Проводились и такие «Варфоломеевские ночи» – за одну ночь в городке Жеймялис убили 7 человек, в том числе члена местного Совета Б.Вайчюлиса, милиционеров И.Мартинайтиса и К.Купчюнаса. А их дома ограбили и подожгли. В районе Укмерге очень активным карателем был и ксендз городка Пагиряй Р.Каминскас. По его указанию схваченный член отряда имени Р.Люксембург В.Войцеховский был привязан к дереву и сожжен. 8 июля отряд белых окружил деревню Сувеко (25 км от Зарасая). Они схватили местного коммуниста К.Наркявичюса и проживавшего у него профсоюзного деятеля из Рокишкиса С.Ашмонайтиса – они были расстреляны. Тогда они выгнали всех жителей деревни из своих домов, и подожгли. Вся деревня была сожжена.
В конце июля – начале августа в окрестностях Зарасая проходили ожесточенные бои. Противники посылали в бой все новые военные формирования, они были хорошо вооружены, поскольку получили от немцев много военной техники, в том числе артиллерию, много пулеметов. 25 августа советские войска покинули Зарасай и отступили на территорию Латвии. Вся территория Литвы уже находилась под контролем белых. Хотя борьба за советскую власть была проиграна, но советские идеи и дальше активно распространялись в Литве. А многие коммунисты, прошедшие серьезное жизненное обучения в революционных событиях 1918–1919 гг., впоследствии стали крепкой опорой литовской компартии. Среди них К.Пожела, Ю.Грейфенбергерис, И.Гашка, П.Паярскис, К.Диджюлис, К.Гедрис, А.Каросас, П.Ботирюс, Ю.Витас и многие другие.
В первой половине 1920 года по Литве прокатилась новая волна белого террора. Вооруженные отряды крайних националистов под руководством П.Плехавичюса, В.Григалюнаса-Гловацкиса, Ю.Шараускаса и других карателей, с января 1920 г. вели настоящую охоту на коммунистов, членов их семей, других жителей Литвы левой ориентации. Их убивали, некоторых сажали в тюрьмы и держали там в тяжелых условиях. В феврале 1920 г. в Каунасе вспыхнуло восстание солдат. Очень плохое питание и тяжелые условия проживания вынудили солдат к восстанию.
Они создали солдатский комитет и выдвинули конкретные требования, а когда офицеры попытались их репрессировать, те арестовали офицеров и потребовали от военного руководства выполнить их требования. Против восставших солдат были посланы другие военные части, в боях погибли 8 солдат, много ранено. Каратели одержали победу. По решению военного суда был расстрелян председатель солдатского комитета Пятрас Мицкелюнас и его соратники Д.Визгирда, Б.Канишаускас, М.Кушнер. Еще 23 солдата осуждены – им дали от 2 до 10 лет тюремного заключения.
В Жемайтии жестокие репрессии продолжал отряд белых карателей, которым командовал П.Плехавичюс. Так 12 марта 1920 г. у деревни Милашей рядом с городком Ретавас карателями из этого отряда был смертельно ранен Владас Рекашюс, поэт и первый секретарь Тельшяйского парткома КПЛ. Он умер через сутки – 13 марта. Белые каратели схватили М.Юргайтене – родственницу известной левой активистки А.Юргайтене. Пожилую 77-летню женщину три месяца держали закрытой в подземелье, часто били. Возможно, она там бы и умерла, но о таких экзекуциях узнали в Каунасе и дали указание отпустить старушку.
В 1921 г. военные суды продолжали расправы над коммунистами. Так, в марте был расстрелян коммунист из Вилкавишкиса А.Манелис, в июне – активный коммунист из Купишкиса П.Варкалис. В июне-августе 1921 г. были проведены массовые аресты коммунистов – так в Каунасе в тюрьму заключены Б.Леонас-Пушинис, Й.Кубицкис, П.Шапарас и еще несколько их коллег, прошли аресты коммунистов и в Паневежисе, Укмерге, Шяуляе и других городах Литвы. В 1921 г. суды осудили 123 членов литовской компартии.
С осени 1920 г. деятельность КПЛ в Литве все более налаживалась. 1920–1922 годы – это фактически переходный период к систематической подпольной деятельности КПЛ. Основные фигуры компартии в то время – К.Пожела, Ю.Грейфенбергерис, Й.Кубицкис, И.Гашка, П.Шапира, З.Валайтис, П.Вилунас, Б.Леонас-Пушинис и еще несколько их коллег.
10 октября 1922 г. состоялись выборы в первый Сейм Литвы. В них участвовали и представители компартии. Был создан так называемый список «куопининкай». В Сейм Литвы попали 5 его представителей – К.Доминас, Й.Кубицкис, К.Матулайтис, П.Вилунас и Е.Шабанене. Это очень не понравилось лидерам крупных буржуазных партий. Они всячески мешали членам Сейма коммунистам, а в апреле 1923 г. все они были арестованы. Вместе с ними были арестованы еще свыше 120 человек-активистов «куопининков» – членов компартии, комсомольцев, профсоюзных активистов. Против 92 из них начали уголовное дело о якобы антигосударственной деятельности. Расследование было долгое, и судебный процесс начался только в апреле 1926 г. Процесс закончился в июне 1926 г., все были оправданы.