеровского мятежа, после его разгрома бежал, скрылся от суда. Теперь он вместе с К. Ковалевичем организовал «Всероссийский повстанческий комитет революционных партизан», главной целью которого было совершение террористических актов. Хотя Черепанов непосредственно в осуществлении взрыва не участвовал, однако именно он указал террористам место, откуда надо бросить бомбу. Раньше в особняке, занимаемом МК РКП (б), размещались Центральный и Московский комитеты ПЛСР, и поэтому Черепанов прекрасно знал расположение кабинетов и залов здания и наиболее удобные внешние подходы к нему.
При арестах у анархистов были изъяты листовки и несколько экземпляров газеты «Анархия». В этих документах они провозглашали своей целью «стереть с лица земли строй комиссародержавия и чрезвычайной охраны», говорили, что «очередным вопросом подполья является организация динамитной борьбы с режимом Совнаркома и чрезвычайками и организация массового движения…» (см. т. 1, с. 329, 331). Анархисты клеветали на Советскую власть, на партию большевиков, призывали рабочих и крестьян подняться на борьбу за установление «всероссийской вольной федерации союзов трудящихся и угнетенных масс». Взрыв 25 сентября они определяли как «начало нового нарастания революционной волны» (там же, с. 335). В ходе расследования Московская чрезвычайная комиссия раскрыла участие в подрывной работе анархистов наборщика типографии Наркомпути меньшевика М. С. Молчанова, который печатал некоторые анархистские листовки.
На следствии один из арестованных сказал, что 7 ноября, в день второй годовщины Октябрьской революции, анархисты намерены произвести в Москве ряд взрывов. Он же сообщил, что штаб-квартира террористов находится на даче в поселке Красково, где у них имеется лаборатория по изготовлению бомб и типография. До праздника оставалось один-два дня. МЧК приняла решение срочно ликвидировать гнездо террористов. На рассвете чекисты окружили дачу. Возникла перестрелка. На предложение сдаться анархисты ответили отказом. Видя безвыходность положения, они взорвали дачу и себя вместе с ней. От мощного взрыва здание взлетело на воздух. Начался пожар. На месте дачи остались обгорелые бревна, трупы террористов, остатки типографского станка, оболочки бомб, оружие…
Через несколько дней в Туле, Подольске, Брянске чекисты выявили и обезвредили тех, кто снабжал анархистов патронами, оружием, динамитом. Обнаружили также тайные склады оружия и боеприпасов.
По постановлению МЧК. восемь участников террористической группы (Гречаников, Попов, Николаев, Восходов, Хлебныйский, Ценципер, Исаев, Домбровский) были расстреляны. Черепанова приговорили к ссылке в Сибирь, где он вскоре умер от тифа.
Одним из наиболее значительных успехов, достигнутых ВЧК в годы гражданской войны, является ликвидация контрреволюционной заговорщической организации «Национальный центр». Во втором томе «Красной книги ВЧК» опубликовано большое количество документов об образовании и деятельности «Центра», его партийном составе, формах организации, источниках финансирования, связях со штабами Колчака, Деникина, Юденича, с разведывательными службами стран Антанты.
В середине июня при попытке перейти границу на лужском направлении под Петроградом был убит караулом бывший офицер А. Никитенко, пробиравшийся к белым. При обыске у него обнаружили в мундштуке папиросы письмо на имя генерала Родзянко, подписанное «Вик». Из письма было видно, что в Петрограде имеется белогвардейская организация, готовившая выступление в момент предполагаемого захвата города войсками Юденича.
Через месяц при попытке перейти финскую границу в районе Белоострова были задержаны А. Самойлов и Н. Боровой-Федотов, начальник Сестрорецкого разведывательного пункта. При аресте последний выбросил пакетик, в котором оказалось зашифрованное письмо. В нем сообщались данные о дислокации частей 7-й армии, их численности и вооружении, а также указывалось на существование крупной белогвардейской организации в Москве.