Уже в это время действовали и набирались опыта молодые коммунисты Каролис Диджюлис-Гросманас, Юозас Витас и другие их соратники, в будущем ставшие опытными руководителями КПЛ, затем организаторами советского партизанского движения с 1941 г., видными руководителями компартии и правительства с 1944 г.
Аугустинас Савицкас. «Октябрь в Литве». 1967 г.
Против советской власти стали активно бороться литовские буржуазные националисты, немецкие части так называемых добровольцев и польские националисты. С конца февраля 1919 г. в Жемайтию из Латвии вторглась так называемая «Железная дивизия» (6-й резервный корпус немецкой армии под руководством Р. фон дер Гольца), а в марте начали активно действовать и другие немецкие части – бригада саксонских добровольцев (командир генерал А. фон Омптед) и так называемая «бригада северной Литвы» (командир генерал Ф.Гюндель). Влиятельные буржуазные националисты, кулаки, представители дворянства, тесно связанные с немцами, создавали вооруженные подрывные группы, занимались саботажем, опасными провокациями, нападали и убивали представителей советской власти.
В такой ситуации советское правительство укрепляло оборону, военный комиссар Литвы Р.Расикас проводил совещания, принимались конкретные решения, были назначены и посланы в разные районы страны военные комиссары А.Каросас, К.Хаткевичюс, Ю.Виткаускас, П.Балтрунас и др. С 8 апреля по решению советского правительства на территории Литвы введено военное положение. Создавались дополнительные военные подразделения, в том числе особые отряды (в одном из особых отрядов с врагами боролся и Юозас Витас, который во время гитлеровской оккупации с 1941 г. являлся одним из лидеров антифашистского движения в Литве). В Шяуляе начал создаваться Жемайтийский полк. Командиром полка был назначен Ф.Балтушис-Жемайтис, комиссаром – член ЦК КПЛ С.Грибас. Большую работу в организации обороны советской Литвы выполнял комиссариат Паневежиса. Здесь комиссаром работал Ю.Виткаускас, его заместителями были П.Янушкявичюс и Л.Якавичюс-Летуванис. В Укмерге был сформирован отряд имени Р.Люксембург (командир С.Фирин), в Рокишкисе – отряд под руководством П.Лебедева. В первых рядах вооруженных формирований были литовские коммунисты и комсомольцы. 17 марта из комсомольцев Вильнюса был сформирован отряд имени К.Либкнехта (командир Ю.Грейфенбергерис).
Буржуазные националисты и немецкие интервенты боялись народного гнева. Они начали белый террор: с 13 февраля было введено военное положение в Каунасе и его окрестностях, в районе Мариямполе, а также в районе Алитуса. Начались аресты местных коммунистов и других левых активистов, прогрессивной интеллигенции. Часть из них были убиты. В Мариямполе отряд местных крайних националистов напал на лидеров местных коммунистов Ю.Зонелиса и Ю.Габриса, один из них был убит, другой тяжело ранен. Тяжелораненый Ю.Габрис был отвезен в помещение штаба националистов, там ему отрубили руку и он умер. Затем отрубили руку и от тела уже мертвого Ю.Зонелиса, а после этого тела мертвых коммунистов бросили в реку. Только через месяц соратники нашли их тела и похоронили на кладбище. 7 апреля группа белых карателей недалеко от Паневежиса схватила одного из лидеров местных коммунистов С.Лукшиса, его жестоко мучили и убили. Защитники советской власти решительно боролись с врагами. Так, на окраине города Тельшяй 18 февраля 1919 г. трое соратников – коммунист Ф.Пашкис, комсомольцы Н.Петрушин и С.Штуков – держались до последнего патрона и пали смертью храбрых. 13 июня 1919 г. в городе Вилкавишкис решением немецкого военного суда к смертной казни были приговорены 5 коммунистов из городка Кибартай – А.Тислява, К.Каченаускас, Й.Жюркус, К.Бурайтис, А.Рентелис. Только после решительных протестов общественности вместо смертной казни их приговорили к пожизненному тюремному заключению.
Основными противниками в боях были немецкие военные. Они были хорошо вооружены и многочисленны, в тяжелых боях литовские советские войска потерпели несколько поражений. 11 марта немецкие интервенты заняли Шяуляй, 14 марта – Радвилишкис, 22 марта – Йонишкелис, 24 марта – Пасвалис, а 26 марта они вошли в Паневежис. Но тогда принято решение остановить врага, был создан план действий, прибыло подкрепление: 15-й Латгальский полк, дивизион артиллерии, большие отряды из Купишкиса и Йонишкелиса, основу которых составляли коммунисты. 2 апреля начато наступление на Паневежис. 4 апреля литовские советские войска заняли Паневежис и продолжили наступление. 12 апреля заняли Вабалнинкас, 21 апреля Пасвалис, а 1 мая освободили Йонишкелис.